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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>29/09/2021</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li><!-- --></li>
  66         </ul>
  67         <em>Development</em>
  68         <ul>
  69           <li>Updated building instructions</li>
  70         </ul></td>
  71       <td>
  72         <ul>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
  75             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
  76             and display)
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
  80             scale factors being set with buggy window-managers (linux
  81             only)
  82           </li>
  83           <li>
  84                 <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from Structure Preferences
  85           </li>
  86         </ul> <em>Development</em>
  87         <ul>
  88           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
  89         </ul>
  90       </td>
  91     </tr>
  92     <tr>
  93       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  94           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
  95           <em>09/03/2021</em></strong></td>
  96       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
  97           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
  98         <ul>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 101             launch of the news browser (like -nonews argument)
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 105             download of linkout URLs from
 106             www.jalview.org/services/identifiers
 107           </li>
 108           <li>
 109             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 110             download of BIOJSHTML templates
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 114             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 115             disabled
 116           </li>
 117         </ul></td>
 118       <td align="left" valign="top">
 119         <ul>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 122             Jmol
 123           </li>
 124         </ul> <em>New Known defects</em>
 125         <ul>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 128             always restored from project (since 2.10.3)
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 132             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 133           </li>
 134         </ul>
 135       </td>
 136     </tr>
 137     <tr>
 138       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 139           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 140           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 141       <td align="left" valign="top">
 142         <ul>
 143
 144         </ul>
 145       </td>
 146       <td align="left" valign="top">
 147         <ul>
 148           <li>
 149             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 150             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 154             sequences can be classed as nucleotide
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 158             sequences after alignment of protein products (known defect
 159             first reported for 2.11.1.0)
 160           </li>
 161           <li>
 162             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 163             features outwith CDS shown overlaid on protein
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 167             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 168             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 172             CDS features
 173           </li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 176             always select corresponding protein sequences
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 180             column selection doesn't always ignore hidden columns
 181           </li>
 182         </ul> <em>Installer</em>
 183         <ul>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 186             Windows prevents install4j launching getdown
 187           </li>
 188         </ul> <em>Development</em>
 189         <ul>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 192             version numbers in doc/building.md
 193           </li>
 194         </ul>
 195       </td>
 196     </tr>
 197     <tr>
 198       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 199           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 200           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 201       <td align="left" valign="top">
 202         <ul>
 203         </ul>
 204       </td>
 205       <td align="left" valign="top">
 206         <ul>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 209             "Encountered problems opening
 210             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 211           </li>
 212         </ul>
 213       </td>
 214     </tr>
 215     <tr>
 216       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 217           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 218           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 219       <td align="left" valign="top">
 220         <ul>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 223             residue in cursor mode
 224           </li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 227             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 231             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 232             improved compatibility with JalviewJS
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 236             alignments from Pfam and Rfam
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 240             import (no longer based on .gz extension)
 241           </li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 247             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 248             EMBL flat file
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 252             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 253             saving or making backup files.
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 257             <ul>
 258               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 259               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 260             </ul>
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 264             when running on Linux (Requires Java 11+)
 265           </li>
 266         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 267         <ul>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 270             through a system property
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 274             line help for configuring Jalview's memory
 275           </li>
 276         </ul>
 277       </td>
 278       <td align="left" valign="top">
 279         <ul>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 282             but not calculated and no protein or DNA score models are
 283             available for tree/PCA calculation when launched with
 284             Turkish language locale
 285           </li>
 286           <li>
 287             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 288             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 289           </li>
 290           <li>
 291             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 292             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 293           </li>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 296             sequence under the cursor
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 300             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 301           </li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 304             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 305             '%s'" on the console
 306           </li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 309             when there are both local and complementary features mapped
 310             to the position under the cursor
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 314             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 315           </li>
 316           <li>
 317             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 318             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 319           </li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 322             internationalised text for some messages and log output
 323           </li>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 326             hidden gapped columns
 327           </li>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 330             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 334             specifying output format when exporting an alignment via the
 335             command line
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 339             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 340             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 341             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 342             file again, and if that fails, delete the original file and
 343             save in place.)
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 347             via command line
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 351             program and documentation
 352           </li>
 353         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 354         <ul>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 357             first time for a version that has different jars to the
 358             previous launched version.
 359           </li>
 360         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 361         <ul>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 364             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 365             OutOfMemory error.
 366           </li>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 369             monitor the release channel
 370           </li>
 371         </ul> <em>New Known defects</em>
 372         <ul>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 375             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 376             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 377             genome of RNA viruses)
 378           </li>
 379           <li>
 380             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 381             are ordered differently when shown on alignment and in
 382             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 383           </li>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 386             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 387             works for the top left quadrant of the alignment window
 388           </li>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 391             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 392           </li>
 393           <li>
 394             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 395             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 396           </li>
 397           <li>
 398             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 399             protein products for certain ENA records are repeatedly
 400             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 401           </li>
 402         </ul>
 403       </td>
 404     </tr>
 405     <tr>
 406       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 407           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 408           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 409       <td align="left" valign="top">
 410         <ul>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 413             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 414             for display in alignments, on structure views (including
 415             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 416             export.
 417           </li>
 418           <li>
 419             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 420             exported and re-imported as GFF3 files
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 424             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 425           </li>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 428             validation while parsing
 429           </li>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 432             position if reopened
 433           </li>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 436             of associated view
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 440             enabled by default
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 444             tooltips and menus
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 448             with no feature types visible
 449           </li>
 450           <li>
 451           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 452           </li>
 453         </ul><em>Jalview Installer</em>
 454             <ul>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 457             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 464           </li>
 465               <li>
 466                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 467               <li>
 468                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 469         </ul> <em>Release processes</em>
 470         <ul>
 471           <li>
 472             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 476           </li>
 477         </ul> <em>Build System</em>
 478         <ul>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 484             report
 485           </li>
 486         </ul>
 487         <em>Groovy Scripts</em>
 488             <ul>
 489           <li>
 490             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 491             to stdout containing the consensus sequence for each
 492             alignment in a Jalview session
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 496             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 497             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 498           </li>
 499         </ul>
 500       </td>
 501       <td align="left" valign="top">
 502         <ul>
 503           <li>
 504             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 505             'Show hidden markers' option is not ticked
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 509             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 510             jalview preferences or properties file
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 514             'Show Sequence Features' option is not ticked
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 518             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 519             features are visible
 520           </li>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 523             equal when split frame is first opened
 524           </li>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 527             correct after editing a sequence's start position
 528           </li>
 529           <li>
 530             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 531             with annotation and exceptions thrown when only a few
 532             columns shown in wrapped mode
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 536             wrapped alignment figure with annotations
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 540             ID fails with ClassCastException
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 544             Project
 545           </li>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 548             feature settings dialog also selects columns
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 552             IllegalArgumentException in some circumstances
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 556             opened for a view
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 560             alignment window is closed
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 564             help documentation for 2.11.0 release
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 568             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 569             Uniprot Accession
 570           </li>
 571         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 572         <ul>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 575             PDB/Uniprot search panel
 576           </li>
 577         </ul> <em>Installer</em>
 578         <ul>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 581             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 582           </li>
 583         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 584         <ul>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 587             repository
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 591             memory
 592           </li>
 593         </ul> <em>New Known Issues</em>
 594         <ul>
 595           <li>
 596             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 597             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 598             command line
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 602             clipped in headless figure export when Right Align option
 603             enabled
 604           </li>
 605           <li>
 606             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 607             'Source' in console output
 608           </li>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 611             bamboo server but run fine locally.
 612           </li>
 613         </ul>
 614       </td>
 615     </tr>
 616     <tr>
 617       <td width="60" align="center" nowrap>
 618           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 619             <em>04/07/2019</em></strong>
 620       </td>
 621       <td align="left" valign="top">
 622         <ul>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 625             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 626             source project) rather than InstallAnywhere
 627           </li>
 628           <li>
 629             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 630             settings, receive over the air updates and launch specific
 631             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 632               Rings' GetDown</a>)
 633           </li>
 634           <li>
 635             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 636             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 637           </li>
 638           <li>
 639             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 640             arguments and switch between different getdown channels
 641           </li>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 644             or alignment files
 645           </li>
 646
 647           <li>
 648             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 649             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 650           <li>
 651             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 652             'Translate as cDNA'</li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 655           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 656             <ul>
 657                       <li>
 658             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 659             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 660           <li>
 661                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 662                 features can be filtered and shaded according to any
 663                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 664                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 665                 file)
 666               </li>
 667               <li>
 668                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 669                 stored and restored from Jalview Projects
 670               </li>
 671               <li>
 672                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 673                 recognise variant features
 674               </li>
 675               <li>
 676                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 677                 sequences (also coloured red by default)
 678               </li>
 679               <li>
 680                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 681                 details
 682               </li>
 683               <li>
 684                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 685                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 686               </li>
 687               <li>
 688                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 689                 dialog
 690               </li>
 691             </ul>
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 695             tree and PCA calculations
 696           </li>
 697           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 698             <ul>
 699               <li>
 700                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 701                 and Viewer state saved in Jalview Project
 702               </li>
 703               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 704                 drop-down menus</li>
 705               <li>
 706                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 707                 incrementally
 708               </li>
 709               <li>
 710                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 711               </li>
 712             </ul>
 713           </li>
 714           <li>
 715             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 716           </li>
 717           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 718           <ul>
 719               <li>
 720                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 721                 multiple groups when working with large alignments
 722               </li>
 723               <li>
 724                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 725                 Stockholm files
 726               </li>
 727             </ul>
 728           <li><strong>User Interface</strong>
 729           <ul>
 730               <li>
 731                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 732                 view
 733               </li>
 734               <li>
 735                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 736                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 737                 default (can be changed in user preferences)
 738               </li>
 739               <li>
 740                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 741                 to the Overwrite Dialog
 742               </li>
 743               <li>
 744                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 745                 sequences are hidden
 746               </li>
 747               <li>
 748                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 749                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 750               </li>
 751               <li>
 752                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 753                 labels
 754               </li>
 755               <li>
 756                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 757                 when in wrapped mode
 758               </li>
 759               <li>
 760                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 761                 annotation
 762               </li>
 763               <li>
 764                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 765               </li>
 766               <li>
 767                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 768                 panel
 769               </li>
 770               <li>
 771                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 772                 popup menu
 773               </li>
 774               <li>
 775               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 776               <li>
 777               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 778
 779
 780             </ul></li>
 781             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 782           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 783             <ul>
 784               <li>
 785                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 786                 trapping CMD-Q
 787               </li>
 788             </ul></li>
 789         </ul>
 790         <em>Deprecations</em>
 791         <ul>
 792           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 793             capabilities removed from the Jalview Desktop
 794           </li>
 795           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 796             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 797             and XML based data retrieval clients</li>
 798           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 799           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 800         </ul> <em>Documentation</em>
 801         <ul>
 802           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 803             not supported in EPS figure export
 804           </li>
 805           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 806         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 807         <ul>
 808           <li>
 809           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 810           </li>
 811       <li>
 812       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 813           <li>
 814           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 815             gradle-eclipse
 816           </li>
 817           <li>
 818           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 819             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 820             execution
 821           </li>
 822           <li>
 823           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 824             operations
 825           </li>
 826           <li>
 827           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 828             issues resolved
 829           </li>
 830           <li>
 831           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 832             markdown (with HTML rendering)
 833           </li>
 834           <li>
 835           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 836           </li>
 837           <li>
 838           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 839             versions of Jalview
 840           </li>
 841         </ul>
 842       </td>
 843       <td align="left" valign="top">
 844         <ul>
 845           <li>
 846             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 847           </li>
 848           <li>
 849             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 850             superposition in Jmol fail on Windows
 851           </li>
 852           <li>
 853             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 854             structures for sequences with lots of PDB structures
 855           </li>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 858             monospaced font
 859           </li>
 860           <li>
 861             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 862             project involving multiple views
 863           </li>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 866             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 867             Annotation dialog hides columns
 868           </li>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 871             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 872             one view, then making another selection in the other view
 873           </li>
 874           <li>
 875             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 876             columns
 877           </li>
 878           <li>
 879             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 880             Settings and Jalview Preferences panels
 881           </li>
 882           <li>
 883             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 884             overview with large alignments
 885           </li>
 886           <li>
 887             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 888             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 889             mouse moved to the left of the first column
 890           </li>
 891           <li>
 892             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 893             hidden column marker via scale popup menu
 894           </li>
 895           <li>
 896             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 897             doesn't tell users the invalid URL
 898           </li>
 899           <li>
 900             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 901             score from view
 902           </li>
 903           <li>
 904             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 905             show cross references or Fetch Database References are shown in
 906             red in original view
 907           </li>
 908           <li>
 909             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 910             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 911           </li>
 912           <li>
 913             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 914             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 915           </li>
 916           <li>
 917             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 918             when columns are hidden
 919           </li>
 920           <li>
 921             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 922             Columns by Annotation description
 923           </li>
 924           <li>
 925             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 926             out of Scale or Annotation Panel
 927           </li>
 928           <li>
 929             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 930             scale panel
 931           </li>
 932           <li>
 933             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 934             alignment down
 935           </li>
 936           <li>
 937             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 938             scale panel
 939           </li>
 940           <li>
 941             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 942             Page Up in wrapped mode
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 946           </li>
 947           <li>
 948             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 949           </li>
 950           <li>
 951             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 952             on opening an alignment
 953           </li>
 954           <li>
 955             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 956             Colour menu
 957           </li>
 958           <li>
 959             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 960             different groups in the alignment are selected
 961           </li>
 962           <li>
 963             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 964             correctly in menu
 965           </li>
 966           <li>
 967             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 968             threshold limit
 969           </li>
 970           <li>
 971             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 972             threshold gets 'unrounded'
 973           </li>
 974           <li>
 975             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 976             colour
 977           </li>
 978           <li>
 979             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 980           </li>
 981           <li>
 982             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 983           </li>
 984           <li>
 985             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 986             Tree font
 987           </li>
 988           <li>
 989             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 990             project file
 991           </li>
 992           <li>
 993             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 994             shown in complementary view
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 998             without normalisation
 999           </li>
1000           <li>
1001             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1002             of report
1003           </li>
1004           <li>
1005             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1006           </li>
1007           <li>
1008           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1009           </li>
1010         </ul> <em>Editing</em>
1011         <ul>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1014             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1015             sequence
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1019             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1020             removed (Known defect since 2.10)
1021           </li>
1022           <li>
1023             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1024             dialog corrupts dataset sequence
1025           </li>
1026           <li>
1027             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1028             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1029           </li>
1030         </ul> <em>Datamodel</em>
1031         <ul>
1032           <li>
1033             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1034             sequence's End is greater than its length
1035           </li>
1036         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1037           general release)</em>
1038         <ul>
1039           <li>
1040             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1041           </li>
1042         </ul> <em>New Known Defects</em>
1043         <ul>
1044         <li>
1045         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1046         </li>
1047         <li>
1048           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1049           regions of protein alignment.
1050         </li>
1051         <li>
1052           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1053           is restored from a Jalview 2.11 project
1054         </li>
1055         <li>
1056           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1057           'New View'
1058         </li>
1059         <li>
1060           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1061           columns within hidden columns
1062         </li>
1063         <li>
1064           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1065           window after dragging left to select columns to left of visible
1066           region
1067         </li>
1068         <li>
1069           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1070           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1071           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1072           create a Score filter instead.
1073         </li>
1074         <li>
1075         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1076         <li>
1077         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1078         </li>
1079         <li>
1080           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1081           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1082         </li>
1083         </ul>
1084         <em>Java 11 Specific defects</em>
1085           <ul>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1088               alphabetically when saved
1089             </li>
1090         </ul>
1091       </td>
1092     </tr>
1093     <tr>
1094     <td width="60" nowrap>
1095       <div align="center">
1096         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1097       </div>
1098     </td>
1099     <td><div align="left">
1100         <em></em>
1101         <ul>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1104               InstallAnywhere increased to 1G.
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1108               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1109               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1110                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1111                 properties file.</em>
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1115               API and sequence data now imported as JSON.
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1119               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1120               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1121               property.
1122             </li>
1123           </ul>
1124           <em>Development</em>
1125           <ul>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1128               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1129                 Clover</a>
1130             </li>
1131           </ul>
1132         </div></td>
1133     <td><div align="left">
1134         <em></em>
1135         <ul>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1138               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1139               alignment.
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1143               annotation displayed.
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1147               for newly created group when 'Apply to all groups'
1148               selected
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1152               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1153               visible.
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1157               when sequences are selected in exported view.</em>
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1161               aren't rendered with correct colour.
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1165               types of knotted RNA secondary structure.
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1169               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1170               do not start at 1.
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1174               annotation when columns are inserted into an alignment,
1175               and when exporting as Stockholm flatfile.
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1179               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1180               treated as RNA secondary structure.
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1184               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1188               transfers focus to previous window on OSX
1189             </li>
1190           </ul>
1191           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1192           <ul>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1195               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1196               box.
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1200               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1201               'look and feel' which has improved compatibility with the
1202               latest version of OSX.
1203             </li>
1204           </ul>
1205         </div>
1206     </td>
1207     </tr>
1208     <tr>
1209       <td width="60" nowrap>
1210         <div align="center">
1211           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1212             <em>7/06/2018</em></strong>
1213         </div>
1214       </td>
1215       <td><div align="left">
1216           <em></em>
1217           <ul>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1220               annotation retrieved from Uniprot
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1224               onto the Jalview Desktop
1225             </li>
1226           </ul>
1227         </div></td>
1228       <td><div align="left">
1229           <em></em>
1230           <ul>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1233               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1237               right-hand column parsed correctly
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1241               not alignment area in exported graphic
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1245               window has input focus
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1249               annotation added to view (Windows)
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1253               network connectivity is poor
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1257               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1258                 the currently open URL and links from a page viewed in
1259                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1260                 you are using Edge, only links in the page can be
1261                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1262                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1263             </li>
1264           </ul>
1265           <em>New Known Defects</em>
1266           <ul>
1267             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1268           </ul>
1269         </div></td>
1270     </tr>
1271     <tr>
1272       <td width="60" nowrap>
1273         <div align="center">
1274           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1275         </div>
1276       </td>
1277       <td><div align="left">
1278           <em></em>
1279           <ul>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1282               for disabling automatic superposition of multiple
1283               structures and open structures in existing views
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1287               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1288               adjust them.
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1292               Ensembl services
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1296               and lots of hidden columns
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1300               of features (particularly when transparency is disabled)
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1304               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1305               generally available
1306             </li>
1307           </ul>
1308           </div>
1309       </td>
1310       <td><div align="left">
1311           <ul>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1314               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1318               overlapping alignment panel
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1322               sequence as gaps
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1326               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1327               UTR
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1331               factor annotation not added to sequence when local PDB
1332               file associated with it by drag'n'drop or structure
1333               chooser
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1337               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1341               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1345               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1349               columns in annotation row
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1353               honored in batch mode
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1357               for structures added to existing Jmol view
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1361               entries after importing project with multiple views
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1365               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1366               with negative residue numbers or missing residues fails
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1370               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1371               as generated by CONSURF)
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1375               tooltip doesn't include a text description of mutation
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1379               structure and/or overview windows are also shown
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1383               very slow for alignments with large numbers of sequences
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1387               with 'StringIndexOutOfBounds'
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1391               platforms running Java 10
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1395               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1396             </li>
1397           </ul>
1398           <em>Applet</em>
1399           <ul>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1402               should copy the group consensus when popup is opened on it
1403             </li>
1404           </ul>
1405           <em>Batch Mode</em>
1406           <ul>
1407           <li>
1408             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1409           </li>
1410           </ul>
1411           <em>New Known Defects</em>
1412           <ul>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1415               editing a large alignment and overview is displayed
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1419               repeatedly after a series of edits even when the overview
1420               is no longer reflecting updates
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1424               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1425               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1426               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1430               option gives blank output
1431             </li>
1432           </ul>
1433         </div>
1434           </td>
1435     </tr>
1436     <tr>
1437       <td width="60" nowrap>
1438         <div align="center">
1439           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1440         </div>
1441       </td>
1442       <td><div align="left">
1443           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1444               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1445       <td><div align="left">
1446           <em>Desktop</em><ul>
1447           <ul>
1448             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1449             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1450             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1451             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1452             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1453             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1454             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1455           </ul>
1456           </div>
1457       </td>
1458     </tr>
1459     <tr>
1460       <td width="60" nowrap>
1461         <div align="center">
1462           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1463         </div>
1464       </td>
1465       <td><div align="left">
1466           <em></em>
1467           <ul>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1470               rendering of sequence features
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1474               429 rate limit request hander
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1478               their colours have changed
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1482               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1486               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1490               view from Ensembl locus cross-references
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1494               Alignment report
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1498               feature can be disabled
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1502               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1506               Uniprot
1507             </li>
1508           </ul>
1509           <em>Scripting</em>
1510           <ul>
1511             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1512             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1513               percent identity scores for current alignment.</li>
1514           </ul>
1515           <em>Testing and Deployment</em>
1516           <ul>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1519             </li>
1520           </ul>
1521         </div></td>
1522       <td><div align="left">
1523           <em>General</em>
1524           <ul>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1527               threshold text field doesn't trigger an update to the
1528               alignment view
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1532               strings in parallel
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1536               alignment window is closed
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1540               group visibility
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1544               takes a long time in Cursor mode
1545             </li>
1546           </ul>
1547           <em>Desktop</em>
1548           <ul>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1551               cannot be viewed in Chimera
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1555               CDS/Protein view
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1559               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1560               Search Dialogs
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1570               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1574               scrolling right in unwapped alignment view
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1578               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1579               database
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1583               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1587               features of same type and group to be selected for
1588               amending
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1592               alignments when hidden columns are present
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1596               displaying several structures
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1600               moving a window
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1604               within the Jalview desktop on OSX
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1608               when in wrapped alignment mode
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1612               hand end of alignment
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1616               each selected sequence do not have correct start/end
1617               positions
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1621               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1625               restoring project until a new view is created
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1629               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1630               configured (since 2.10.2b2)
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1634               position is adjusted
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1638               in a multi-chain structure when viewing alignment
1639               involving more than one chain (since 2.10)
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1643               if new selection moves alignment window
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1647               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1651               that produces correctly annotated transcripts and products
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1655               doesn't update associated structure view
1656             </li>
1657           </ul>
1658           <em>Applet</em><br />
1659           <ul>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1662               closing alignment panel
1663             </li>
1664           </ul>
1665           <em>BioJSON</em><br />
1666           <ul>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1669               non-positional features
1670             </li>
1671           </ul>
1672           <em>New Known Issues</em>
1673           <ul>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1676               sequence features correctly (for many previous versions of
1677               Jalview)
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1681               using cursor in wrapped panel other than top
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1685               graduated colour threshold
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1689               always preserve numbering and sequence features
1690             </li>
1691           </ul>
1692           <em>Known Java 9 Issues</em>
1693           <ul>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1696               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1697               9.01, OSX 10.10)
1698             </li>
1699           </ul>
1700         </div></td>
1701     </tr>
1702     <tr>
1703       <td width="60" nowrap>
1704         <div align="center">
1705           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1706             <em>2/10/2017</em></strong>
1707         </div>
1708       </td>
1709       <td><div align="left">
1710           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1711           <ul>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1714             </li>
1715             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1716             </li>
1717           </ul>
1718         </div></td>
1719       <td><div align="left">
1720         </div></td>
1721     </tr>
1722     <tr>
1723       <td width="60" nowrap>
1724         <div align="center">
1725           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1726             <em>7/9/2017</em></strong>
1727         </div>
1728       </td>
1729       <td><div align="left">
1730           <em></em>
1731           <ul>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1734               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1735               white)
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1739               Preferences
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1743               in size and progress bar shown as higher resolution
1744               overview is recalculated
1745             </li>
1746
1747           </ul>
1748         </div></td>
1749       <td><div align="left">
1750           <em></em>
1751           <ul>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1754               column region row by row
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1758               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1762               format setting is unticked
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1766               if group has show boxes format setting unticked
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1770               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1771               include sequences and columns not currently displayed
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1775               assemblies are imported via CIF file
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1779               displayed when threshold or conservation colouring is also
1780               enabled.
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1784               server version
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1788               dragging a selected region off the visible region of the
1789               alignment
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1793               colourscheme to all groups in a view
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1797               initially after font size change using the Font chooser or
1798               middle-mouse zoom
1799             </li>
1800           </ul>
1801         </div></td>
1802     </tr>
1803     <tr>
1804       <td width="60" nowrap>
1805         <div align="center">
1806           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1807         </div>
1808       </td>
1809       <td><div align="left">
1810           <em>Calculations</em>
1811           <ul>
1812
1813             <li>
1814               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1815               ungapped positions in each column of the alignment.
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1819               a calculation dialog box
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1823               and memory efficiency (~30x faster)
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1827               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1828               and other calculations
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1832               files within the Jalview codebase
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1836               Similarity may have different topology due to increased
1837               precision
1838             </li>
1839           </ul>
1840           <em>Rendering</em>
1841           <ul>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1844               model for alignments and groups
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1848               scripts
1849             </li>
1850           </ul>
1851           <em>Overview</em>
1852           <ul>
1853             <li>
1854               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1855               with alignment and overview windows
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1859               overview
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1863               omitted in Overview
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1867               adjustment of visible position
1868             </li>
1869           </ul>
1870
1871           <em>Data import/export</em>
1872           <ul>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1875               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1879               annotation input/output via stockholm flatfile
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1883               extension when importing structure files without embedded
1884               names or PDB accessions
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1888               format sequence substitution matrices
1889             </li>
1890           </ul>
1891           <em>User Interface</em>
1892           <ul>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1895               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1896               the application.
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1900               via Overview or sequence motif search operations
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1904               opened by double clicking gaps within sequence feature
1905               extent
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1909               aligned positions were available to create a 3D structure
1910               superposition.
1911             </li>
1912           </ul>
1913           <em>3D Structure</em>
1914           <ul>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1917               coloured in linked structure views
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1921               file-based command exchange
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1925               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1926               structures are already available for sequences
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1930               the Jalview project rather than downloaded again when the
1931               project is reopened.
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1935               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1936               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1937                 Feature</strong>)
1938             </li>
1939           </ul>
1940           <em>Web Services</em>
1941           <ul>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1947               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1948               Analysis services
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1952               cross-references provided by identifiers.org and the
1953               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1954             </li>
1955           </ul>
1956
1957           <em>Scripting</em>
1958           <ul>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1961               identifying file formats (instead of String constants)
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1965               efficiency when counting all displayed features (not
1966               backwards compatible with 2.10.1)
1967             </li>
1968           </ul>
1969           <em>Example files</em>
1970           <ul>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1973               included in the example feature file
1974             </li>
1975           </ul>
1976           <em>Documentation</em>
1977           <ul>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1980               with the built-in Java help viewer
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1984               sequence description' option
1985             </li>
1986           </ul>
1987           <em>Test Suite</em>
1988           <ul>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1991               Uniprot REST Free Text Search Client
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1998               during tests
1999             </li>
2000           </ul>
2001         </div></td>
2002       <td><div align="left">
2003           <em>Calculations</em>
2004           <ul>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2007               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2008               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2009             </li>
2010             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2011               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2012               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2013               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2014               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2015               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2016               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2017               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2018               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2019               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2020               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2021               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2022               // for 2.10.1 mode <br />
2023               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2024               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2025                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2026                 calculations (not recommended)</em></li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2029               scaling of branch lengths for trees computed using
2030               Sequence Feature Similarity.
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2034               generating output report when working with highly
2035               redundant alignments
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2039               right of selected region when gaps present on right-hand
2040               boundary
2041             </li>
2042           </ul>
2043           <em>User Interface</em>
2044           <ul>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2047               doesn't reselect a specific sequence's associated
2048               annotation after it was used for colouring a view
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2052               opened on a region of alignment without groups
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2056               of an alignment with overlapping groups
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2060               name and description match
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2064               hidden regions results in incorrect hidden regions
2065             </li>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2068               changing colour does not apply Conservation slider value
2069               to all groups
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2073               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2077               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2081               gaps before start of features
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2085               restored to UI when feature colour is edited
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2089               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2093               as graduate feature colour settings are modified via the
2094               dialog box
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2098               when a group defined on the alignment is resized
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2102               wrapped view result in positional status updates
2103             </li>
2104
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2107               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2111               alignment included gapped columns
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2115               widgets don't permanently disappear
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2119               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2120               T-Coffee column reliability scores)
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2124               sequence feature on gaps only
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2128               button from a Find inherit previously defined feature type
2129               rather than the Find query string
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2133               exporting tree calculated in Jalview
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2137               and then revealing them reorders sequences on the
2138               alignment
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2142               doesn't update to reflect available set of groups after
2143               interactively adding or modifying features
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2147               Linux
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2151               only excluded gaps in current sequence and ignored
2152               selection.
2153             </li>
2154           </ul>
2155           <em>Rendering</em>
2156           <ul>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2159               erratically when hidden rows or columns are present
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2163               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2164               sequence colouring
2165             </li>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2168               colour and group colour menu for protein alignments
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2172               reflect currently selected view or group's shading
2173               thresholds
2174             </li>
2175             <li>
2176               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2177               when rendered on overview and structures when opacity at
2178               100%
2179             </li>
2180             <li>
2181               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2182               overview when features overlaid on alignment
2183             </li>
2184             <li>
2185               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2186               recovered correctly from Jalview project file
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2190               (automatically via preferences) are different to the main
2191               alignment panel
2192             </li>
2193           </ul>
2194           <em>Data import/export</em>
2195           <ul>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2198               load
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2202               added after a sequence was imported are not written to
2203               Stockholm File
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2207               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2211               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2215               with lightGray or darkGray via features file (but can
2216               specify lightgray)
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2220               when alignment view imported from project
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2224               structure and sequences extracted from structure files
2225               imported via URL and viewed in Jmol
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2229               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2230               the project is loaded and the structure viewed
2231             </li>
2232           </ul>
2233           <em>Web Services</em>
2234           <ul>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2237               release of Ensembl v.88
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2241               appear enabled in Preferences->Connections
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2245               removed from console output
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2249               Ensembl by Peptide ID
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2253               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2254               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2255               due to 'null' string rather than empty string used for
2256               residues with no corresponding PDB mapping).
2257             </li>
2258           </ul>
2259           <em>Application UI</em>
2260           <ul>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2263               menu
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2267               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2268               new documentation and tooltips added)
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2272               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2276               new features are added to alignment
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2280               changes to feature colours via the Amend features dialog
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2284               edit graduated feature colour via amend features dialog
2285               box
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2289               selection menu changes colours of alignment views
2290             </li>
2291             <li>
2292               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2293               from alignment calculation workers after alignment has
2294               been closed
2295             </li>
2296             <li>
2297               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2298               groups now 'Create Group'
2299             </li>
2300             <li>
2301               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2302               Create/Undefine group doesn't always work
2303             </li>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2306               shown again after pressing 'Cancel'
2307             </li>
2308             <li>
2309               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2310               adjusts start position in wrap mode
2311             </li>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2314               ambiguous amino acids
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2318               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2319               proteins
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2323               Defined' don't appear in Colours menu
2324             </li>
2325           </ul>
2326           <em>Applet</em>
2327           <ul>
2328             <li>
2329               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2330               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2334               overview or linked structure view
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2338               work (since 2.8)
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2342               user-defined colourscheme doesn't restore original
2343               colourscheme
2344             </li>
2345           </ul>
2346           <em>Test Suite</em>
2347           <ul>
2348             <li>
2349               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2350               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2351             </li>
2352             <li>
2353               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2354               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2355               problems with deep array comparison equality asserts in
2356               successive versions of TestNG
2357             </li>
2358             <li>
2359               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2360               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2361             </li>
2362           </ul>
2363           <em>New Known Issues</em>
2364           <ul>
2365             <li>
2366               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2367               phase after a sequence motif find operation
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2371               containing just upper and lower case letters are
2372               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2373             </li>
2374             <li>
2375               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2376               reliably from eggnog Ortholog database
2377             </li>
2378             <li>
2379               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2380               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2381               to mark columns containing highlighted regions.
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2385               doesn't always add secondary structure annotation.
2386             </li>
2387           </ul>
2388         </div>
2389     <tr>
2390       <td width="60" nowrap>
2391         <div align="center">
2392           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2393         </div>
2394       </td>
2395       <td><div align="left">
2396           <em>General</em>
2397           <ul>
2398             <li>
2399               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2400               for all consensus calculations
2401             </li>
2402             <li>
2403               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2404               3rd Oct 2016)
2405             </li>
2406             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2407               for 2016-2017</li>
2408           </ul>
2409           <em>Application</em>
2410           <ul>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2413               set of database cross-references, sorted alphabetically
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2417               from database cross references. Users with custom links
2418               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2419                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2423               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2424               Chimera session
2425             </li>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2428               the Chimera it is connected to is shut down
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2432               columns menu item to mark columns containing highlighted
2433               regions (e.g. from structure selections or results of a
2434               Find operation)
2435             </li>
2436             <li>
2437               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2438               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2439               MSAviewer
2440             </li>
2441           </ul>
2442         </div></td>
2443       <td>
2444         <div align="left">
2445           <em>General</em>
2446           <ul>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2449               are not coloured or thresholded according to percent
2450               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2451             </li>
2452             <li>
2453               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2454               hydrophobic
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2458               threshold, amino acid properties)
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2462               reported as mapped to residues in a structure file in the
2463               View Mapping report
2464             </li>
2465             <li>
2466               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2467               could be added multiple times to a sequence
2468             </li>
2469             <li>
2470               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2471               bond features shown as two highlighted residues rather
2472               than a range in linked structure views, and treated
2473               correctly when selecting and computing trees from features
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2477               cross-references are matched to database name regardless
2478               of case
2479             </li>
2480
2481           </ul>
2482           <em>Application</em>
2483           <ul>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2486               names without regular expressions also offer links from
2487               Sequence ID
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2491               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2492               update Jalview configuration
2493             </li>
2494             <li>
2495               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2496               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2497             </li>
2498             <li>
2499               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2500               files with similarly named sequences if dropped onto the
2501               alignment
2502             </li>
2503             <li>
2504               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2505               entries where more chains exist in the PDB accession than
2506               are reported in the SIFTS file
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2510               the structure view when displayed with Chimera
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2514               panel's View->Show Chains submenu
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2518               work for wrapped alignment views
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2522               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2526               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2527               first annotation row
2528             </li>
2529             <li>
2530               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2531               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2532             </li>
2533             <li>
2534               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2535               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2536             </li>
2537             <!-- JAL-2319 -->
2538             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2539             coordindate data
2540             </li>
2541           </ul>
2542           <!--           <em>New Known Issues</em>
2543           <ul>
2544             <li></li>
2545           </ul> -->
2546         </div>
2547       </td>
2548     </tr>
2549     <td width="60" nowrap>
2550       <div align="center">
2551         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2552           <em>25/10/2016</em></strong>
2553       </div>
2554     </td>
2555     <td><em>Application</em>
2556       <ul>
2557         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2558           view if structures already loaded</li>
2559         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2560           structure views</li>
2561       </ul></td>
2562     <td>
2563       <div align="left">
2564         <em>General</em>
2565         <ul>
2566           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2567             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2568           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2569             example sequences/projects/trees</li>
2570         </ul>
2571         <em>Application</em>
2572         <ul>
2573           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2574             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2575           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2576             without timeout for structures with multiple models or
2577             multiple sequences in alignment</li>
2578           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2579             PDB ID HEADER line</li>
2580           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2581             is performed</li>
2582           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2583             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2584           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2585           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2586             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2587             option</li>
2588           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2589             is created on the alignment</li>
2590           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2591             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2592             pop-up menu</li>
2593         </ul>
2594         <em>Build and deployment</em>
2595         <ul>
2596           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2597             tags</li>
2598         </ul>
2599         <em>New Known Issues</em>
2600         <ul>
2601           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2602             on Windows</li>
2603         </ul>
2604       </div>
2605     </td>
2606     </tr>
2607     <tr>
2608       <td width="60" nowrap>
2609         <div align="center">
2610           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2611         </div>
2612       </td>
2613       <td><em>General</em>
2614         <ul>
2615           <li>
2616             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2617           </li>
2618           <li>
2619             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2620             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2621             better PDB parsing.
2622           </li>
2623           <li>
2624             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2625             reference sequence
2626           </li>
2627           <li>
2628             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2629             mousing over sequence associated annotation
2630           </li>
2631           <li>
2632             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2633             for manual entry
2634           </li>
2635           <li>
2636             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2637             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2638             for each column
2639           </li>
2640           <li>
2641             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2642             showing or hiding columns containing a feature
2643           </li>
2644           <li>
2645             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2646             group and sequence associated annotation labels
2647           </li>
2648           <li>
2649             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2650             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2651             dialogs
2652           </li>
2653
2654         </ul> <em>Application</em>
2655         <ul>
2656           <li>
2657             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2658             gene/transcript view
2659           </li>
2660           <li>
2661             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2662             dialog
2663           </li>
2664           <li>
2665             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2666             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2667           </li>
2668           <li>
2669             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2670             Pfam sources to xfam.org
2671           </li>
2672           <li>
2673             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2674           </li>
2675           <li>
2676             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2677             over sequences in Jalview
2678           </li>
2679           <li>
2680             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2681             regions in ENA and EMBL
2682           </li>
2683           <li>
2684             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2685             for record retrieval via ENA rest API
2686           </li>
2687           <li>
2688             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2689             complement operator
2690           </li>
2691           <li>
2692             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2693             groovy script execution
2694           </li>
2695           <li>
2696             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2697             alignment window's Calculate menu
2698           </li>
2699           <li>
2700             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2701             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2702           </li>
2703           <li>
2704             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2705             calculation workers from groovy scripts
2706           </li>
2707           <li>
2708             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2709             Jalview projects
2710           </li>
2711           <li>
2712             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2713             associations are now saved/restored from project
2714           </li>
2715           <li>
2716             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2717             before sequence fetcher is opened
2718           </li>
2719           <li>
2720             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2721             database chooser opens a sequence fetcher
2722           </li>
2723           <li>
2724             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2725             the UniProt REST API
2726           </li>
2727           <li>
2728             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2729             the news reader opening
2730           </li>
2731           <li>
2732             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2733             querying stored in preferences
2734           </li>
2735           <li>
2736             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2737             search results
2738           </li>
2739           <li>
2740             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2741           </li>
2742           <li>
2743             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2744             menu for nucleotide sequences
2745           </li>
2746           <li>
2747             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2748             and feature counts preserves alignment ordering (and
2749             debugged for complex feature sets).
2750           </li>
2751           <li>
2752             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2753             viewing structures with Jalview 2.10
2754           </li>
2755           <li>
2756             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2757             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2758             Ensembl Genomes REST API
2759           </li>
2760           <li>
2761             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2762             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2763             (Ensembl)
2764           </li>
2765           <li>
2766             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2767             sequences
2768           </li>
2769           <li>
2770             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2771             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2772             data from external database records.
2773           </li>
2774           <li>
2775             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2776             efficient recovery of sequence coding and alignment
2777             annotation relationships.
2778           </li>
2779         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2780         <ul>
2781           <li>
2782             -- JAL---
2783           </li>
2784         </ul> --></td>
2785       <td>
2786         <div align="left">
2787           <em>General</em>
2788           <ul>
2789             <li>
2790               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2791               menu on OSX
2792             </li>
2793             <li>
2794               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2795               includes graduated colourschemes
2796             </li>
2797             <li>
2798               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2799               working with big alignments and lots of hidden columns
2800             </li>
2801             <li>
2802               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2803               at right of alignment window
2804             </li>
2805             <li>
2806               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2807               contents
2808             </li>
2809             <li>
2810               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2811               for DNA alignments
2812             </li>
2813             <li>
2814               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2815               based tree calculation
2816             </li>
2817             <li>
2818               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2819               unconserved enabled for group on alignment
2820             </li>
2821             <li>
2822               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2823               set as reference
2824             </li>
2825             <li>
2826               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2827               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2828               annotation
2829             </li>
2830             <li>
2831               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2832               hidden columns present
2833             </li>
2834             <li>
2835               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2836               user created annotation added to alignment
2837             </li>
2838             <li>
2839               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2840               '()' base pair annotation
2841             </li>
2842             <li>
2843               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2844               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2845               Consensus
2846             </li>
2847             <li>
2848               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2849               feature not working
2850             </li>
2851             <li>
2852               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2853               beginning of sequence
2854             </li>
2855             <li>
2856               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2857               entry 3a6s
2858             </li>
2859             <li>
2860               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2861               from a tree when t-coffee scores are shown
2862             </li>
2863             <li>
2864               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2865               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2866             </li>
2867             <li>
2868               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2869               some structures
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2873               to Clustal, PIR and PileUp output
2874             </li>
2875             <li>
2876               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2877               not visible causes alignment window to repaint
2878             </li>
2879             <li>
2880               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2881               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2882               scores associated with features and annotation rows
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2886               calculation should be case independent
2887             </li>
2888             <li>
2889               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2890               columns
2891             </li>
2892             <li>
2893               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2894               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2895               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2896             </li>
2897             <li>
2898               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2899               problems when reference sequence defined and 'show
2900               non-conserved' enabled
2901             </li>
2902             <li>
2903               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2904               load even when Consensus calculation is disabled
2905             </li>
2906             <li>
2907               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2908               alignment does nothing
2909             </li>
2910           </ul>
2911           <em>Application</em>
2912           <ul>
2913             <li>
2914               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2915               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2916               yet fixed for El Capitan)
2917             </li>
2918             <li>
2919               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2920               output when running on non-gb/us i18n platforms
2921             </li>
2922             <li>
2923               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2924               hidden sequences as flat-file alignment
2925             </li>
2926             <li>
2927               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2928               launching Chimera
2929             </li>
2930             <li>
2931               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2932               (also hotfix for 2.9.0b2)
2933             </li>
2934             <li>
2935               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2936               reference sequence defined
2937             </li>
2938             <li>
2939               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2940               alignments and views when revealing hidden columns
2941             </li>
2942             <li>
2943               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2944               view in a cDNA/Protein splitframe
2945             </li>
2946             <li>
2947               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2948               sequence from project when only one sequence is
2949               represented
2950             </li>
2951             <li>
2952               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2953               in Structure Chooser
2954             </li>
2955             <li>
2956               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2957               structure consensus didn't refresh annotation panel
2958             </li>
2959             <li>
2960               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2961               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2962             </li>
2963             <li>
2964               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2965               dialogs format columns correctly, don't display array
2966               data, sort columns according to type
2967             </li>
2968             <li>
2969               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2970               file chooser is cancelled during an image export
2971             </li>
2972             <li>
2973               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2974               sequence name containing special characters
2975             </li>
2976             <li>
2977               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2978               case insensitive
2979             </li>
2980             <li>
2981               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2982               formatting don't wrap
2983             </li>
2984             <li>
2985               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2986               truncated so L looks like I in consensus annotation
2987             </li>
2988             <li>
2989               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2990               currently displayed features for the current selection or
2991               view
2992             </li>
2993             <li>
2994               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2995               after fetching cross-references, and restoring from
2996               project
2997             </li>
2998             <li>
2999               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3000               followed in the structure viewer
3001             </li>
3002             <li>
3003               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3004               splitframe not restored from project
3005             </li>
3006             <li>
3007               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3008               trailing end of protein alignment in transcript/product
3009               splitview when pad-gaps not enabled by default
3010             </li>
3011             <li>
3012               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3013               is case dependent
3014             </li>
3015             <li>
3016               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3017               article has been read (reopened issue due to
3018               internationalisation problems)
3019             </li>
3020             <li>
3021               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3022               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3023               cross-references
3024             </li>
3025
3026             <li>
3027               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3028               alignment as HTML
3029             </li>
3030             <li>
3031               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3032               multiple structures are shown for one or more sequences.
3033             </li>
3034             <li>
3035               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3036               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3037               is enabled.
3038             </li>
3039             <li>
3040               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3041               specific PDB id for sequence
3042             </li>
3043             <li>
3044               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3045               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3046               columns' is disabled.
3047             </li>
3048             <li>
3049               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3050               selects lowest rather than highest resolution structures
3051               for each sequence
3052             </li>
3053             <li>
3054               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3055               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3056             </li>
3057             <li>
3058               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3059               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3060             </li>
3061             <li>
3062               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3063               after clicking on it to create new annotation for a
3064               column.
3065             </li>
3066             <li>
3067               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3068               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3069             </li>
3070             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3071             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3072           </ul>
3073           <em>Applet</em>
3074           <ul>
3075             <li>
3076               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3077               hidden columns present before start of sequence
3078             </li>
3079             <li>
3080               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3081               (JSON jars)
3082             </li>
3083             <li>
3084               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3085               sequences are hidden in applet
3086             </li>
3087             <li>
3088               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3089               deployment on examples pages.
3090             </li>
3091           </ul>
3092         </div>
3093       </td>
3094     </tr>
3095     <tr>
3096       <td width="60" nowrap>
3097         <div align="center">
3098           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3099             <em>16/10/2015</em></strong>
3100         </div>
3101       </td>
3102       <td><em>General</em>
3103         <ul>
3104           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3105             jars</li>
3106         </ul></td>
3107       <td>
3108         <div align="left">
3109           <em>Application</em>
3110           <ul>
3111             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3112               shown when tree is partitioned</li>
3113             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3114               multiple cDNA/Protein split views</li>
3115           </ul>
3116         </div>
3117       </td>
3118     </tr>
3119     <tr>
3120       <td width="60" nowrap>
3121         <div align="center">
3122           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3123             <em>8/10/2015</em></strong>
3124         </div>
3125       </td>
3126       <td><em>General</em>
3127         <ul>
3128           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3129             2.9</li>
3130         </ul> <em>Application</em>
3131         <ul>
3132           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3133           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3134           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3135         </ul> <em>Applet</em>
3136         <ul>
3137           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3138         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3139         <ul>
3140           <li>
3141             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3142             suite
3143           </li>
3144         </ul></td>
3145       <td>
3146         <div align="left">
3147           <em>General</em>
3148           <ul>
3149             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3150               incorrect when sequence start > 1</li>
3151             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3152               documentation</li>
3153             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3154             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3155               loading a features file containing HTML tags in feature
3156               description</li>
3157
3158           </ul>
3159           <em>Application</em>
3160           <ul>
3161             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3162               reimport</li>
3163             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3164               with 'trim retrieved sequences'</li>
3165             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3166               deleting selected columns</li>
3167             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3168               JNLP templates for webstart launch</li>
3169             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3170               unreleased structures for download or viewing</li>
3171             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3172               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3173             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3174               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3175             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3176               recovered from jalview project</li>
3177             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3178               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3179               alignment view</li>
3180             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3181               color schemes from BioJSON</li>
3182           </ul>
3183           <em>Applet</em>
3184           <ul>
3185             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3186               frame</li>
3187             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3188           </ul>
3189         </div>
3190       </td>
3191     </tr>
3192     <tr>
3193       <td><div align="center">
3194           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3195         </div></td>
3196       <td><em>General</em>
3197         <ul>
3198           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3199             alignments:
3200             <ul>
3201               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3202                 and DNA alignment views</li>
3203               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3204                 cDNA alignment views</li>
3205               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3206                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3207               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3208                 protein sequences</li>
3209             </ul>
3210           </li>
3211           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3212           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3213             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3214           <li>New alignment annotation file statements for
3215             reference sequences and marking hidden columns</li>
3216           <li>Reference sequence based alignment shading to
3217             highlight variation</li>
3218           <li>Select or hide columns according to alignment
3219             annotation</li>
3220           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3221           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3222             acid conservation row</li>
3223           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3224         </ul> <em>Application</em>
3225         <ul>
3226           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3227             <ul>
3228               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3229                 view with cDNA/Protein</li>
3230               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3231                 sequences are placed in the same alignment</li>
3232               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3233                 projects</li>
3234             </ul>
3235           </li>
3236
3237           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3238           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3239             Jalview windows</li>
3240
3241           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3242           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3243           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3244             be shown in VARNA</li>
3245
3246           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3247             as the active selected region</li>
3248
3249           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3250             similarity</li>
3251           <li>New Export options
3252             <ul>
3253               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3254                 region export in flat file generation</li>
3255
3256               <li>Export alignment views for display with the <a
3257                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3258
3259               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3260               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3261                 alignment figures to HTML</li>
3262           </li>
3263           <li>3D structure retrieval and display
3264             <ul>
3265               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3266                 Search API</li>
3267               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3268                 PDB structures for a sequence set</li>
3269             </ul>
3270           </li>
3271
3272           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3273             predictions</li>
3274           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3275             for one or a group of sequences</li>
3276           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3277             from the JPred4 web server</li>
3278           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3279             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3280             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3281           </li>
3282           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3283             VARNA 2D Structure'</li>
3284           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3285             Structure ..."</li>
3286
3287         </ul> <em>Applet</em>
3288         <ul>
3289           <li>New layout for applet example pages</li>
3290           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3291             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3292           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3293             Protein alignments</li>
3294         </ul> <em>Development and deployment</em>
3295         <ul>
3296           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3297           <li>Include installation type and git revision in build
3298             properties and console log output</li>
3299           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3300             storing BioJsMSA Templates</li>
3301           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3302         </ul></td>
3303       <td>
3304         <!-- <em>General</em>
3305         <ul>
3306         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3307         <ul>
3308           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3309           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3310           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3311             predictions are not highlighted in amber</li>
3312           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3313             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3314           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3315             associated structure views</li>
3316           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3317             width checkbox not enabled</li>
3318           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3319             creating user defined colours</li>
3320           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3321             mappings for just that viewer's sequences</li>
3322           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3323             multiple models in Chimera</li>
3324           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3325             over Jmol structure</li>
3326           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3327             output to text box</li>
3328           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3329             have incorrect sequence start/end</li>
3330           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3331             Jalview fails</li>
3332           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3333             work for nucleotide</li>
3334           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3335             to a grey/invisible alignment window</li>
3336           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3337             imports to different position</li>
3338           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3339             on some platforms</li>
3340           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3341             populated</li>
3342           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3343             console if Chimera has been opened</li>
3344           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3345           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3346             retrieved</li>
3347           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3348           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3349             either sequence shows on first structure</li>
3350           <li>'Show annotations' options should not make
3351             non-positional annotations visible</li>
3352           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3353             in right place after 'view flanking regions'</li>
3354           <li>File Save As type unset when current file format is
3355             unknown</li>
3356           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3357             projects</li>
3358           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3359             responsive</li>
3360           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3361             several views on same alignment</li>
3362           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3363           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3364             spaces</li>
3365         </ul> <em>Applet</em>
3366         <ul>
3367           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3368           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3369             descriptions containing angle brackets</li>
3370         </ul> <em>General</em>
3371         <ul>
3372           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3373             via jalview annotation file</li>
3374           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3375             with RNA secondary structure</li>
3376           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3377             translation doesn't work.</li>
3378           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3379           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3380             positions</li>
3381           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3382             choosing 1pt font</li>
3383           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3384             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3385             'h'</li>
3386           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3387             new feature</li>
3388           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3389             order dependent</li>
3390           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3391             sequences</li>
3392           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3393         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3394         <ul>
3395           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3396             www.jalview.org</li>
3397         </ul> <em>Application Known issues</em>
3398         <ul>
3399           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3400           <li>Misleading message appears after trying to delete
3401             solid column.</li>
3402           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3403             version launches</li>
3404           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3405             fails with a sequence mismatch</li>
3406           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3407             scrolling alignment to right</li>
3408           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3409             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3410           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3411             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3412           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3413             ultra-high resolution</li>
3414           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3415             quality and conservation</li>
3416           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3417             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3418         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3419         <ul>
3420           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3421           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3422             window is being resized</li>
3423
3424         </ul>
3425       </td>
3426     </tr>
3427     <tr>
3428       <td><div align="center">
3429           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3430         </div></td>
3431       <td><em>General</em>
3432         <ul>
3433           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3434             Certum.PL.</li>
3435           <li>Features and annotation preserved when performing
3436             pairwise alignment</li>
3437           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3438             imported/exported/displayed</li>
3439           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3440             protein secondary structure</li>
3441           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3442               post-hoc with 2.9 release</em>)
3443           </li>
3444
3445         </ul> <em>Application</em>
3446         <ul>
3447           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3448             with 3D structures</li>
3449           <li>Support for parsing RNAML</li>
3450           <li>Annotations menu for layout
3451             <ul>
3452               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3453               <li>place sequence annotation above/below alignment
3454                 annotation</li>
3455             </ul>
3456           <li>Output in Stockholm format</li>
3457           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3458             translation</li>
3459           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3460           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3461             shared between alignments</li>
3462           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3463             Jalview</li>
3464           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3465             all or current selection</li>
3466           <li>disorder and secondary structure predictions
3467             available as dataset annotation</li>
3468           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3469
3470
3471           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3472             alignments from Rfam</li>
3473           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3474
3475           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3476             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3477           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3478           <li>include installation type in build properties and
3479             console log output</li>
3480           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3481             annotation</li>
3482         </ul></td>
3483       <td>
3484         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3485         <ul>
3486           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3487             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3488           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3489             alignment</li>
3490           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3491           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3492           <li>Double click on sequence associated annotation
3493             selects only first column</li>
3494           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3495             leaves shown in tree</li>
3496           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3497             properly</li>
3498           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3499           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3500             screen and buttons not visible</li>
3501           <li>author list isn't updated if already written to
3502             Jalview properties</li>
3503           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3504             from database</li>
3505           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3506           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3507             browser search window</li>
3508           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3509             in feature settings dialog</li>
3510           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3511             desktop</li>
3512           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3513             pass validation</li>
3514           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3515             fit on screen</li>
3516           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3517             tooltip</li>
3518           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3519             defined user preset</li>
3520           <li>MSA web services warns user if they were launched
3521             with invalid input</li>
3522           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3523             Java 8</li>
3524           <li>
3525             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3526             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3527             created
3528           </li>
3529
3530         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3531         <ul>
3532         </ul> <em>General</em>
3533         <ul>
3534         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3535         <ul>
3536           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3537             memory allocation</li>
3538           <li>launchApp service doesn't automatically open
3539             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3540           <li>
3541             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3542             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3543             1.7_055 is available
3544           </li>
3545         </ul> <em>Application Known issues</em>
3546         <ul>
3547           <li>
3548             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3549             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3550             alignment to right
3551           </li>
3552           <li>
3553             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3554             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3555             with large number of ID
3556           </li>
3557           <li>
3558             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3559             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3560             start/end
3561           </li>
3562           <li>
3563             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3564             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3565             structure tracks are rearranged
3566           </li>
3567           <li>
3568             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3569             invalid rna structure positional highlighting does not
3570             highlight position of invalid base pairs
3571           </li>
3572           <li>
3573             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3574             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3575             project from alignment window file menu
3576           </li>
3577           <li>
3578             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3579             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3580             structures
3581           </li>
3582           <li>
3583             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3584             colour by RNA Helices not enabled when user created
3585             annotation added to alignment
3586           </li>
3587           <li>
3588             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3589             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3590           </li>
3591         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3592         <ul>
3593           <li>
3594             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3595             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3596           </li>
3597           <li>
3598             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3599             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3600           </li>
3601
3602           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3603             when selected</li>
3604         </ul>
3605       </td>
3606     </tr>
3607     <tr>
3608       <td><div align="center">
3609           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3610         </div></td>
3611       <td>
3612         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3613         <em>General</em>
3614         <ul>
3615           <li>Internationalisation of user interface (usually
3616             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3617           <li>Define/Undefine group on current selection with
3618             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3619           <li>Improved group creation/removal options in
3620             alignment/sequence Popup menu</li>
3621           <li>Sensible precision for symbol distribution
3622             percentages shown in logo tooltip.</li>
3623           <li>Annotation panel height set according to amount of
3624             annotation when alignment first opened</li>
3625         </ul> <em>Application</em>
3626         <ul>
3627           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3628             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3629           <li>Select columns containing particular features from
3630             Feature Settings dialog</li>
3631           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3632             sequences</li>
3633           <li>Update Jalview project format:
3634             <ul>
3635               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3636               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3637                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3638               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3639                 colouring</li>
3640             </ul>
3641           </li>
3642           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3643             (PAM250)</li>
3644           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3645             flanking regions for an alignment</li>
3646         </ul>
3647       </td>
3648       <td>
3649         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3650         <ul>
3651           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3652             running after job is cancelled</li>
3653           <li>cannot export features from alignments imported from
3654             Jalview/VAMSAS projects</li>
3655           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3656             float values</li>
3657           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3658             have 'display all symbols' flag set</li>
3659           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3660             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3661           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3662             Jalview</li>
3663           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3664             Lion/Webstart</li>
3665           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3666           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3667           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3668             alignment onto desktop</li>
3669           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3670             'extract scores' function</li>
3671           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3672             alignment window</li>
3673           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3674             performing IUPred disorder prediction</li>
3675           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3676             changing 'normalise logo' display setting</li>
3677           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3678             nothing matches query</li>
3679           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3680             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3681           </li>
3682           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3683             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3684           </li>
3685           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3686             Jalview's menu</li>
3687           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3688             'invalid literal/length code'</li>
3689           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3690             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3691           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3692             colourscheme</li>
3693
3694         </ul> <em>Applet</em>
3695         <ul>
3696           <li>Remove group option is shown even when selection is
3697             not a group</li>
3698           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3699             don't affect groups</li>
3700           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3701             colourscheme name</li>
3702           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3703             Annotation panel is not displayed</li>
3704           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3705             embedded windows</li>
3706         </ul> <em>Other</em>
3707         <ul>
3708           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3709             single sequence were not calculated</li>
3710           <li>annotation files that contain only groups imported as
3711             annotation and junk sequences</li>
3712           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3713             recognised as PFAM or BLC</li>
3714           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3715             doesn't affect background (2.8.0b1)
3716           <li></li>
3717           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3718           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3719             trailing gaps</li>
3720           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3721             registered correctly on import</li>
3722           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3723             certain alignments</li>
3724           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3725             existing annotation based 'use original colours'
3726             colourscheme loses original colours setting</li>
3727         </ul>
3728       </td>
3729     </tr>
3730     <tr>
3731       <td><div align="center">
3732           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3733             <em>30/1/2014</em></strong>
3734         </div></td>
3735       <td>
3736         <ul>
3737           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3738             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3739             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3740             open source project).
3741           </li>
3742           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3743           <li>Output in Stockholm format</li>
3744           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3745           <li>Export/import group and sequence associated line
3746             graph thresholds</li>
3747           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3748             ambiguity codes</li>
3749           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3750             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3751             works</li>
3752           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3753         </ul> <em>Other improvements</em>
3754         <ul>
3755           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3756           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3757             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3758           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3759             files</li>
3760           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3761           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3762             link but no description</li>
3763           <li>Select primary source when selecting authority in
3764             database fetcher GUI</li>
3765           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3766             Jalview</li>
3767           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3768         </ul>
3769       </td>
3770       <td>
3771         <ul>
3772           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3773             displayed</li>
3774           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3775             secondary structure annotation line</li>
3776           <li>Sequence database accessions not imported when
3777             fetching alignments from Rfam</li>
3778           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3779             identical IDs</li>
3780           <li>View all structures does not always superpose
3781             structures</li>
3782           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3783             reflect user or preset settings</li>
3784           <li>Null pointer exceptions for some services without
3785             presets or adjustable parameters</li>
3786           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3787             discover PDB xRefs</li>
3788           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3789             features with DAS</li>
3790           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3791             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3792           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3793             residue follows a gap</li>
3794           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3795             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3796           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3797             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3798           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3799             annotation already exists on alignment</li>
3800           <li>oninit javascript function should be called after
3801             initialisation completes</li>
3802           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3803             alignment window display</li>
3804           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3805           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3806             to annotation file</li>
3807           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3808             groups created</li>
3809           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3810             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3811           <li>Pressing return several times causes Number Format
3812             exceptions in keyboard mode</li>
3813           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3814             correct partitions for input data</li>
3815           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3816           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3817           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3818           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3819             mode</li>
3820           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3821             changes one row&#39;s threshold</li>
3822           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3823             doesn&#39;t open</li>
3824           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3825             quality histograms</li>
3826         </ul>
3827       </td>
3828     </tr>
3829     <tr>
3830       <td><div align="center">
3831           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3832         </div></td>
3833       <td><em>Application</em>
3834         <ul>
3835           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3836             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3837           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3838             preferences</li>
3839           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3840             in Jalview alignment window</li>
3841           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3842             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3843           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3844             RNA and ambiguity codes</li>
3845
3846           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3847           <li>Support fetching and database reference look up
3848             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3849             refs')</li>
3850           <li>Jalview project improvements
3851             <ul>
3852               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3853                 flag for annotation</li>
3854               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3855                 alignment</li>
3856               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3857                 Jalview project</li>
3858
3859             </ul>
3860           </li>
3861           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3862           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3863             running</li>
3864           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3865           <li>visual indication that web service results are still
3866             being retrieved from server</li>
3867           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3868             starts up for first time</li>
3869           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3870             services</li>
3871           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3872             client library</li>
3873           <li>Examples directory and Groovy library included in
3874             InstallAnywhere distribution</li>
3875         </ul> <em>Applet</em>
3876         <ul>
3877           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3878             visualization applet example</li>
3879         </ul> <em>General</em>
3880         <ul>
3881           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3882           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3883             defaults</li>
3884           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3885             calculation</li>
3886           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3887             matrices
3888           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3889             in HTML</li>
3890           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3891             structure contacts</li>
3892           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3893           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3894           <li>Parse sequence associated secondary structure
3895             information in Stockholm files</li>
3896           <li>HTML Export database accessions and annotation
3897             information presented in tooltip for sequences</li>
3898           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3899             style RNA alignment files</li>
3900           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3901             alignment</li>
3902           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3903             shade each sequence according to its associated alignment
3904             annotation</li>
3905           <li>New Jalview Logo</li>
3906         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3907         <ul>
3908           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3909           <li>New Website!</li>
3910         </ul></td>
3911       <td><em>Application</em>
3912         <ul>
3913           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3914             wsdbfetch REST service</li>
3915           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3916           <li>Filetype associations not installed for webstart
3917             launch</li>
3918           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3919             job execution in full once it is complete</li>
3920           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3921             uploaded via ali_file parameter</li>
3922           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3923           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3924           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3925             submitted for prediction</li>
3926           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3927             desktop window</li>
3928           <li>Putting fractional value into integer text box in
3929             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3930           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3931             windows 7</li>
3932           <li>View all structures fails with exception shown in
3933             structure view</li>
3934           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3935             escaped in a platform independent way</li>
3936           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3937             using proxy</li>
3938           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3939             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3940           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3941             failure when java web start temporary file caching is
3942             disabled</li>
3943           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3944             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3945           <li>Errors during processing of command line arguments
3946             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3947           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3948             DAS sources in sequence fetcher</li>
3949           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3950             dialog is shown</li>
3951           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3952           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3953           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3954           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3955             on OSX Mountain Lion</li>
3956           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3957             sequences with alignment annotation are pasted into the
3958             alignment</li>
3959           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3960             when loaded from Jalview project</li>
3961           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3962           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3963             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3964           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3965             associated with all views</li>
3966           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3967             annotation rows to new window</li>
3968         </ul> <em>Applet</em>
3969         <ul>
3970           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3971             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3972           <li>loading features via javascript API automatically
3973             enables feature display</li>
3974           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3975             work</li>
3976         </ul> <em>General</em>
3977         <ul>
3978           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3979           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3980             and then deselected</li>
3981           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3982           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3983             coloured with clustalx</li>
3984           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3985             exceptions and redraw errors</li>
3986           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3987             reconfigured view</li>
3988           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3989             colour</li>
3990           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3991             for lots of labels</li>
3992         </ul>
3993     </tr>
3994     <tr>
3995       <td>
3996         <div align="center">
3997           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3998         </div>
3999       </td>
4000       <td><em>Application</em>
4001         <ul>
4002           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4003           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4004           <li>View/alignment association menu to enable user to
4005             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4006             its colours/correspondences from</li>
4007           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4008           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4009             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4010           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4011           <li>Annotation row column label formatting attributes
4012             stored in project file</li>
4013           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4014             rows preserved in Jalview project file</li>
4015           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4016             saved using Desktop window menu</li>
4017           <li>Visual indication that command line arguments are
4018             still being processed</li>
4019           <li>Groovy script execution from URL</li>
4020           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4021             preferences</li>
4022           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4023             alignment with sequences that have high similarity and
4024             matching IDs</li>
4025           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4026           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4027             structures in same window</li>
4028           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4029           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4030             analysis function in its own submenu</li>
4031         </ul> <em>Applet</em>
4032         <ul>
4033           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4034             groups</li>
4035           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4036           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4037           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4038           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4039           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4040             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4041           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4042           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4043             parameters are treated as such</li>
4044           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4045             <ul>
4046               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4047               <li>Javascript callbacks for
4048                 <ul>
4049                   <li>Applet initialisation</li>
4050                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4051                 </ul>
4052               </li>
4053               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4054                 functions</li>
4055               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4056               <li>javascript structure viewer harness to pass
4057                 messages between Jmol and Jalview when running as
4058                 distinct applets</li>
4059               <li>sortBy method</li>
4060               <li>Set of applet and application examples shipped
4061                 with documentation</li>
4062               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4063                 javascript message exchange</li>
4064             </ul>
4065         </ul> <em>General</em>
4066         <ul>
4067           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4068             multiple alignments</li>
4069           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4070           <li>User configurable link to enable redirects to a
4071             www.Jalview.org mirror</li>
4072           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4073           <li>Configurable newline string when writing alignment
4074             and other flat files</li>
4075           <li>Allow alignment annotation description lines to
4076             contain html tags</li>
4077         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4078         <ul>
4079           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4080             examples</li>
4081           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4082             using a web service before displaying the result in the
4083             Jalview desktop</li>
4084           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4085           <li>Ant target to publish example html files with applet
4086             archive</li>
4087           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4088           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4089         </ul></td>
4090       <td><em>Application</em>
4091         <ul>
4092           <li>User defined colourscheme throws exception when
4093             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4094           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4095             dialog for valid filename/format</li>
4096           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4097           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4098             P37173</li>
4099           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4100             which sequence is to be associated with the file</li>
4101           <li>Find All raises null pointer exception when query
4102             only matches sequence IDs</li>
4103           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4104           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4105             2.4 cannot be loaded</li>
4106           <li>Filetype associations not installed for webstart
4107             launch</li>
4108           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4109             with sequences in different alignments do not get coloured
4110             by their associated sequence</li>
4111           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4112             not preserved when project is loaded</li>
4113           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4114             stored in Jalview project</li>
4115           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4116             Jalview project</li>
4117           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4118           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4119             by conservation</li>
4120           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4121             created on new view</li>
4122           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4123             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4124           <li>Alignment quality not updated after alignment
4125             annotation row is hidden then shown</li>
4126           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4127             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4128           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4129             properly</li>
4130           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4131             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4132           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4133           <li>Structures imported from file and saved in project
4134             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4135           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4136             job execution in full once it is complete</li>
4137         </ul> <em>Applet</em>
4138         <ul>
4139           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4140             annotation rows are displayed</li>
4141           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4142             codebase</li>
4143           <li>View follows highlighting does not work for positions
4144             in sequences</li>
4145           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4146           <li>Export features raises exception when no features
4147             exist</li>
4148           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4149             for javascript api is modified when separator string
4150             provided as parameter</li>
4151           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4152             alignment with no existing selection</li>
4153           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4154             to applet&#39;s codebase</li>
4155           <li>Status bar not updated after finished searching and
4156             search wraps around to first result</li>
4157           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4158             several Jalview applets causes race conditions and memory
4159             leaks</li>
4160           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4161             not sent from Jmol in applet</li>
4162           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4163             applet API fatally hang browser</li>
4164         </ul> <em>General</em>
4165         <ul>
4166           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4167             position with wrapped view and hidden regions</li>
4168           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4169             with/without hidden columns</li>
4170           <li>Sequence length given in alignment properties window
4171             is off by 1</li>
4172           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4173             import PDB like structure files</li>
4174           <li>Positional search results are only highlighted
4175             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4176           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4177           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4178             given sequence position</li>
4179           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4180             output</li>
4181           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4182             from nucleotide chains correctly</li>
4183           <li>Structure colours not updated when tree partition
4184             changed in alignment</li>
4185           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4186             parsed in interleaved stockholm</li>
4187           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4188             state</li>
4189           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4190             properly</li>
4191           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4192             properly associated with their pdb files</li>
4193         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4194         <ul>
4195           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4196             ApplyCopyright tool</li>
4197         </ul></td>
4198     </tr>
4199     <tr>
4200       <td>
4201         <div align="center">
4202           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4203         </div>
4204       </td>
4205       <td><em>Application</em>
4206         <ul>
4207           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4208             contact web services</li>
4209           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4210             service job window</li>
4211           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4212         </ul></td>
4213       <td>
4214         <ul>
4215           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4216             pir file emitted by Jalview</li>
4217           <li>Existing feature settings transferred to new
4218             alignment view created from cut'n'paste</li>
4219           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4220             parsing PDB files</li>
4221           <li>Consensus and conservation annotation rows
4222             occasionally become blank for all new windows</li>
4223           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4224             in wrapped view mode</li>
4225         </ul> <em>Application</em>
4226         <ul>
4227           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4228             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4229           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4230             parameter names</li>
4231           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4232             is down</li>
4233         </ul>
4234       </td>
4235     </tr>
4236     <tr>
4237       <td>
4238         <div align="center">
4239           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4240         </div>
4241       </td>
4242       <td><em>Application</em>
4243         <ul>
4244           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4245             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4246             (JABAWS)
4247           </li>
4248           <li>Web Services preference tab</li>
4249           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4250             preferences</li>
4251           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4252           <li>Superpose structures using associated sequence
4253             alignment</li>
4254           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4255             viewer</li>
4256         </ul> <em>Applet</em>
4257         <ul>
4258           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4259             link out mechanism</li>
4260         </ul> <em>Other</em>
4261         <ul>
4262           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4263             series 12</li>
4264           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4265             require Java 1.5</li>
4266           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4267             sequence annotation files</li>
4268           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4269             type colour specification</li>
4270           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4271             script to check if it being run in an interactive session or
4272             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4273         </ul></td>
4274       <td>
4275         <ul>
4276           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4277             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4278         </ul> <em>Application</em>
4279         <ul>
4280           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4281             selected Regions menu item</li>
4282           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4283             part of a valid accession ID</li>
4284           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4285             runs out of memory</li>
4286           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4287             analysis results</li>
4288           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4289             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4290           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4291         </ul> <em>Applet</em>
4292         <ul>
4293           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4294             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4295             defined.</li>
4296         </ul>
4297       </td>
4298     </tr>
4299     <tr>
4300       <td>
4301         <div align="center">
4302           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4303         </div>
4304       </td>
4305       <td></td>
4306       <td>
4307         <ul>
4308           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4309             sequence IDs</li>
4310           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4311             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4312           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4313             import correctly</li>
4314           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4315             number of columns are hidden</li>
4316           <li>annotation label popup menu not providing correct
4317             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4318             present</li>
4319           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4320             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4321           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4322             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4323
4324         </ul> <em>Applet</em>
4325         <ul>
4326           <li>annotation panel disappears when annotation is
4327             hidden/removed</li>
4328         </ul> <em>Application</em>
4329         <ul>
4330           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4331             alignment opened where annotation panel is visible but no
4332             annotations are present on alignment</li>
4333           <li>pasted region containing hidden columns is
4334             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4335           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4336             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4337           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4338             selected Rregions menu item.</li>
4339           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4340             'Un' or 'Non'conserved</li>
4341           <li>Sequence feature settings are being shared by
4342             multiple distinct alignments</li>
4343           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4344             changed</li>
4345           <li>double click on group annotation to select sequences
4346             does not propagate to associated trees</li>
4347           <li>Mac OSX specific issues:
4348             <ul>
4349               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4350                 window background</li>
4351               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4352                 name set correctly</li>
4353               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4354                 save feature colourscheme button</li>
4355             </ul>
4356           </li>
4357         </ul>
4358       </td>
4359     </tr>
4360     <tr>
4361
4362       <td>
4363         <div align="center">
4364           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4365         </div>
4366       </td>
4367       <td><em>New Capabilities</em>
4368         <ul>
4369           <li>URL links generated from description line for
4370             regular-expression based URL links (applet and application)
4371
4372           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4373             menu</li>
4374           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4375             structures</li>
4376           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4377             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4378           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4379             average score or total feature count for each sequence.</li>
4380           <li>Shading features by score or associated description</li>
4381           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4382             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4383           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4384             hide everything but the currently selected region.</li>
4385           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4386         </ul> <em>Application</em>
4387         <ul>
4388           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4389             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4390           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4391             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4392           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4393             database references and protein_name is parsed as
4394             description line (BioSapiens terms).</li>
4395           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4396             references in sequence ID tooltip from View menu in
4397             application.</li>
4398           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4399       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4400           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4401             conservation plots</li>
4402           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4403             and visualized as sequence logos</li>
4404           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4405             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4406           </li>
4407           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4408             when a new tree is opened.</li>
4409           <li>Jalview Java Console</li>
4410           <li>Better placement of desktop window when moving
4411             between different screens.</li>
4412           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4413             consensus annotation</li>
4414           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4415             Workflows</li>
4416           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4417             <ul>
4418               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4419                 used to preserve views, structures, and tree display
4420                 settings)</li>
4421               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4422                 command line</li>
4423               <li>Sharing of selected regions between views and
4424                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4425               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4426             </ul></li>
4427         </ul> <em>Applet</em>
4428         <ul>
4429           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4430           <li>New Parameters
4431             <ul>
4432               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4433                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4434                 opened.</li>
4435               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4436                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4437               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4438                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4439               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4440                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4441                 view</li>
4442               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4443                 increase the height or width of a cell in the alignment
4444                 grid relative to the current font size.</li>
4445             </ul>
4446           </li>
4447           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4448             tooltip</li>
4449         </ul> <em>Other</em>
4450         <ul>
4451           <li>Features format: graduated colour definitions and
4452             specification of feature scores</li>
4453           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4454             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4455             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4456           <li>XML formats extended to support graduated feature
4457             colourschemes, group associated annotation, and profile
4458             visualization settings.</li></td>
4459       <td>
4460         <ul>
4461           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4462             rather than description</li>
4463           <li>Non-positional features are now included in sequence
4464             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4465             visibility in tooltip).</li>
4466           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4467           <li>Added URL embedding instructions to features file
4468             documentation.</li>
4469           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4470             'X' in peptide product</li>
4471           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4472             sequence ID and sequence string and query strings do not
4473             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4474           <li>AMSA files only contain first column of
4475             multi-character column annotation labels</li>
4476           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4477             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4478             exported and re-imported)</li>
4479           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4480             name</li>
4481           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4482             as subsequence matches, and correctly reports total number
4483             of both.</li>
4484           <li>Application:
4485             <ul>
4486               <li>Better handling of exceptions during sequence
4487                 retrieval</li>
4488               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4489                 link text excludes the start_end suffix</li>
4490               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4491                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4492               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4493               <li>Sequence description lines properly shared via
4494                 VAMSAS</li>
4495               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4496                 data sources</li>
4497               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4498                 completes before alignment figures are generated.</li>
4499               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4500                 first time.</li>
4501               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4502                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4503               <li>User defined group colours properly recovered
4504                 from Jalview projects.</li>
4505             </ul>
4506           </li>
4507         </ul>
4508       </td>
4509
4510     </tr>
4511     <tr>
4512       <td>
4513         <div align="center">
4514           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4515         </div>
4516       </td>
4517       <td>
4518         <ul>
4519           <li>Experimental support for google analytics usage
4520             tracking.</li>
4521           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4522         </ul>
4523       </td>
4524       <td>
4525         <ul>
4526           <li>Race condition in applet preventing startup in
4527             jre1.6.0u12+.</li>
4528           <li>Exception when feature created from selection beyond
4529             length of sequence.</li>
4530           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4531           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4532             all sequences with a given id</li>
4533           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4534             ID string searches</li>
4535           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4536             alignment to fail with exception</li>
4537         </ul> <em>Application Issues</em>
4538         <ul>
4539           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4540           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4541             data sources</li>
4542         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4543         <ul>
4544           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4545             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4546           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4547             version (java class versioning error fixed)</li>
4548         </ul>
4549       </td>
4550     </tr>
4551     <tr>
4552       <td>
4553
4554         <div align="center">
4555           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4556         </div>
4557       </td>
4558       <td><em>User Interface</em>
4559         <ul>
4560           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4561             translation and protein products</li>
4562           <li>Linked highlighting of structure associated with
4563             residue mapping to codon position</li>
4564           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4565             and 'clear' button</li>
4566           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4567             Tools menu</li>
4568           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4569             numeric data in description line</li>
4570           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4571           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4572             of sequence</li>
4573         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4574         <ul>
4575           <li>JPred3 web service</li>
4576           <li>Prototype sequence search client (no public services
4577             available yet)</li>
4578           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4579             PFAM</li>
4580           <li>URL Links created for matching database cross
4581             references as well as sequence ID</li>
4582           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4583         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4584         <ul>
4585           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4586             databases</li>
4587           <li>Generalised database reference retrieval and
4588             validation to all fetchable databases</li>
4589           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4590             sequence command</li>
4591         </ul> <em>Import and Export</em>
4592         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4593         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4594           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4595         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4596           File</li>
4597         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4598           triplet as name of colourscheme</li>
4599         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4600         <ul>
4601           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4602           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4603             alignments (experimental)</li>
4604           <li>Create new or select existing session to join</li>
4605           <li>load and save of vamsas documents</li>
4606         </ul> <em>Application command line</em>
4607         <ul>
4608           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4609             from applet)</li>
4610           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4611             of DAS servers to query for alignment features</li>
4612           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4613             that are also automatically queried for features</li>
4614           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4615             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4616         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4617         <ul>
4618           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4619             application (when using &quot;View in full
4620             application&quot;)</li>
4621         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4622         <ul>
4623           <li>feature group display control parameter</li>
4624           <li>debug parameter</li>
4625           <li>showbutton parameter</li>
4626         </ul> <em>Applet API methods</em>
4627         <ul>
4628           <li>newView public method</li>
4629           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4630           <li>Feature display control methods</li>
4631           <li>get list of currently selected sequences</li>
4632         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4633         <ul>
4634           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4635           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4636             Jalview release.</li>
4637           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4638             property controls execution of obfuscator</li>
4639           <li>Build target for generating source distribution</li>
4640           <li>Debug flag for javacc</li>
4641           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4642             jalview.bin.Cache</li>
4643           <li>Continuous Build Integration for stable and
4644             development version of Application, Applet and source
4645             distribution</li>
4646         </ul></td>
4647       <td>
4648         <ul>
4649           <li>selected region output includes visible annotations
4650             (for certain formats)</li>
4651           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4652             for editing</li>
4653           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4654           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4655           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4656           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4657             comments</li>
4658           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4659             filenames containing a ':'</li>
4660           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4661             global sequence features</li>
4662           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4663             references from alignment sequences goes to zero</li>
4664           <li>Close of tree branch colour box without colour
4665             selection causes cascading exceptions</li>
4666           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4667           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4668             file parsing fails.</li>
4669           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4670           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4671             not a valid output format</li>
4672           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4673             vamsas</li>
4674           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4675           <li>error messages passed up and output when data read
4676             fails</li>
4677           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4678             sequence is edited</li>
4679           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4680             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4681           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4682             filetype</li>
4683           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4684             import fixed for PFAM records</li>
4685           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4686             window list</li>
4687           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4688             can be read and written correctly to annotation file</li>
4689           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4690             correctly</li>
4691           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4692             non-italic font for representatives in Applet</li>
4693           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4694             Macs.</li>
4695           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4696             Applet)</li>
4697           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4698             due to null pointer exceptions</li>
4699           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4700             first column of alignment</li>
4701           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4702             July 2008</li>
4703           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4704             file is case-insensitive</li>
4705           <li>Sequence features read from Features file appended to
4706             all sequences with matching IDs</li>
4707           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4708             containing a sub-sequence</li>
4709           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4710           <li>feature and annotation file applet parameters
4711             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4712           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4713           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4714             splash-screen version check to complete</li>
4715           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4716             when passing them to the launchApp service</li>
4717           <li>display name and local features preserved in results
4718             retrieved from web service</li>
4719           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4720             sequence fetcher initialisation</li>
4721           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4722             dasobert DAS client</li>
4723           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4724             association</li>
4725           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4726             sequences
4727           </li>
4728         </ul>
4729       </td>
4730     </tr>
4731     <tr>
4732       <td>
4733         <div align="center">
4734           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4735         </div>
4736       </td>
4737       <td>
4738         <ul>
4739           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4740           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4741           <li>Slide sequences</li>
4742           <li>Edit sequence in place</li>
4743           <li>EMBL CDS features</li>
4744           <li>DAS Feature mapping</li>
4745           <li>Feature ordering</li>
4746           <li>Alignment Properties</li>
4747           <li>Annotation Scores</li>
4748           <li>Sort by scores</li>
4749           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4750         </ul>
4751       </td>
4752       <td>
4753         <ul>
4754           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4755           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4756           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4757           <li>Feature group display state in XML</li>
4758           <li>Feature ordering in XML</li>
4759           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4760           <li>Stockholm alignment properties</li>
4761           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4762           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4763           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4764           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4765         </ul>
4766       </td>
4767
4768     </tr>
4769     <tr>
4770       <td>
4771         <div align="center">
4772           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4773         </div>
4774       </td>
4775       <td>
4776         <ul>
4777           <li>Non standard characters can be read and displayed
4778           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4779             applet via textbox
4780           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4781             name &amp; description
4782           <li>Preference setting to display sequence name in
4783             italics
4784           <li>Annotation file format extended to allow
4785             Sequence_groups to be defined
4786           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4787             specified in preferences
4788           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4789             sequences
4790         </ul>
4791       </td>
4792       <td>
4793         <ul>
4794           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4795             installed
4796           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4797           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4798         </ul>
4799       </td>
4800     </tr>
4801     <tr>
4802       <td>
4803         <div align="center">
4804           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4805         </div>
4806       </td>
4807       <td>
4808         <ul>
4809           <li>Multiple views on alignment
4810           <li>Sequence feature editing
4811           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4812           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4813           <li>Background dependent text colour
4814           <li>Right align sequence ids
4815           <li>User-defined lower case residue colours
4816           <li>Format Menu
4817           <li>Select Menu
4818           <li>Menu item accelerator keys
4819           <li>Control-V pastes to current alignment
4820           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4821           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4822           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4823
4824           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4825         </ul>
4826       </td>
4827       <td>
4828         <ul>
4829           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4830           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4831             calculations
4832           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4833             edits
4834           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4835             of alignment)
4836           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4837
4838           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4839             display correctly
4840           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4841           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4842             analysis results
4843           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4844             &#8739;
4845           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4846           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4847           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4848
4849         </ul>
4850       </td>
4851     </tr>
4852     <tr>
4853       <td>
4854         <div align="center">
4855           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4856         </div>
4857       </td>
4858       <td>
4859         <ul>
4860           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4861         </ul>
4862       </td>
4863       <td>
4864         <ul>
4865           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4866             sequence id panel has been resized</li>
4867           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4868             rendered</li>
4869           <li>Annotation files with sequence references - all
4870             elements in file are relative to sequence position</li>
4871           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4872         </ul>
4873       </td>
4874     </tr>
4875     <tr>
4876       <td>
4877         <div align="center">
4878           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4879         </div>
4880       </td>
4881       <td>
4882         <ul>
4883           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4884           <li>DAS Feature fetching</li>
4885           <li>Hide sequences and columns</li>
4886           <li>Export Annotations and Features</li>
4887           <li>GFF file reading / writing</li>
4888           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4889             files</li>
4890           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4891           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4892           <li>Applet can launch the full application</li>
4893           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4894             required)</li>
4895           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4896           <li>Applet can load sequences from parameter
4897             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4898           </li>
4899         </ul>
4900       </td>
4901       <td>
4902         <ul>
4903           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4904           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4905           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4906         </ul>
4907       </td>
4908     </tr>
4909     <tr>
4910       <td>
4911         <div align="center">
4912           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4913         </div>
4914       </td>
4915       <td>
4916         <ul>
4917           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4918           <li>Choose to match case when searching</li>
4919           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4920             expand the visible width and height of the alignment</li>
4921         </ul>
4922       </td>
4923       <td>
4924         <ul>
4925           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4926         </ul>
4927       </td>
4928     </tr>
4929     <tr>
4930       <td>
4931         <div align="center">
4932           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4933         </div>
4934       </td>
4935       <td>&nbsp;</td>
4936       <td>
4937         <ul>
4938           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4939           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4940             value</li>
4941         </ul>
4942       </td>
4943     </tr>
4944     <tr>
4945       <td>
4946         <div align="center">
4947           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4948         </div>
4949       </td>
4950       <td>
4951         <ul>
4952           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4953           <li>Keyboard editing</li>
4954           <li>Create sequence features from searches</li>
4955           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4956             alignments</li>
4957           <li>Features file allows grouping of features</li>
4958           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4959           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4960           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4961         </ul>
4962       </td>
4963       <td>
4964         <ul>
4965           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4966           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4967             descriptions saved.</li>
4968         </ul>
4969       </td>
4970     </tr>
4971     <tr>
4972       <td>
4973         <div align="center">
4974           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4975         </div>
4976       </td>
4977       <td>
4978         <ul>
4979           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4980           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4981           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4982             name for file output</li>
4983           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4984           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4985             used for HTML form input</li>
4986         </ul>
4987       </td>
4988       <td>
4989         <ul>
4990           <li>HTML output writes groups and features</li>
4991           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4992           <li>File IO bugs</li>
4993         </ul>
4994       </td>
4995     </tr>
4996     <tr>
4997       <td>
4998         <div align="center">
4999           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5000         </div>
5001       </td>
5002       <td>
5003         <ul>
5004           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5005           <li>More options for PCA viewer</li>
5006         </ul>
5007       </td>
5008       <td>
5009         <ul>
5010           <li>GUI bugs resolved</li>
5011           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5012         </ul>
5013       </td>
5014     </tr>
5015     <tr>
5016       <td height="63">
5017         <div align="center">
5018           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5019         </div>
5020       </td>
5021       <td>
5022         <ul>
5023           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5024           <li>Jar files are executable</li>
5025           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5026         </ul>
5027       </td>
5028       <td>
5029         <ul>
5030           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5031           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5032           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5033         </ul>
5034       </td>
5035     </tr>
5036     <tr>
5037       <td>
5038         <div align="center">
5039           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5040         </div>
5041       </td>
5042       <td>
5043         <ul>
5044           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5045         </ul>
5046       </td>
5047       <td>
5048         <ul>
5049           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5050         </ul>
5051       </td>
5052     </tr>
5053     <tr>
5054       <td>
5055         <div align="center">
5056           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5057         </div>
5058       </td>
5059       <td>
5060         <ul>
5061           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5062             size</li>
5063         </ul>
5064       </td>
5065       <td>
5066         <ul>
5067           <li>Improved JPred client reliability</li>
5068           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5069         </ul>
5070       </td>
5071     </tr>
5072     <tr>
5073       <td>
5074         <div align="center">
5075           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5076         </div>
5077       </td>
5078       <td>
5079         <ul>
5080           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5081           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5082           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5083             to Colour Menu</li>
5084           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5085           <li>Unix users can set default web browser</li>
5086           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5087           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5088         </ul>
5089       </td>
5090       <td>
5091         <ul>
5092           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5093         </ul>
5094       </td>
5095     </tr>
5096     <tr>
5097       <td>
5098         <div align="center">
5099           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5100         </div>
5101       </td>
5102       <td>&nbsp;</td>
5103       <td>
5104         <ul>
5105           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5106             alignment order.</li>
5107         </ul>
5108       </td>
5109     </tr>
5110     <tr>
5111       <td>
5112         <div align="center">
5113           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5114         </div>
5115       </td>
5116       <td>
5117         <ul>
5118           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5119           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5120           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5121             annotations.</li>
5122           <li>Version and build date written to build properties
5123             file.</li>
5124           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5125             at launch of Jalview.</li>
5126         </ul>
5127       </td>
5128       <td>
5129         <ul>
5130           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5131           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5132           <li>Can remove groups one by one.</li>
5133           <li>Filechooser icons installed.</li>
5134           <li>Finder ignores return character when searching.
5135             Return key will initiate a search.<br>
5136           </li>
5137         </ul>
5138       </td>
5139     </tr>
5140     <tr>
5141       <td>
5142         <div align="center">
5143           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5144         </div>
5145       </td>
5146       <td>
5147         <ul>
5148           <li>New codebase</li>
5149         </ul>
5150       </td>
5151       <td>&nbsp;</td>
5152     </tr>
5153   </table>
5154   <p>&nbsp;</p>
5155 </body>
5156 </html>