help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>24/02/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- -->
  67           </li>
  68         </ul> <!-- <em>Development</em>
  69         <ul>
  70           <li>Updated building instructions</li>
  71         </ul> -->
  72
  73       </td>
  74       <td>
  75         <ul>
  76           <li>
  77             TO DOCUMENT: JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
  81             Structure Preferences
  82           </li>
  83         </ul> <em>Development</em>
  84         <ul>
  85           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
  86         </ul>
  87       </td>
  88     </tr>
  89     <tr>
  90       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  91           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
  92           <em>18/01/2022</em></strong></td>
  93       <td></td>
  94       <td align="left" valign="top">
  95         <ul>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
  98             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
  99             Unix/BSD OSs)
 100           </li>
 101         </ul> <em>Security</em>
 102         <ul>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 105             certificates.
 106           </li>
 107         </ul>
 108     </tr>
 109     <tr>
 110       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 111           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 112           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 113
 114       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 115         <ul>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
 118             </li>
 119         </ul></td>
 120       <td>
 121       </td>
 122     </tr>
 123     <tr>
 124       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 125           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 126           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 127
 128       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 129         <ul>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 132             (was log4j 1.2.x).
 133         </ul> <em>Development</em>
 134         <ul>
 135           <li>Updated building instructions</li>
 136         </ul></td>
 137       <td>
 138         <ul>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 141             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 142             and display)
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 146             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 147             only)
 148           </li>
 149         </ul> <em>Development</em>
 150         <ul>
 151           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 152         </ul>
 153       </td>
 154     </tr>
 155     <tr>
 156       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 157           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 158           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 159       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 160           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 161         <ul>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 164             launch of the news browser (like -nonews argument)
 165           </li>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 168             download of linkout URLs from
 169             www.jalview.org/services/identifiers
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 173             download of BIOJSHTML templates
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 177             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 178             disabled
 179           </li>
 180         </ul></td>
 181       <td align="left" valign="top">
 182         <ul>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 185             Jmol
 186           </li>
 187         </ul> <em>New Known defects</em>
 188         <ul>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 191             always restored from project (since 2.10.3)
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 195             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 196           </li>
 197         </ul>
 198       </td>
 199     </tr>
 200     <tr>
 201       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 202           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 203           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 204       <td align="left" valign="top">
 205         <ul>
 206
 207         </ul>
 208       </td>
 209       <td align="left" valign="top">
 210         <ul>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 213             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 217             sequences can be classed as nucleotide
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 221             sequences after alignment of protein products (known defect
 222             first reported for 2.11.1.0)
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 226             features outwith CDS shown overlaid on protein
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 230             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 231             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 232           </li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 235             CDS features
 236           </li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 239             always select corresponding protein sequences
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 243             column selection doesn't always ignore hidden columns
 244           </li>
 245         </ul> <em>Installer</em>
 246         <ul>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 249             Windows prevents install4j launching getdown
 250           </li>
 251         </ul> <em>Development</em>
 252         <ul>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 255             version numbers in doc/building.md
 256           </li>
 257         </ul>
 258       </td>
 259     </tr>
 260     <tr>
 261       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 262           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 263           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 264       <td align="left" valign="top">
 265         <ul>
 266         </ul>
 267       </td>
 268       <td align="left" valign="top">
 269         <ul>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 272             "Encountered problems opening
 273             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 274           </li>
 275         </ul>
 276       </td>
 277     </tr>
 278     <tr>
 279       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 280           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 281           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 282       <td align="left" valign="top">
 283         <ul>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 286             residue in cursor mode
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 290             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 291           </li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 294             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 295             improved compatibility with JalviewJS
 296           </li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 299             alignments from Pfam and Rfam
 300           </li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 303             import (no longer based on .gz extension)
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 307           </li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 310             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 311             EMBL flat file
 312           </li>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 315             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 316             saving or making backup files.
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 320             <ul>
 321               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 322               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 323             </ul>
 324           </li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 327             when running on Linux (Requires Java 11+)
 328           </li>
 329         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 330         <ul>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 333             through a system property
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 337             line help for configuring Jalview's memory
 338           </li>
 339         </ul>
 340       </td>
 341       <td align="left" valign="top">
 342         <ul>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 345             but not calculated and no protein or DNA score models are
 346             available for tree/PCA calculation when launched with
 347             Turkish language locale
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 351             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 352           </li>
 353           <li>
 354             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 355             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 356           </li>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 359             sequence under the cursor
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 363             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 364           </li>
 365           <li>
 366             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 367             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 368             '%s'" on the console
 369           </li>
 370           <li>
 371             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 372             when there are both local and complementary features mapped
 373             to the position under the cursor
 374           </li>
 375           <li>
 376             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 377             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 378           </li>
 379           <li>
 380             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 381             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 382           </li>
 383           <li>
 384             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 385             internationalised text for some messages and log output
 386           </li>
 387           <li>
 388             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 389             hidden gapped columns
 390           </li>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 393             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 394           </li>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 397             specifying output format when exporting an alignment via the
 398             command line
 399           </li>
 400           <li>
 401             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 402             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 403             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 404             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 405             file again, and if that fails, delete the original file and
 406             save in place.)
 407           </li>
 408           <li>
 409             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 410             via command line
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 414             program and documentation
 415           </li>
 416         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 417         <ul>
 418           <li>
 419             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 420             first time for a version that has different jars to the
 421             previous launched version.
 422           </li>
 423         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 424         <ul>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 427             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 428             OutOfMemory error.
 429           </li>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 432             monitor the release channel
 433           </li>
 434         </ul> <em>New Known defects</em>
 435         <ul>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 438             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 439             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 440             genome of RNA viruses)
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 444             are ordered differently when shown on alignment and in
 445             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 449             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 450             works for the top left quadrant of the alignment window
 451           </li>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 454             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 455           </li>
 456           <li>
 457             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 458             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 459           </li>
 460           <li>
 461             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 462             protein products for certain ENA records are repeatedly
 463             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 464           </li>
 465         </ul>
 466       </td>
 467     </tr>
 468     <tr>
 469       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 470           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 471           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 472       <td align="left" valign="top">
 473         <ul>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 476             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 477             for display in alignments, on structure views (including
 478             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 479             export.
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 483             exported and re-imported as GFF3 files
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 487             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 491             validation while parsing
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 495             position if reopened
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 499             of associated view
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 503             enabled by default
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 507             tooltips and menus
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 511             with no feature types visible
 512           </li>
 513           <li>
 514           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 515           </li>
 516         </ul><em>Jalview Installer</em>
 517             <ul>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 520             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 524           </li>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 527           </li>
 528               <li>
 529                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 530               <li>
 531                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 532         </ul> <em>Release processes</em>
 533         <ul>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 539           </li>
 540         </ul> <em>Build System</em>
 541         <ul>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 547             report
 548           </li>
 549         </ul>
 550         <em>Groovy Scripts</em>
 551             <ul>
 552           <li>
 553             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 554             to stdout containing the consensus sequence for each
 555             alignment in a Jalview session
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 559             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 560             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 561           </li>
 562         </ul>
 563       </td>
 564       <td align="left" valign="top">
 565         <ul>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 568             'Show hidden markers' option is not ticked
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 572             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 573             jalview preferences or properties file
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 577             'Show Sequence Features' option is not ticked
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 581             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 582             features are visible
 583           </li>
 584           <li>
 585             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 586             equal when split frame is first opened
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 590             correct after editing a sequence's start position
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 594             with annotation and exceptions thrown when only a few
 595             columns shown in wrapped mode
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 599             wrapped alignment figure with annotations
 600           </li>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 603             ID fails with ClassCastException
 604           </li>
 605           <li>
 606             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 607             Project
 608           </li>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 611             feature settings dialog also selects columns
 612           </li>
 613           <li>
 614             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 615             IllegalArgumentException in some circumstances
 616           </li>
 617           <li>
 618             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 619             opened for a view
 620           </li>
 621           <li>
 622             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 623             alignment window is closed
 624           </li>
 625           <li>
 626             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 627             help documentation for 2.11.0 release
 628           </li>
 629           <li>
 630             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 631             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 632             Uniprot Accession
 633           </li>
 634         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 635         <ul>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 638             PDB/Uniprot search panel
 639           </li>
 640         </ul> <em>Installer</em>
 641         <ul>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 644             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 645           </li>
 646         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 647         <ul>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 650             repository
 651           </li>
 652           <li>
 653             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 654             memory
 655           </li>
 656         </ul> <em>New Known Issues</em>
 657         <ul>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 660             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 661             command line
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 665             clipped in headless figure export when Right Align option
 666             enabled
 667           </li>
 668           <li>
 669             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 670             'Source' in console output
 671           </li>
 672           <li>
 673             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 674             bamboo server but run fine locally.
 675           </li>
 676         </ul>
 677       </td>
 678     </tr>
 679     <tr>
 680       <td width="60" align="center" nowrap>
 681           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 682             <em>04/07/2019</em></strong>
 683       </td>
 684       <td align="left" valign="top">
 685         <ul>
 686           <li>
 687             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 688             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 689             source project) rather than InstallAnywhere
 690           </li>
 691           <li>
 692             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 693             settings, receive over the air updates and launch specific
 694             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 695               Rings' GetDown</a>)
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 699             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 703             arguments and switch between different getdown channels
 704           </li>
 705           <li>
 706             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 707             or alignment files
 708           </li>
 709
 710           <li>
 711             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 712             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 715             'Translate as cDNA'</li>
 716           <li>
 717             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 718           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 719             <ul>
 720                       <li>
 721             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 722             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 723           <li>
 724                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 725                 features can be filtered and shaded according to any
 726                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 727                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 728                 file)
 729               </li>
 730               <li>
 731                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 732                 stored and restored from Jalview Projects
 733               </li>
 734               <li>
 735                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 736                 recognise variant features
 737               </li>
 738               <li>
 739                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 740                 sequences (also coloured red by default)
 741               </li>
 742               <li>
 743                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 744                 details
 745               </li>
 746               <li>
 747                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 748                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 749               </li>
 750               <li>
 751                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 752                 dialog
 753               </li>
 754             </ul>
 755           </li>
 756           <li>
 757             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 758             tree and PCA calculations
 759           </li>
 760           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 761             <ul>
 762               <li>
 763                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 764                 and Viewer state saved in Jalview Project
 765               </li>
 766               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 767                 drop-down menus</li>
 768               <li>
 769                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 770                 incrementally
 771               </li>
 772               <li>
 773                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 774               </li>
 775             </ul>
 776           </li>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 779           </li>
 780           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 781           <ul>
 782               <li>
 783                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 784                 multiple groups when working with large alignments
 785               </li>
 786               <li>
 787                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 788                 Stockholm files
 789               </li>
 790             </ul>
 791           <li><strong>User Interface</strong>
 792           <ul>
 793               <li>
 794                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 795                 view
 796               </li>
 797               <li>
 798                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 799                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 800                 default (can be changed in user preferences)
 801               </li>
 802               <li>
 803                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 804                 to the Overwrite Dialog
 805               </li>
 806               <li>
 807                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 808                 sequences are hidden
 809               </li>
 810               <li>
 811                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 812                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 813               </li>
 814               <li>
 815                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 816                 labels
 817               </li>
 818               <li>
 819                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 820                 when in wrapped mode
 821               </li>
 822               <li>
 823                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 824                 annotation
 825               </li>
 826               <li>
 827                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 828               </li>
 829               <li>
 830                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 831                 panel
 832               </li>
 833               <li>
 834                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 835                 popup menu
 836               </li>
 837               <li>
 838               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 839               <li>
 840               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 841
 842
 843             </ul></li>
 844             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 845           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 846             <ul>
 847               <li>
 848                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 849                 trapping CMD-Q
 850               </li>
 851             </ul></li>
 852         </ul>
 853         <em>Deprecations</em>
 854         <ul>
 855           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 856             capabilities removed from the Jalview Desktop
 857           </li>
 858           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 859             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 860             and XML based data retrieval clients</li>
 861           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 862           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 863         </ul> <em>Documentation</em>
 864         <ul>
 865           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 866             not supported in EPS figure export
 867           </li>
 868           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 869         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 870         <ul>
 871           <li>
 872           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 873           </li>
 874       <li>
 875       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 876           <li>
 877           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 878             gradle-eclipse
 879           </li>
 880           <li>
 881           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 882             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 883             execution
 884           </li>
 885           <li>
 886           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 887             operations
 888           </li>
 889           <li>
 890           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 891             issues resolved
 892           </li>
 893           <li>
 894           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 895             markdown (with HTML rendering)
 896           </li>
 897           <li>
 898           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 899           </li>
 900           <li>
 901           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 902             versions of Jalview
 903           </li>
 904         </ul>
 905       </td>
 906       <td align="left" valign="top">
 907         <ul>
 908           <li>
 909             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 910           </li>
 911           <li>
 912             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 913             superposition in Jmol fail on Windows
 914           </li>
 915           <li>
 916             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 917             structures for sequences with lots of PDB structures
 918           </li>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 921             monospaced font
 922           </li>
 923           <li>
 924             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 925             project involving multiple views
 926           </li>
 927           <li>
 928             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 929             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 930             Annotation dialog hides columns
 931           </li>
 932           <li>
 933             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 934             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 935             one view, then making another selection in the other view
 936           </li>
 937           <li>
 938             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 939             columns
 940           </li>
 941           <li>
 942             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 943             Settings and Jalview Preferences panels
 944           </li>
 945           <li>
 946             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 947             overview with large alignments
 948           </li>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 951             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 952             mouse moved to the left of the first column
 953           </li>
 954           <li>
 955             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 956             hidden column marker via scale popup menu
 957           </li>
 958           <li>
 959             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 960             doesn't tell users the invalid URL
 961           </li>
 962           <li>
 963             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 964             score from view
 965           </li>
 966           <li>
 967             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 968             show cross references or Fetch Database References are shown in
 969             red in original view
 970           </li>
 971           <li>
 972             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 973             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 974           </li>
 975           <li>
 976             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 977             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 978           </li>
 979           <li>
 980             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 981             when columns are hidden
 982           </li>
 983           <li>
 984             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 985             Columns by Annotation description
 986           </li>
 987           <li>
 988             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 989             out of Scale or Annotation Panel
 990           </li>
 991           <li>
 992             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 993             scale panel
 994           </li>
 995           <li>
 996             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 997             alignment down
 998           </li>
 999           <li>
1000             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
1001             scale panel
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
1005             Page Up in wrapped mode
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1009           </li>
1010           <li>
1011             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1012           </li>
1013           <li>
1014             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
1015             on opening an alignment
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
1019             Colour menu
1020           </li>
1021           <li>
1022             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
1023             different groups in the alignment are selected
1024           </li>
1025           <li>
1026             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
1027             correctly in menu
1028           </li>
1029           <li>
1030             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
1031             threshold limit
1032           </li>
1033           <li>
1034             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1035             threshold gets 'unrounded'
1036           </li>
1037           <li>
1038             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1039             colour
1040           </li>
1041           <li>
1042             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1046           </li>
1047           <li>
1048             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1049             Tree font
1050           </li>
1051           <li>
1052             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1053             project file
1054           </li>
1055           <li>
1056             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1057             shown in complementary view
1058           </li>
1059           <li>
1060             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1061             without normalisation
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1065             of report
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1069           </li>
1070           <li>
1071           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1072           </li>
1073         </ul> <em>Editing</em>
1074         <ul>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1077             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1078             sequence
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1082             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1083             removed (Known defect since 2.10)
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1087             dialog corrupts dataset sequence
1088           </li>
1089           <li>
1090             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1091             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1092           </li>
1093         </ul> <em>Datamodel</em>
1094         <ul>
1095           <li>
1096             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1097             sequence's End is greater than its length
1098           </li>
1099         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1100           general release)</em>
1101         <ul>
1102           <li>
1103             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1104           </li>
1105         </ul> <em>New Known Defects</em>
1106         <ul>
1107         <li>
1108         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1109         </li>
1110         <li>
1111           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1112           regions of protein alignment.
1113         </li>
1114         <li>
1115           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1116           is restored from a Jalview 2.11 project
1117         </li>
1118         <li>
1119           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1120           'New View'
1121         </li>
1122         <li>
1123           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1124           columns within hidden columns
1125         </li>
1126         <li>
1127           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1128           window after dragging left to select columns to left of visible
1129           region
1130         </li>
1131         <li>
1132           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1133           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1134           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1135           create a Score filter instead.
1136         </li>
1137         <li>
1138         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1139         <li>
1140         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1141         </li>
1142         <li>
1143           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1144           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1145         </li>
1146         </ul>
1147         <em>Java 11 Specific defects</em>
1148           <ul>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1151               alphabetically when saved
1152             </li>
1153         </ul>
1154       </td>
1155     </tr>
1156     <tr>
1157     <td width="60" nowrap>
1158       <div align="center">
1159         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1160       </div>
1161     </td>
1162     <td><div align="left">
1163         <em></em>
1164         <ul>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1167               InstallAnywhere increased to 1G.
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1171               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1172               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1173                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1174                 properties file.</em>
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1178               API and sequence data now imported as JSON.
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1182               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1183               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1184               property.
1185             </li>
1186           </ul>
1187           <em>Development</em>
1188           <ul>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1191               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1192                 Clover</a>
1193             </li>
1194           </ul>
1195         </div></td>
1196     <td><div align="left">
1197         <em></em>
1198         <ul>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1201               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1202               alignment.
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1206               annotation displayed.
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1210               for newly created group when 'Apply to all groups'
1211               selected
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1215               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1216               visible.
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1220               when sequences are selected in exported view.</em>
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1224               aren't rendered with correct colour.
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1228               types of knotted RNA secondary structure.
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1232               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1233               do not start at 1.
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1237               annotation when columns are inserted into an alignment,
1238               and when exporting as Stockholm flatfile.
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1242               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1243               treated as RNA secondary structure.
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1247               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1251               transfers focus to previous window on OSX
1252             </li>
1253           </ul>
1254           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1255           <ul>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1258               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1259               box.
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1263               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1264               'look and feel' which has improved compatibility with the
1265               latest version of OSX.
1266             </li>
1267           </ul>
1268         </div>
1269     </td>
1270     </tr>
1271     <tr>
1272       <td width="60" nowrap>
1273         <div align="center">
1274           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1275             <em>7/06/2018</em></strong>
1276         </div>
1277       </td>
1278       <td><div align="left">
1279           <em></em>
1280           <ul>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1283               annotation retrieved from Uniprot
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1287               onto the Jalview Desktop
1288             </li>
1289           </ul>
1290         </div></td>
1291       <td><div align="left">
1292           <em></em>
1293           <ul>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1296               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1300               right-hand column parsed correctly
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1304               not alignment area in exported graphic
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1308               window has input focus
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1312               annotation added to view (Windows)
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1316               network connectivity is poor
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1320               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1321                 the currently open URL and links from a page viewed in
1322                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1323                 you are using Edge, only links in the page can be
1324                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1325                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1326             </li>
1327           </ul>
1328           <em>New Known Defects</em>
1329           <ul>
1330             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1331           </ul>
1332         </div></td>
1333     </tr>
1334     <tr>
1335       <td width="60" nowrap>
1336         <div align="center">
1337           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1338         </div>
1339       </td>
1340       <td><div align="left">
1341           <em></em>
1342           <ul>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1345               for disabling automatic superposition of multiple
1346               structures and open structures in existing views
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1350               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1351               adjust them.
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1355               Ensembl services
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1359               and lots of hidden columns
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1363               of features (particularly when transparency is disabled)
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1367               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1368               generally available
1369             </li>
1370           </ul>
1371           </div>
1372       </td>
1373       <td><div align="left">
1374           <ul>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1377               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1381               overlapping alignment panel
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1385               sequence as gaps
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1389               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1390               UTR
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1394               factor annotation not added to sequence when local PDB
1395               file associated with it by drag'n'drop or structure
1396               chooser
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1400               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1404               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1408               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1412               columns in annotation row
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1416               honored in batch mode
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1420               for structures added to existing Jmol view
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1424               entries after importing project with multiple views
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1428               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1429               with negative residue numbers or missing residues fails
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1433               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1434               as generated by CONSURF)
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1438               tooltip doesn't include a text description of mutation
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1442               structure and/or overview windows are also shown
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1446               very slow for alignments with large numbers of sequences
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1450               with 'StringIndexOutOfBounds'
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1454               platforms running Java 10
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1458               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1459             </li>
1460           </ul>
1461           <em>Applet</em>
1462           <ul>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1465               should copy the group consensus when popup is opened on it
1466             </li>
1467           </ul>
1468           <em>Batch Mode</em>
1469           <ul>
1470           <li>
1471             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1472           </li>
1473           </ul>
1474           <em>New Known Defects</em>
1475           <ul>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1478               editing a large alignment and overview is displayed
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1482               repeatedly after a series of edits even when the overview
1483               is no longer reflecting updates
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1487               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1488               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1489               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1493               option gives blank output
1494             </li>
1495           </ul>
1496         </div>
1497           </td>
1498     </tr>
1499     <tr>
1500       <td width="60" nowrap>
1501         <div align="center">
1502           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1503         </div>
1504       </td>
1505       <td><div align="left">
1506           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1507               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1508       <td><div align="left">
1509           <em>Desktop</em><ul>
1510           <ul>
1511             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1512             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1513             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1514             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1515             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1516             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1517             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1518           </ul>
1519           </div>
1520       </td>
1521     </tr>
1522     <tr>
1523       <td width="60" nowrap>
1524         <div align="center">
1525           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1526         </div>
1527       </td>
1528       <td><div align="left">
1529           <em></em>
1530           <ul>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1533               rendering of sequence features
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1537               429 rate limit request hander
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1541               their colours have changed
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1545               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1549               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1553               view from Ensembl locus cross-references
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1557               Alignment report
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1561               feature can be disabled
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1565               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1569               Uniprot
1570             </li>
1571           </ul>
1572           <em>Scripting</em>
1573           <ul>
1574             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1575             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1576               percent identity scores for current alignment.</li>
1577           </ul>
1578           <em>Testing and Deployment</em>
1579           <ul>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1582             </li>
1583           </ul>
1584         </div></td>
1585       <td><div align="left">
1586           <em>General</em>
1587           <ul>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1590               threshold text field doesn't trigger an update to the
1591               alignment view
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1595               strings in parallel
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1599               alignment window is closed
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1603               group visibility
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1607               takes a long time in Cursor mode
1608             </li>
1609           </ul>
1610           <em>Desktop</em>
1611           <ul>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1614               cannot be viewed in Chimera
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1618               CDS/Protein view
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1622               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1623               Search Dialogs
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1633               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1637               scrolling right in unwapped alignment view
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1641               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1642               database
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1646               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1650               features of same type and group to be selected for
1651               amending
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1655               alignments when hidden columns are present
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1659               displaying several structures
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1663               moving a window
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1667               within the Jalview desktop on OSX
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1671               when in wrapped alignment mode
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1675               hand end of alignment
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1679               each selected sequence do not have correct start/end
1680               positions
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1684               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1688               restoring project until a new view is created
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1692               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1693               configured (since 2.10.2b2)
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1697               position is adjusted
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1701               in a multi-chain structure when viewing alignment
1702               involving more than one chain (since 2.10)
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1706               if new selection moves alignment window
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1710               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1714               that produces correctly annotated transcripts and products
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1718               doesn't update associated structure view
1719             </li>
1720           </ul>
1721           <em>Applet</em><br />
1722           <ul>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1725               closing alignment panel
1726             </li>
1727           </ul>
1728           <em>BioJSON</em><br />
1729           <ul>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1732               non-positional features
1733             </li>
1734           </ul>
1735           <em>New Known Issues</em>
1736           <ul>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1739               sequence features correctly (for many previous versions of
1740               Jalview)
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1744               using cursor in wrapped panel other than top
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1748               graduated colour threshold
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1752               always preserve numbering and sequence features
1753             </li>
1754           </ul>
1755           <em>Known Java 9 Issues</em>
1756           <ul>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1759               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1760               9.01, OSX 10.10)
1761             </li>
1762           </ul>
1763         </div></td>
1764     </tr>
1765     <tr>
1766       <td width="60" nowrap>
1767         <div align="center">
1768           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1769             <em>2/10/2017</em></strong>
1770         </div>
1771       </td>
1772       <td><div align="left">
1773           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1774           <ul>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1777             </li>
1778             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1779             </li>
1780           </ul>
1781         </div></td>
1782       <td><div align="left">
1783         </div></td>
1784     </tr>
1785     <tr>
1786       <td width="60" nowrap>
1787         <div align="center">
1788           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1789             <em>7/9/2017</em></strong>
1790         </div>
1791       </td>
1792       <td><div align="left">
1793           <em></em>
1794           <ul>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1797               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1798               white)
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1802               Preferences
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1806               in size and progress bar shown as higher resolution
1807               overview is recalculated
1808             </li>
1809
1810           </ul>
1811         </div></td>
1812       <td><div align="left">
1813           <em></em>
1814           <ul>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1817               column region row by row
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1821               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1825               format setting is unticked
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1829               if group has show boxes format setting unticked
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1833               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1834               include sequences and columns not currently displayed
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1838               assemblies are imported via CIF file
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1842               displayed when threshold or conservation colouring is also
1843               enabled.
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1847               server version
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1851               dragging a selected region off the visible region of the
1852               alignment
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1856               colourscheme to all groups in a view
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1860               initially after font size change using the Font chooser or
1861               middle-mouse zoom
1862             </li>
1863           </ul>
1864         </div></td>
1865     </tr>
1866     <tr>
1867       <td width="60" nowrap>
1868         <div align="center">
1869           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1870         </div>
1871       </td>
1872       <td><div align="left">
1873           <em>Calculations</em>
1874           <ul>
1875
1876             <li>
1877               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1878               ungapped positions in each column of the alignment.
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1882               a calculation dialog box
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1886               and memory efficiency (~30x faster)
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1890               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1891               and other calculations
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1895               files within the Jalview codebase
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1899               Similarity may have different topology due to increased
1900               precision
1901             </li>
1902           </ul>
1903           <em>Rendering</em>
1904           <ul>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1907               model for alignments and groups
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1911               scripts
1912             </li>
1913           </ul>
1914           <em>Overview</em>
1915           <ul>
1916             <li>
1917               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1918               with alignment and overview windows
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1922               overview
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1926               omitted in Overview
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1930               adjustment of visible position
1931             </li>
1932           </ul>
1933
1934           <em>Data import/export</em>
1935           <ul>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1938               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1942               annotation input/output via stockholm flatfile
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1946               extension when importing structure files without embedded
1947               names or PDB accessions
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1951               format sequence substitution matrices
1952             </li>
1953           </ul>
1954           <em>User Interface</em>
1955           <ul>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1958               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1959               the application.
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1963               via Overview or sequence motif search operations
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1967               opened by double clicking gaps within sequence feature
1968               extent
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1972               aligned positions were available to create a 3D structure
1973               superposition.
1974             </li>
1975           </ul>
1976           <em>3D Structure</em>
1977           <ul>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1980               coloured in linked structure views
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1984               file-based command exchange
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1988               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1989               structures are already available for sequences
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1993               the Jalview project rather than downloaded again when the
1994               project is reopened.
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1998               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1999               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2000                 Feature</strong>)
2001             </li>
2002           </ul>
2003           <em>Web Services</em>
2004           <ul>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2010               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2011               Analysis services
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2015               cross-references provided by identifiers.org and the
2016               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2017             </li>
2018           </ul>
2019
2020           <em>Scripting</em>
2021           <ul>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2024               identifying file formats (instead of String constants)
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2028               efficiency when counting all displayed features (not
2029               backwards compatible with 2.10.1)
2030             </li>
2031           </ul>
2032           <em>Example files</em>
2033           <ul>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2036               included in the example feature file
2037             </li>
2038           </ul>
2039           <em>Documentation</em>
2040           <ul>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2043               with the built-in Java help viewer
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2047               sequence description' option
2048             </li>
2049           </ul>
2050           <em>Test Suite</em>
2051           <ul>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2054               Uniprot REST Free Text Search Client
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2061               during tests
2062             </li>
2063           </ul>
2064         </div></td>
2065       <td><div align="left">
2066           <em>Calculations</em>
2067           <ul>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2070               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2071               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2072             </li>
2073             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2074               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2075               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2076               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2077               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2078               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2079               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2080               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2081               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2082               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2083               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2084               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2085               // for 2.10.1 mode <br />
2086               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2087               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2088                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2089                 calculations (not recommended)</em></li>
2090             <li>
2091               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2092               scaling of branch lengths for trees computed using
2093               Sequence Feature Similarity.
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2097               generating output report when working with highly
2098               redundant alignments
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2102               right of selected region when gaps present on right-hand
2103               boundary
2104             </li>
2105           </ul>
2106           <em>User Interface</em>
2107           <ul>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2110               doesn't reselect a specific sequence's associated
2111               annotation after it was used for colouring a view
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2115               opened on a region of alignment without groups
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2119               of an alignment with overlapping groups
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2123               name and description match
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2127               hidden regions results in incorrect hidden regions
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2131               changing colour does not apply Conservation slider value
2132               to all groups
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2136               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2140               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2144               gaps before start of features
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2148               restored to UI when feature colour is edited
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2152               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2156               as graduate feature colour settings are modified via the
2157               dialog box
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2161               when a group defined on the alignment is resized
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2165               wrapped view result in positional status updates
2166             </li>
2167
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2170               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2174               alignment included gapped columns
2175             </li>
2176             <li>
2177               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2178               widgets don't permanently disappear
2179             </li>
2180             <li>
2181               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2182               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2183               T-Coffee column reliability scores)
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2187               sequence feature on gaps only
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2191               button from a Find inherit previously defined feature type
2192               rather than the Find query string
2193             </li>
2194             <li>
2195               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2196               exporting tree calculated in Jalview
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2200               and then revealing them reorders sequences on the
2201               alignment
2202             </li>
2203             <li>
2204               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2205               doesn't update to reflect available set of groups after
2206               interactively adding or modifying features
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2210               Linux
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2214               only excluded gaps in current sequence and ignored
2215               selection.
2216             </li>
2217           </ul>
2218           <em>Rendering</em>
2219           <ul>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2222               erratically when hidden rows or columns are present
2223             </li>
2224             <li>
2225               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2226               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2227               sequence colouring
2228             </li>
2229             <li>
2230               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2231               colour and group colour menu for protein alignments
2232             </li>
2233             <li>
2234               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2235               reflect currently selected view or group's shading
2236               thresholds
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2240               when rendered on overview and structures when opacity at
2241               100%
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2245               overview when features overlaid on alignment
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2249               recovered correctly from Jalview project file
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2253               (automatically via preferences) are different to the main
2254               alignment panel
2255             </li>
2256           </ul>
2257           <em>Data import/export</em>
2258           <ul>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2261               load
2262             </li>
2263             <li>
2264               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2265               added after a sequence was imported are not written to
2266               Stockholm File
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2270               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2271             </li>
2272             <li>
2273               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2274               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2275             </li>
2276             <li>
2277               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2278               with lightGray or darkGray via features file (but can
2279               specify lightgray)
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2283               when alignment view imported from project
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2287               structure and sequences extracted from structure files
2288               imported via URL and viewed in Jmol
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2292               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2293               the project is loaded and the structure viewed
2294             </li>
2295           </ul>
2296           <em>Web Services</em>
2297           <ul>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2300               release of Ensembl v.88
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2304               appear enabled in Preferences->Connections
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2308               removed from console output
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2312               Ensembl by Peptide ID
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2316               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2317               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2318               due to 'null' string rather than empty string used for
2319               residues with no corresponding PDB mapping).
2320             </li>
2321           </ul>
2322           <em>Application UI</em>
2323           <ul>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2326               menu
2327             </li>
2328             <li>
2329               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2330               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2331               new documentation and tooltips added)
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2335               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2339               new features are added to alignment
2340             </li>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2343               changes to feature colours via the Amend features dialog
2344             </li>
2345             <li>
2346               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2347               edit graduated feature colour via amend features dialog
2348               box
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2352               selection menu changes colours of alignment views
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2356               from alignment calculation workers after alignment has
2357               been closed
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2361               groups now 'Create Group'
2362             </li>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2365               Create/Undefine group doesn't always work
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2369               shown again after pressing 'Cancel'
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2373               adjusts start position in wrap mode
2374             </li>
2375             <li>
2376               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2377               ambiguous amino acids
2378             </li>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2381               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2382               proteins
2383             </li>
2384             <li>
2385               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2386               Defined' don't appear in Colours menu
2387             </li>
2388           </ul>
2389           <em>Applet</em>
2390           <ul>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2393               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2397               overview or linked structure view
2398             </li>
2399             <li>
2400               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2401               work (since 2.8)
2402             </li>
2403             <li>
2404               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2405               user-defined colourscheme doesn't restore original
2406               colourscheme
2407             </li>
2408           </ul>
2409           <em>Test Suite</em>
2410           <ul>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2413               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2417               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2418               problems with deep array comparison equality asserts in
2419               successive versions of TestNG
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2423               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2424             </li>
2425           </ul>
2426           <em>New Known Issues</em>
2427           <ul>
2428             <li>
2429               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2430               phase after a sequence motif find operation
2431             </li>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2434               containing just upper and lower case letters are
2435               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2439               reliably from eggnog Ortholog database
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2443               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2444               to mark columns containing highlighted regions.
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2448               doesn't always add secondary structure annotation.
2449             </li>
2450           </ul>
2451         </div>
2452     <tr>
2453       <td width="60" nowrap>
2454         <div align="center">
2455           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2456         </div>
2457       </td>
2458       <td><div align="left">
2459           <em>General</em>
2460           <ul>
2461             <li>
2462               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2463               for all consensus calculations
2464             </li>
2465             <li>
2466               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2467               3rd Oct 2016)
2468             </li>
2469             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2470               for 2016-2017</li>
2471           </ul>
2472           <em>Application</em>
2473           <ul>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2476               set of database cross-references, sorted alphabetically
2477             </li>
2478             <li>
2479               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2480               from database cross references. Users with custom links
2481               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2482                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2486               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2487               Chimera session
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2491               the Chimera it is connected to is shut down
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2495               columns menu item to mark columns containing highlighted
2496               regions (e.g. from structure selections or results of a
2497               Find operation)
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2501               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2502               MSAviewer
2503             </li>
2504           </ul>
2505         </div></td>
2506       <td>
2507         <div align="left">
2508           <em>General</em>
2509           <ul>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2512               are not coloured or thresholded according to percent
2513               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2514             </li>
2515             <li>
2516               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2517               hydrophobic
2518             </li>
2519             <li>
2520               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2521               threshold, amino acid properties)
2522             </li>
2523             <li>
2524               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2525               reported as mapped to residues in a structure file in the
2526               View Mapping report
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2530               could be added multiple times to a sequence
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2534               bond features shown as two highlighted residues rather
2535               than a range in linked structure views, and treated
2536               correctly when selecting and computing trees from features
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2540               cross-references are matched to database name regardless
2541               of case
2542             </li>
2543
2544           </ul>
2545           <em>Application</em>
2546           <ul>
2547             <li>
2548               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2549               names without regular expressions also offer links from
2550               Sequence ID
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2554               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2555               update Jalview configuration
2556             </li>
2557             <li>
2558               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2559               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2560             </li>
2561             <li>
2562               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2563               files with similarly named sequences if dropped onto the
2564               alignment
2565             </li>
2566             <li>
2567               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2568               entries where more chains exist in the PDB accession than
2569               are reported in the SIFTS file
2570             </li>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2573               the structure view when displayed with Chimera
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2577               panel's View->Show Chains submenu
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2581               work for wrapped alignment views
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2585               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2589               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2590               first annotation row
2591             </li>
2592             <li>
2593               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2594               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2595             </li>
2596             <li>
2597               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2598               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2599             </li>
2600             <!-- JAL-2319 -->
2601             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2602             coordindate data
2603             </li>
2604           </ul>
2605           <!--           <em>New Known Issues</em>
2606           <ul>
2607             <li></li>
2608           </ul> -->
2609         </div>
2610       </td>
2611     </tr>
2612     <td width="60" nowrap>
2613       <div align="center">
2614         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2615           <em>25/10/2016</em></strong>
2616       </div>
2617     </td>
2618     <td><em>Application</em>
2619       <ul>
2620         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2621           view if structures already loaded</li>
2622         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2623           structure views</li>
2624       </ul></td>
2625     <td>
2626       <div align="left">
2627         <em>General</em>
2628         <ul>
2629           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2630             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2631           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2632             example sequences/projects/trees</li>
2633         </ul>
2634         <em>Application</em>
2635         <ul>
2636           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2637             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2638           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2639             without timeout for structures with multiple models or
2640             multiple sequences in alignment</li>
2641           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2642             PDB ID HEADER line</li>
2643           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2644             is performed</li>
2645           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2646             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2647           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2648           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2649             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2650             option</li>
2651           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2652             is created on the alignment</li>
2653           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2654             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2655             pop-up menu</li>
2656         </ul>
2657         <em>Build and deployment</em>
2658         <ul>
2659           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2660             tags</li>
2661         </ul>
2662         <em>New Known Issues</em>
2663         <ul>
2664           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2665             on Windows</li>
2666         </ul>
2667       </div>
2668     </td>
2669     </tr>
2670     <tr>
2671       <td width="60" nowrap>
2672         <div align="center">
2673           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2674         </div>
2675       </td>
2676       <td><em>General</em>
2677         <ul>
2678           <li>
2679             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2680           </li>
2681           <li>
2682             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2683             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2684             better PDB parsing.
2685           </li>
2686           <li>
2687             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2688             reference sequence
2689           </li>
2690           <li>
2691             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2692             mousing over sequence associated annotation
2693           </li>
2694           <li>
2695             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2696             for manual entry
2697           </li>
2698           <li>
2699             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2700             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2701             for each column
2702           </li>
2703           <li>
2704             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2705             showing or hiding columns containing a feature
2706           </li>
2707           <li>
2708             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2709             group and sequence associated annotation labels
2710           </li>
2711           <li>
2712             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2713             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2714             dialogs
2715           </li>
2716
2717         </ul> <em>Application</em>
2718         <ul>
2719           <li>
2720             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2721             gene/transcript view
2722           </li>
2723           <li>
2724             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2725             dialog
2726           </li>
2727           <li>
2728             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2729             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2730           </li>
2731           <li>
2732             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2733             Pfam sources to xfam.org
2734           </li>
2735           <li>
2736             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2737           </li>
2738           <li>
2739             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2740             over sequences in Jalview
2741           </li>
2742           <li>
2743             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2744             regions in ENA and EMBL
2745           </li>
2746           <li>
2747             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2748             for record retrieval via ENA rest API
2749           </li>
2750           <li>
2751             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2752             complement operator
2753           </li>
2754           <li>
2755             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2756             groovy script execution
2757           </li>
2758           <li>
2759             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2760             alignment window's Calculate menu
2761           </li>
2762           <li>
2763             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2764             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2765           </li>
2766           <li>
2767             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2768             calculation workers from groovy scripts
2769           </li>
2770           <li>
2771             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2772             Jalview projects
2773           </li>
2774           <li>
2775             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2776             associations are now saved/restored from project
2777           </li>
2778           <li>
2779             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2780             before sequence fetcher is opened
2781           </li>
2782           <li>
2783             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2784             database chooser opens a sequence fetcher
2785           </li>
2786           <li>
2787             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2788             the UniProt REST API
2789           </li>
2790           <li>
2791             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2792             the news reader opening
2793           </li>
2794           <li>
2795             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2796             querying stored in preferences
2797           </li>
2798           <li>
2799             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2800             search results
2801           </li>
2802           <li>
2803             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2804           </li>
2805           <li>
2806             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2807             menu for nucleotide sequences
2808           </li>
2809           <li>
2810             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2811             and feature counts preserves alignment ordering (and
2812             debugged for complex feature sets).
2813           </li>
2814           <li>
2815             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2816             viewing structures with Jalview 2.10
2817           </li>
2818           <li>
2819             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2820             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2821             Ensembl Genomes REST API
2822           </li>
2823           <li>
2824             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2825             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2826             (Ensembl)
2827           </li>
2828           <li>
2829             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2830             sequences
2831           </li>
2832           <li>
2833             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2834             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2835             data from external database records.
2836           </li>
2837           <li>
2838             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2839             efficient recovery of sequence coding and alignment
2840             annotation relationships.
2841           </li>
2842         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2843         <ul>
2844           <li>
2845             -- JAL---
2846           </li>
2847         </ul> --></td>
2848       <td>
2849         <div align="left">
2850           <em>General</em>
2851           <ul>
2852             <li>
2853               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2854               menu on OSX
2855             </li>
2856             <li>
2857               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2858               includes graduated colourschemes
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2862               working with big alignments and lots of hidden columns
2863             </li>
2864             <li>
2865               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2866               at right of alignment window
2867             </li>
2868             <li>
2869               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2870               contents
2871             </li>
2872             <li>
2873               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2874               for DNA alignments
2875             </li>
2876             <li>
2877               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2878               based tree calculation
2879             </li>
2880             <li>
2881               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2882               unconserved enabled for group on alignment
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2886               set as reference
2887             </li>
2888             <li>
2889               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2890               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2891               annotation
2892             </li>
2893             <li>
2894               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2895               hidden columns present
2896             </li>
2897             <li>
2898               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2899               user created annotation added to alignment
2900             </li>
2901             <li>
2902               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2903               '()' base pair annotation
2904             </li>
2905             <li>
2906               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2907               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2908               Consensus
2909             </li>
2910             <li>
2911               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2912               feature not working
2913             </li>
2914             <li>
2915               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2916               beginning of sequence
2917             </li>
2918             <li>
2919               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2920               entry 3a6s
2921             </li>
2922             <li>
2923               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2924               from a tree when t-coffee scores are shown
2925             </li>
2926             <li>
2927               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2928               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2929             </li>
2930             <li>
2931               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2932               some structures
2933             </li>
2934             <li>
2935               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2936               to Clustal, PIR and PileUp output
2937             </li>
2938             <li>
2939               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2940               not visible causes alignment window to repaint
2941             </li>
2942             <li>
2943               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2944               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2945               scores associated with features and annotation rows
2946             </li>
2947             <li>
2948               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2949               calculation should be case independent
2950             </li>
2951             <li>
2952               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2953               columns
2954             </li>
2955             <li>
2956               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2957               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2958               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2959             </li>
2960             <li>
2961               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2962               problems when reference sequence defined and 'show
2963               non-conserved' enabled
2964             </li>
2965             <li>
2966               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2967               load even when Consensus calculation is disabled
2968             </li>
2969             <li>
2970               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2971               alignment does nothing
2972             </li>
2973           </ul>
2974           <em>Application</em>
2975           <ul>
2976             <li>
2977               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2978               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2979               yet fixed for El Capitan)
2980             </li>
2981             <li>
2982               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2983               output when running on non-gb/us i18n platforms
2984             </li>
2985             <li>
2986               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2987               hidden sequences as flat-file alignment
2988             </li>
2989             <li>
2990               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2991               launching Chimera
2992             </li>
2993             <li>
2994               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2995               (also hotfix for 2.9.0b2)
2996             </li>
2997             <li>
2998               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2999               reference sequence defined
3000             </li>
3001             <li>
3002               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3003               alignments and views when revealing hidden columns
3004             </li>
3005             <li>
3006               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3007               view in a cDNA/Protein splitframe
3008             </li>
3009             <li>
3010               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3011               sequence from project when only one sequence is
3012               represented
3013             </li>
3014             <li>
3015               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3016               in Structure Chooser
3017             </li>
3018             <li>
3019               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3020               structure consensus didn't refresh annotation panel
3021             </li>
3022             <li>
3023               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3024               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3025             </li>
3026             <li>
3027               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3028               dialogs format columns correctly, don't display array
3029               data, sort columns according to type
3030             </li>
3031             <li>
3032               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3033               file chooser is cancelled during an image export
3034             </li>
3035             <li>
3036               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3037               sequence name containing special characters
3038             </li>
3039             <li>
3040               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3041               case insensitive
3042             </li>
3043             <li>
3044               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3045               formatting don't wrap
3046             </li>
3047             <li>
3048               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3049               truncated so L looks like I in consensus annotation
3050             </li>
3051             <li>
3052               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3053               currently displayed features for the current selection or
3054               view
3055             </li>
3056             <li>
3057               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3058               after fetching cross-references, and restoring from
3059               project
3060             </li>
3061             <li>
3062               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3063               followed in the structure viewer
3064             </li>
3065             <li>
3066               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3067               splitframe not restored from project
3068             </li>
3069             <li>
3070               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3071               trailing end of protein alignment in transcript/product
3072               splitview when pad-gaps not enabled by default
3073             </li>
3074             <li>
3075               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3076               is case dependent
3077             </li>
3078             <li>
3079               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3080               article has been read (reopened issue due to
3081               internationalisation problems)
3082             </li>
3083             <li>
3084               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3085               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3086               cross-references
3087             </li>
3088
3089             <li>
3090               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3091               alignment as HTML
3092             </li>
3093             <li>
3094               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3095               multiple structures are shown for one or more sequences.
3096             </li>
3097             <li>
3098               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3099               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3100               is enabled.
3101             </li>
3102             <li>
3103               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3104               specific PDB id for sequence
3105             </li>
3106             <li>
3107               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3108               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3109               columns' is disabled.
3110             </li>
3111             <li>
3112               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3113               selects lowest rather than highest resolution structures
3114               for each sequence
3115             </li>
3116             <li>
3117               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3118               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3119             </li>
3120             <li>
3121               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3122               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3123             </li>
3124             <li>
3125               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3126               after clicking on it to create new annotation for a
3127               column.
3128             </li>
3129             <li>
3130               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3131               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3132             </li>
3133             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3134             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3135           </ul>
3136           <em>Applet</em>
3137           <ul>
3138             <li>
3139               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3140               hidden columns present before start of sequence
3141             </li>
3142             <li>
3143               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3144               (JSON jars)
3145             </li>
3146             <li>
3147               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3148               sequences are hidden in applet
3149             </li>
3150             <li>
3151               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3152               deployment on examples pages.
3153             </li>
3154           </ul>
3155         </div>
3156       </td>
3157     </tr>
3158     <tr>
3159       <td width="60" nowrap>
3160         <div align="center">
3161           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3162             <em>16/10/2015</em></strong>
3163         </div>
3164       </td>
3165       <td><em>General</em>
3166         <ul>
3167           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3168             jars</li>
3169         </ul></td>
3170       <td>
3171         <div align="left">
3172           <em>Application</em>
3173           <ul>
3174             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3175               shown when tree is partitioned</li>
3176             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3177               multiple cDNA/Protein split views</li>
3178           </ul>
3179         </div>
3180       </td>
3181     </tr>
3182     <tr>
3183       <td width="60" nowrap>
3184         <div align="center">
3185           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3186             <em>8/10/2015</em></strong>
3187         </div>
3188       </td>
3189       <td><em>General</em>
3190         <ul>
3191           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3192             2.9</li>
3193         </ul> <em>Application</em>
3194         <ul>
3195           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3196           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3197           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3198         </ul> <em>Applet</em>
3199         <ul>
3200           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3201         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3202         <ul>
3203           <li>
3204             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3205             suite
3206           </li>
3207         </ul></td>
3208       <td>
3209         <div align="left">
3210           <em>General</em>
3211           <ul>
3212             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3213               incorrect when sequence start > 1</li>
3214             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3215               documentation</li>
3216             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3217             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3218               loading a features file containing HTML tags in feature
3219               description</li>
3220
3221           </ul>
3222           <em>Application</em>
3223           <ul>
3224             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3225               reimport</li>
3226             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3227               with 'trim retrieved sequences'</li>
3228             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3229               deleting selected columns</li>
3230             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3231               JNLP templates for webstart launch</li>
3232             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3233               unreleased structures for download or viewing</li>
3234             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3235               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3236             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3237               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3238             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3239               recovered from jalview project</li>
3240             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3241               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3242               alignment view</li>
3243             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3244               color schemes from BioJSON</li>
3245           </ul>
3246           <em>Applet</em>
3247           <ul>
3248             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3249               frame</li>
3250             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3251           </ul>
3252         </div>
3253       </td>
3254     </tr>
3255     <tr>
3256       <td><div align="center">
3257           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3258         </div></td>
3259       <td><em>General</em>
3260         <ul>
3261           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3262             alignments:
3263             <ul>
3264               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3265                 and DNA alignment views</li>
3266               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3267                 cDNA alignment views</li>
3268               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3269                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3270               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3271                 protein sequences</li>
3272             </ul>
3273           </li>
3274           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3275           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3276             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3277           <li>New alignment annotation file statements for
3278             reference sequences and marking hidden columns</li>
3279           <li>Reference sequence based alignment shading to
3280             highlight variation</li>
3281           <li>Select or hide columns according to alignment
3282             annotation</li>
3283           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3284           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3285             acid conservation row</li>
3286           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3287         </ul> <em>Application</em>
3288         <ul>
3289           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3290             <ul>
3291               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3292                 view with cDNA/Protein</li>
3293               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3294                 sequences are placed in the same alignment</li>
3295               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3296                 projects</li>
3297             </ul>
3298           </li>
3299
3300           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3301           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3302             Jalview windows</li>
3303
3304           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3305           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3306           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3307             be shown in VARNA</li>
3308
3309           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3310             as the active selected region</li>
3311
3312           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3313             similarity</li>
3314           <li>New Export options
3315             <ul>
3316               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3317                 region export in flat file generation</li>
3318
3319               <li>Export alignment views for display with the <a
3320                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3321
3322               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3323               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3324                 alignment figures to HTML</li>
3325           </li>
3326           <li>3D structure retrieval and display
3327             <ul>
3328               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3329                 Search API</li>
3330               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3331                 PDB structures for a sequence set</li>
3332             </ul>
3333           </li>
3334
3335           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3336             predictions</li>
3337           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3338             for one or a group of sequences</li>
3339           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3340             from the JPred4 web server</li>
3341           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3342             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3343             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3344           </li>
3345           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3346             VARNA 2D Structure'</li>
3347           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3348             Structure ..."</li>
3349
3350         </ul> <em>Applet</em>
3351         <ul>
3352           <li>New layout for applet example pages</li>
3353           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3354             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3355           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3356             Protein alignments</li>
3357         </ul> <em>Development and deployment</em>
3358         <ul>
3359           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3360           <li>Include installation type and git revision in build
3361             properties and console log output</li>
3362           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3363             storing BioJsMSA Templates</li>
3364           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3365         </ul></td>
3366       <td>
3367         <!-- <em>General</em>
3368         <ul>
3369         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3370         <ul>
3371           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3372           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3373           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3374             predictions are not highlighted in amber</li>
3375           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3376             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3377           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3378             associated structure views</li>
3379           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3380             width checkbox not enabled</li>
3381           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3382             creating user defined colours</li>
3383           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3384             mappings for just that viewer's sequences</li>
3385           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3386             multiple models in Chimera</li>
3387           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3388             over Jmol structure</li>
3389           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3390             output to text box</li>
3391           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3392             have incorrect sequence start/end</li>
3393           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3394             Jalview fails</li>
3395           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3396             work for nucleotide</li>
3397           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3398             to a grey/invisible alignment window</li>
3399           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3400             imports to different position</li>
3401           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3402             on some platforms</li>
3403           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3404             populated</li>
3405           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3406             console if Chimera has been opened</li>
3407           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3408           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3409             retrieved</li>
3410           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3411           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3412             either sequence shows on first structure</li>
3413           <li>'Show annotations' options should not make
3414             non-positional annotations visible</li>
3415           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3416             in right place after 'view flanking regions'</li>
3417           <li>File Save As type unset when current file format is
3418             unknown</li>
3419           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3420             projects</li>
3421           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3422             responsive</li>
3423           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3424             several views on same alignment</li>
3425           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3426           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3427             spaces</li>
3428         </ul> <em>Applet</em>
3429         <ul>
3430           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3431           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3432             descriptions containing angle brackets</li>
3433         </ul> <em>General</em>
3434         <ul>
3435           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3436             via jalview annotation file</li>
3437           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3438             with RNA secondary structure</li>
3439           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3440             translation doesn't work.</li>
3441           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3442           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3443             positions</li>
3444           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3445             choosing 1pt font</li>
3446           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3447             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3448             'h'</li>
3449           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3450             new feature</li>
3451           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3452             order dependent</li>
3453           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3454             sequences</li>
3455           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3456         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3457         <ul>
3458           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3459             www.jalview.org</li>
3460         </ul> <em>Application Known issues</em>
3461         <ul>
3462           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3463           <li>Misleading message appears after trying to delete
3464             solid column.</li>
3465           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3466             version launches</li>
3467           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3468             fails with a sequence mismatch</li>
3469           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3470             scrolling alignment to right</li>
3471           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3472             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3473           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3474             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3475           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3476             ultra-high resolution</li>
3477           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3478             quality and conservation</li>
3479           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3480             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3481         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3482         <ul>
3483           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3484           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3485             window is being resized</li>
3486
3487         </ul>
3488       </td>
3489     </tr>
3490     <tr>
3491       <td><div align="center">
3492           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3493         </div></td>
3494       <td><em>General</em>
3495         <ul>
3496           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3497             Certum.PL.</li>
3498           <li>Features and annotation preserved when performing
3499             pairwise alignment</li>
3500           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3501             imported/exported/displayed</li>
3502           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3503             protein secondary structure</li>
3504           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3505               post-hoc with 2.9 release</em>)
3506           </li>
3507
3508         </ul> <em>Application</em>
3509         <ul>
3510           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3511             with 3D structures</li>
3512           <li>Support for parsing RNAML</li>
3513           <li>Annotations menu for layout
3514             <ul>
3515               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3516               <li>place sequence annotation above/below alignment
3517                 annotation</li>
3518             </ul>
3519           <li>Output in Stockholm format</li>
3520           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3521             translation</li>
3522           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3523           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3524             shared between alignments</li>
3525           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3526             Jalview</li>
3527           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3528             all or current selection</li>
3529           <li>disorder and secondary structure predictions
3530             available as dataset annotation</li>
3531           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3532
3533
3534           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3535             alignments from Rfam</li>
3536           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3537
3538           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3539             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3540           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3541           <li>include installation type in build properties and
3542             console log output</li>
3543           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3544             annotation</li>
3545         </ul></td>
3546       <td>
3547         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3548         <ul>
3549           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3550             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3551           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3552             alignment</li>
3553           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3554           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3555           <li>Double click on sequence associated annotation
3556             selects only first column</li>
3557           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3558             leaves shown in tree</li>
3559           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3560             properly</li>
3561           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3562           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3563             screen and buttons not visible</li>
3564           <li>author list isn't updated if already written to
3565             Jalview properties</li>
3566           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3567             from database</li>
3568           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3569           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3570             browser search window</li>
3571           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3572             in feature settings dialog</li>
3573           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3574             desktop</li>
3575           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3576             pass validation</li>
3577           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3578             fit on screen</li>
3579           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3580             tooltip</li>
3581           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3582             defined user preset</li>
3583           <li>MSA web services warns user if they were launched
3584             with invalid input</li>
3585           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3586             Java 8</li>
3587           <li>
3588             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3589             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3590             created
3591           </li>
3592
3593         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3594         <ul>
3595         </ul> <em>General</em>
3596         <ul>
3597         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3598         <ul>
3599           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3600             memory allocation</li>
3601           <li>launchApp service doesn't automatically open
3602             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3603           <li>
3604             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3605             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3606             1.7_055 is available
3607           </li>
3608         </ul> <em>Application Known issues</em>
3609         <ul>
3610           <li>
3611             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3612             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3613             alignment to right
3614           </li>
3615           <li>
3616             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3617             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3618             with large number of ID
3619           </li>
3620           <li>
3621             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3622             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3623             start/end
3624           </li>
3625           <li>
3626             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3627             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3628             structure tracks are rearranged
3629           </li>
3630           <li>
3631             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3632             invalid rna structure positional highlighting does not
3633             highlight position of invalid base pairs
3634           </li>
3635           <li>
3636             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3637             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3638             project from alignment window file menu
3639           </li>
3640           <li>
3641             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3642             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3643             structures
3644           </li>
3645           <li>
3646             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3647             colour by RNA Helices not enabled when user created
3648             annotation added to alignment
3649           </li>
3650           <li>
3651             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3652             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3653           </li>
3654         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3655         <ul>
3656           <li>
3657             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3658             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3659           </li>
3660           <li>
3661             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3662             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3663           </li>
3664
3665           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3666             when selected</li>
3667         </ul>
3668       </td>
3669     </tr>
3670     <tr>
3671       <td><div align="center">
3672           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3673         </div></td>
3674       <td>
3675         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3676         <em>General</em>
3677         <ul>
3678           <li>Internationalisation of user interface (usually
3679             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3680           <li>Define/Undefine group on current selection with
3681             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3682           <li>Improved group creation/removal options in
3683             alignment/sequence Popup menu</li>
3684           <li>Sensible precision for symbol distribution
3685             percentages shown in logo tooltip.</li>
3686           <li>Annotation panel height set according to amount of
3687             annotation when alignment first opened</li>
3688         </ul> <em>Application</em>
3689         <ul>
3690           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3691             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3692           <li>Select columns containing particular features from
3693             Feature Settings dialog</li>
3694           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3695             sequences</li>
3696           <li>Update Jalview project format:
3697             <ul>
3698               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3699               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3700                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3701               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3702                 colouring</li>
3703             </ul>
3704           </li>
3705           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3706             (PAM250)</li>
3707           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3708             flanking regions for an alignment</li>
3709         </ul>
3710       </td>
3711       <td>
3712         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3713         <ul>
3714           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3715             running after job is cancelled</li>
3716           <li>cannot export features from alignments imported from
3717             Jalview/VAMSAS projects</li>
3718           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3719             float values</li>
3720           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3721             have 'display all symbols' flag set</li>
3722           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3723             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3724           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3725             Jalview</li>
3726           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3727             Lion/Webstart</li>
3728           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3729           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3730           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3731             alignment onto desktop</li>
3732           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3733             'extract scores' function</li>
3734           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3735             alignment window</li>
3736           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3737             performing IUPred disorder prediction</li>
3738           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3739             changing 'normalise logo' display setting</li>
3740           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3741             nothing matches query</li>
3742           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3743             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3744           </li>
3745           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3746             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3747           </li>
3748           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3749             Jalview's menu</li>
3750           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3751             'invalid literal/length code'</li>
3752           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3753             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3754           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3755             colourscheme</li>
3756
3757         </ul> <em>Applet</em>
3758         <ul>
3759           <li>Remove group option is shown even when selection is
3760             not a group</li>
3761           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3762             don't affect groups</li>
3763           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3764             colourscheme name</li>
3765           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3766             Annotation panel is not displayed</li>
3767           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3768             embedded windows</li>
3769         </ul> <em>Other</em>
3770         <ul>
3771           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3772             single sequence were not calculated</li>
3773           <li>annotation files that contain only groups imported as
3774             annotation and junk sequences</li>
3775           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3776             recognised as PFAM or BLC</li>
3777           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3778             doesn't affect background (2.8.0b1)
3779           <li></li>
3780           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3781           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3782             trailing gaps</li>
3783           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3784             registered correctly on import</li>
3785           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3786             certain alignments</li>
3787           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3788             existing annotation based 'use original colours'
3789             colourscheme loses original colours setting</li>
3790         </ul>
3791       </td>
3792     </tr>
3793     <tr>
3794       <td><div align="center">
3795           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3796             <em>30/1/2014</em></strong>
3797         </div></td>
3798       <td>
3799         <ul>
3800           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3801             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3802             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3803             open source project).
3804           </li>
3805           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3806           <li>Output in Stockholm format</li>
3807           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3808           <li>Export/import group and sequence associated line
3809             graph thresholds</li>
3810           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3811             ambiguity codes</li>
3812           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3813             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3814             works</li>
3815           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3816         </ul> <em>Other improvements</em>
3817         <ul>
3818           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3819           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3820             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3821           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3822             files</li>
3823           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3824           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3825             link but no description</li>
3826           <li>Select primary source when selecting authority in
3827             database fetcher GUI</li>
3828           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3829             Jalview</li>
3830           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3831         </ul>
3832       </td>
3833       <td>
3834         <ul>
3835           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3836             displayed</li>
3837           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3838             secondary structure annotation line</li>
3839           <li>Sequence database accessions not imported when
3840             fetching alignments from Rfam</li>
3841           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3842             identical IDs</li>
3843           <li>View all structures does not always superpose
3844             structures</li>
3845           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3846             reflect user or preset settings</li>
3847           <li>Null pointer exceptions for some services without
3848             presets or adjustable parameters</li>
3849           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3850             discover PDB xRefs</li>
3851           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3852             features with DAS</li>
3853           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3854             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3855           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3856             residue follows a gap</li>
3857           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3858             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3859           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3860             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3861           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3862             annotation already exists on alignment</li>
3863           <li>oninit javascript function should be called after
3864             initialisation completes</li>
3865           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3866             alignment window display</li>
3867           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3868           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3869             to annotation file</li>
3870           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3871             groups created</li>
3872           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3873             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3874           <li>Pressing return several times causes Number Format
3875             exceptions in keyboard mode</li>
3876           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3877             correct partitions for input data</li>
3878           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3879           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3880           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3881           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3882             mode</li>
3883           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3884             changes one row&#39;s threshold</li>
3885           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3886             doesn&#39;t open</li>
3887           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3888             quality histograms</li>
3889         </ul>
3890       </td>
3891     </tr>
3892     <tr>
3893       <td><div align="center">
3894           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3895         </div></td>
3896       <td><em>Application</em>
3897         <ul>
3898           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3899             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3900           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3901             preferences</li>
3902           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3903             in Jalview alignment window</li>
3904           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3905             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3906           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3907             RNA and ambiguity codes</li>
3908
3909           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3910           <li>Support fetching and database reference look up
3911             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3912             refs')</li>
3913           <li>Jalview project improvements
3914             <ul>
3915               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3916                 flag for annotation</li>
3917               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3918                 alignment</li>
3919               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3920                 Jalview project</li>
3921
3922             </ul>
3923           </li>
3924           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3925           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3926             running</li>
3927           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3928           <li>visual indication that web service results are still
3929             being retrieved from server</li>
3930           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3931             starts up for first time</li>
3932           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3933             services</li>
3934           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3935             client library</li>
3936           <li>Examples directory and Groovy library included in
3937             InstallAnywhere distribution</li>
3938         </ul> <em>Applet</em>
3939         <ul>
3940           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3941             visualization applet example</li>
3942         </ul> <em>General</em>
3943         <ul>
3944           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3945           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3946             defaults</li>
3947           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3948             calculation</li>
3949           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3950             matrices
3951           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3952             in HTML</li>
3953           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3954             structure contacts</li>
3955           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3956           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3957           <li>Parse sequence associated secondary structure
3958             information in Stockholm files</li>
3959           <li>HTML Export database accessions and annotation
3960             information presented in tooltip for sequences</li>
3961           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3962             style RNA alignment files</li>
3963           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3964             alignment</li>
3965           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3966             shade each sequence according to its associated alignment
3967             annotation</li>
3968           <li>New Jalview Logo</li>
3969         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3970         <ul>
3971           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3972           <li>New Website!</li>
3973         </ul></td>
3974       <td><em>Application</em>
3975         <ul>
3976           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3977             wsdbfetch REST service</li>
3978           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3979           <li>Filetype associations not installed for webstart
3980             launch</li>
3981           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3982             job execution in full once it is complete</li>
3983           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3984             uploaded via ali_file parameter</li>
3985           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3986           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3987           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3988             submitted for prediction</li>
3989           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3990             desktop window</li>
3991           <li>Putting fractional value into integer text box in
3992             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3993           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3994             windows 7</li>
3995           <li>View all structures fails with exception shown in
3996             structure view</li>
3997           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3998             escaped in a platform independent way</li>
3999           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4000             using proxy</li>
4001           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4002             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4003           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4004             failure when java web start temporary file caching is
4005             disabled</li>
4006           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4007             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4008           <li>Errors during processing of command line arguments
4009             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4010           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4011             DAS sources in sequence fetcher</li>
4012           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4013             dialog is shown</li>
4014           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4015           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4016           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4017           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4018             on OSX Mountain Lion</li>
4019           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4020             sequences with alignment annotation are pasted into the
4021             alignment</li>
4022           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4023             when loaded from Jalview project</li>
4024           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4025           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4026             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4027           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4028             associated with all views</li>
4029           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4030             annotation rows to new window</li>
4031         </ul> <em>Applet</em>
4032         <ul>
4033           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4034             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4035           <li>loading features via javascript API automatically
4036             enables feature display</li>
4037           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4038             work</li>
4039         </ul> <em>General</em>
4040         <ul>
4041           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4042           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4043             and then deselected</li>
4044           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4045           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4046             coloured with clustalx</li>
4047           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4048             exceptions and redraw errors</li>
4049           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4050             reconfigured view</li>
4051           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4052             colour</li>
4053           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4054             for lots of labels</li>
4055         </ul>
4056     </tr>
4057     <tr>
4058       <td>
4059         <div align="center">
4060           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4061         </div>
4062       </td>
4063       <td><em>Application</em>
4064         <ul>
4065           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4066           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4067           <li>View/alignment association menu to enable user to
4068             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4069             its colours/correspondences from</li>
4070           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4071           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4072             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4073           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4074           <li>Annotation row column label formatting attributes
4075             stored in project file</li>
4076           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4077             rows preserved in Jalview project file</li>
4078           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4079             saved using Desktop window menu</li>
4080           <li>Visual indication that command line arguments are
4081             still being processed</li>
4082           <li>Groovy script execution from URL</li>
4083           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4084             preferences</li>
4085           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4086             alignment with sequences that have high similarity and
4087             matching IDs</li>
4088           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4089           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4090             structures in same window</li>
4091           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4092           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4093             analysis function in its own submenu</li>
4094         </ul> <em>Applet</em>
4095         <ul>
4096           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4097             groups</li>
4098           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4099           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4100           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4101           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4102           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4103             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4104           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4105           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4106             parameters are treated as such</li>
4107           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4108             <ul>
4109               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4110               <li>Javascript callbacks for
4111                 <ul>
4112                   <li>Applet initialisation</li>
4113                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4114                 </ul>
4115               </li>
4116               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4117                 functions</li>
4118               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4119               <li>javascript structure viewer harness to pass
4120                 messages between Jmol and Jalview when running as
4121                 distinct applets</li>
4122               <li>sortBy method</li>
4123               <li>Set of applet and application examples shipped
4124                 with documentation</li>
4125               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4126                 javascript message exchange</li>
4127             </ul>
4128         </ul> <em>General</em>
4129         <ul>
4130           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4131             multiple alignments</li>
4132           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4133           <li>User configurable link to enable redirects to a
4134             www.Jalview.org mirror</li>
4135           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4136           <li>Configurable newline string when writing alignment
4137             and other flat files</li>
4138           <li>Allow alignment annotation description lines to
4139             contain html tags</li>
4140         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4141         <ul>
4142           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4143             examples</li>
4144           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4145             using a web service before displaying the result in the
4146             Jalview desktop</li>
4147           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4148           <li>Ant target to publish example html files with applet
4149             archive</li>
4150           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4151           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4152         </ul></td>
4153       <td><em>Application</em>
4154         <ul>
4155           <li>User defined colourscheme throws exception when
4156             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4157           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4158             dialog for valid filename/format</li>
4159           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4160           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4161             P37173</li>
4162           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4163             which sequence is to be associated with the file</li>
4164           <li>Find All raises null pointer exception when query
4165             only matches sequence IDs</li>
4166           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4167           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4168             2.4 cannot be loaded</li>
4169           <li>Filetype associations not installed for webstart
4170             launch</li>
4171           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4172             with sequences in different alignments do not get coloured
4173             by their associated sequence</li>
4174           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4175             not preserved when project is loaded</li>
4176           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4177             stored in Jalview project</li>
4178           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4179             Jalview project</li>
4180           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4181           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4182             by conservation</li>
4183           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4184             created on new view</li>
4185           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4186             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4187           <li>Alignment quality not updated after alignment
4188             annotation row is hidden then shown</li>
4189           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4190             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4191           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4192             properly</li>
4193           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4194             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4195           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4196           <li>Structures imported from file and saved in project
4197             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4198           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4199             job execution in full once it is complete</li>
4200         </ul> <em>Applet</em>
4201         <ul>
4202           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4203             annotation rows are displayed</li>
4204           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4205             codebase</li>
4206           <li>View follows highlighting does not work for positions
4207             in sequences</li>
4208           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4209           <li>Export features raises exception when no features
4210             exist</li>
4211           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4212             for javascript api is modified when separator string
4213             provided as parameter</li>
4214           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4215             alignment with no existing selection</li>
4216           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4217             to applet&#39;s codebase</li>
4218           <li>Status bar not updated after finished searching and
4219             search wraps around to first result</li>
4220           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4221             several Jalview applets causes race conditions and memory
4222             leaks</li>
4223           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4224             not sent from Jmol in applet</li>
4225           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4226             applet API fatally hang browser</li>
4227         </ul> <em>General</em>
4228         <ul>
4229           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4230             position with wrapped view and hidden regions</li>
4231           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4232             with/without hidden columns</li>
4233           <li>Sequence length given in alignment properties window
4234             is off by 1</li>
4235           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4236             import PDB like structure files</li>
4237           <li>Positional search results are only highlighted
4238             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4239           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4240           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4241             given sequence position</li>
4242           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4243             output</li>
4244           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4245             from nucleotide chains correctly</li>
4246           <li>Structure colours not updated when tree partition
4247             changed in alignment</li>
4248           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4249             parsed in interleaved stockholm</li>
4250           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4251             state</li>
4252           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4253             properly</li>
4254           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4255             properly associated with their pdb files</li>
4256         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4257         <ul>
4258           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4259             ApplyCopyright tool</li>
4260         </ul></td>
4261     </tr>
4262     <tr>
4263       <td>
4264         <div align="center">
4265           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4266         </div>
4267       </td>
4268       <td><em>Application</em>
4269         <ul>
4270           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4271             contact web services</li>
4272           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4273             service job window</li>
4274           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4275         </ul></td>
4276       <td>
4277         <ul>
4278           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4279             pir file emitted by Jalview</li>
4280           <li>Existing feature settings transferred to new
4281             alignment view created from cut'n'paste</li>
4282           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4283             parsing PDB files</li>
4284           <li>Consensus and conservation annotation rows
4285             occasionally become blank for all new windows</li>
4286           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4287             in wrapped view mode</li>
4288         </ul> <em>Application</em>
4289         <ul>
4290           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4291             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4292           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4293             parameter names</li>
4294           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4295             is down</li>
4296         </ul>
4297       </td>
4298     </tr>
4299     <tr>
4300       <td>
4301         <div align="center">
4302           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4303         </div>
4304       </td>
4305       <td><em>Application</em>
4306         <ul>
4307           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4308             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4309             (JABAWS)
4310           </li>
4311           <li>Web Services preference tab</li>
4312           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4313             preferences</li>
4314           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4315           <li>Superpose structures using associated sequence
4316             alignment</li>
4317           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4318             viewer</li>
4319         </ul> <em>Applet</em>
4320         <ul>
4321           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4322             link out mechanism</li>
4323         </ul> <em>Other</em>
4324         <ul>
4325           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4326             series 12</li>
4327           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4328             require Java 1.5</li>
4329           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4330             sequence annotation files</li>
4331           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4332             type colour specification</li>
4333           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4334             script to check if it being run in an interactive session or
4335             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4336         </ul></td>
4337       <td>
4338         <ul>
4339           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4340             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4341         </ul> <em>Application</em>
4342         <ul>
4343           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4344             selected Regions menu item</li>
4345           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4346             part of a valid accession ID</li>
4347           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4348             runs out of memory</li>
4349           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4350             analysis results</li>
4351           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4352             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4353           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4354         </ul> <em>Applet</em>
4355         <ul>
4356           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4357             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4358             defined.</li>
4359         </ul>
4360       </td>
4361     </tr>
4362     <tr>
4363       <td>
4364         <div align="center">
4365           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4366         </div>
4367       </td>
4368       <td></td>
4369       <td>
4370         <ul>
4371           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4372             sequence IDs</li>
4373           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4374             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4375           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4376             import correctly</li>
4377           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4378             number of columns are hidden</li>
4379           <li>annotation label popup menu not providing correct
4380             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4381             present</li>
4382           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4383             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4384           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4385             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4386
4387         </ul> <em>Applet</em>
4388         <ul>
4389           <li>annotation panel disappears when annotation is
4390             hidden/removed</li>
4391         </ul> <em>Application</em>
4392         <ul>
4393           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4394             alignment opened where annotation panel is visible but no
4395             annotations are present on alignment</li>
4396           <li>pasted region containing hidden columns is
4397             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4398           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4399             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4400           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4401             selected Rregions menu item.</li>
4402           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4403             'Un' or 'Non'conserved</li>
4404           <li>Sequence feature settings are being shared by
4405             multiple distinct alignments</li>
4406           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4407             changed</li>
4408           <li>double click on group annotation to select sequences
4409             does not propagate to associated trees</li>
4410           <li>Mac OSX specific issues:
4411             <ul>
4412               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4413                 window background</li>
4414               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4415                 name set correctly</li>
4416               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4417                 save feature colourscheme button</li>
4418             </ul>
4419           </li>
4420         </ul>
4421       </td>
4422     </tr>
4423     <tr>
4424
4425       <td>
4426         <div align="center">
4427           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4428         </div>
4429       </td>
4430       <td><em>New Capabilities</em>
4431         <ul>
4432           <li>URL links generated from description line for
4433             regular-expression based URL links (applet and application)
4434
4435           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4436             menu</li>
4437           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4438             structures</li>
4439           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4440             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4441           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4442             average score or total feature count for each sequence.</li>
4443           <li>Shading features by score or associated description</li>
4444           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4445             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4446           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4447             hide everything but the currently selected region.</li>
4448           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4449         </ul> <em>Application</em>
4450         <ul>
4451           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4452             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4453           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4454             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4455           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4456             database references and protein_name is parsed as
4457             description line (BioSapiens terms).</li>
4458           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4459             references in sequence ID tooltip from View menu in
4460             application.</li>
4461           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4462       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4463           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4464             conservation plots</li>
4465           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4466             and visualized as sequence logos</li>
4467           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4468             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4469           </li>
4470           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4471             when a new tree is opened.</li>
4472           <li>Jalview Java Console</li>
4473           <li>Better placement of desktop window when moving
4474             between different screens.</li>
4475           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4476             consensus annotation</li>
4477           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4478             Workflows</li>
4479           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4480             <ul>
4481               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4482                 used to preserve views, structures, and tree display
4483                 settings)</li>
4484               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4485                 command line</li>
4486               <li>Sharing of selected regions between views and
4487                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4488               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4489             </ul></li>
4490         </ul> <em>Applet</em>
4491         <ul>
4492           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4493           <li>New Parameters
4494             <ul>
4495               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4496                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4497                 opened.</li>
4498               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4499                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4500               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4501                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4502               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4503                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4504                 view</li>
4505               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4506                 increase the height or width of a cell in the alignment
4507                 grid relative to the current font size.</li>
4508             </ul>
4509           </li>
4510           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4511             tooltip</li>
4512         </ul> <em>Other</em>
4513         <ul>
4514           <li>Features format: graduated colour definitions and
4515             specification of feature scores</li>
4516           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4517             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4518             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4519           <li>XML formats extended to support graduated feature
4520             colourschemes, group associated annotation, and profile
4521             visualization settings.</li></td>
4522       <td>
4523         <ul>
4524           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4525             rather than description</li>
4526           <li>Non-positional features are now included in sequence
4527             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4528             visibility in tooltip).</li>
4529           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4530           <li>Added URL embedding instructions to features file
4531             documentation.</li>
4532           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4533             'X' in peptide product</li>
4534           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4535             sequence ID and sequence string and query strings do not
4536             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4537           <li>AMSA files only contain first column of
4538             multi-character column annotation labels</li>
4539           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4540             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4541             exported and re-imported)</li>
4542           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4543             name</li>
4544           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4545             as subsequence matches, and correctly reports total number
4546             of both.</li>
4547           <li>Application:
4548             <ul>
4549               <li>Better handling of exceptions during sequence
4550                 retrieval</li>
4551               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4552                 link text excludes the start_end suffix</li>
4553               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4554                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4555               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4556               <li>Sequence description lines properly shared via
4557                 VAMSAS</li>
4558               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4559                 data sources</li>
4560               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4561                 completes before alignment figures are generated.</li>
4562               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4563                 first time.</li>
4564               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4565                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4566               <li>User defined group colours properly recovered
4567                 from Jalview projects.</li>
4568             </ul>
4569           </li>
4570         </ul>
4571       </td>
4572
4573     </tr>
4574     <tr>
4575       <td>
4576         <div align="center">
4577           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4578         </div>
4579       </td>
4580       <td>
4581         <ul>
4582           <li>Experimental support for google analytics usage
4583             tracking.</li>
4584           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4585         </ul>
4586       </td>
4587       <td>
4588         <ul>
4589           <li>Race condition in applet preventing startup in
4590             jre1.6.0u12+.</li>
4591           <li>Exception when feature created from selection beyond
4592             length of sequence.</li>
4593           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4594           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4595             all sequences with a given id</li>
4596           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4597             ID string searches</li>
4598           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4599             alignment to fail with exception</li>
4600         </ul> <em>Application Issues</em>
4601         <ul>
4602           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4603           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4604             data sources</li>
4605         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4606         <ul>
4607           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4608             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4609           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4610             version (java class versioning error fixed)</li>
4611         </ul>
4612       </td>
4613     </tr>
4614     <tr>
4615       <td>
4616
4617         <div align="center">
4618           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4619         </div>
4620       </td>
4621       <td><em>User Interface</em>
4622         <ul>
4623           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4624             translation and protein products</li>
4625           <li>Linked highlighting of structure associated with
4626             residue mapping to codon position</li>
4627           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4628             and 'clear' button</li>
4629           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4630             Tools menu</li>
4631           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4632             numeric data in description line</li>
4633           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4634           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4635             of sequence</li>
4636         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4637         <ul>
4638           <li>JPred3 web service</li>
4639           <li>Prototype sequence search client (no public services
4640             available yet)</li>
4641           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4642             PFAM</li>
4643           <li>URL Links created for matching database cross
4644             references as well as sequence ID</li>
4645           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4646         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4647         <ul>
4648           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4649             databases</li>
4650           <li>Generalised database reference retrieval and
4651             validation to all fetchable databases</li>
4652           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4653             sequence command</li>
4654         </ul> <em>Import and Export</em>
4655         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4656         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4657           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4658         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4659           File</li>
4660         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4661           triplet as name of colourscheme</li>
4662         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4663         <ul>
4664           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4665           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4666             alignments (experimental)</li>
4667           <li>Create new or select existing session to join</li>
4668           <li>load and save of vamsas documents</li>
4669         </ul> <em>Application command line</em>
4670         <ul>
4671           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4672             from applet)</li>
4673           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4674             of DAS servers to query for alignment features</li>
4675           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4676             that are also automatically queried for features</li>
4677           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4678             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4679         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4680         <ul>
4681           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4682             application (when using &quot;View in full
4683             application&quot;)</li>
4684         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4685         <ul>
4686           <li>feature group display control parameter</li>
4687           <li>debug parameter</li>
4688           <li>showbutton parameter</li>
4689         </ul> <em>Applet API methods</em>
4690         <ul>
4691           <li>newView public method</li>
4692           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4693           <li>Feature display control methods</li>
4694           <li>get list of currently selected sequences</li>
4695         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4696         <ul>
4697           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4698           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4699             Jalview release.</li>
4700           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4701             property controls execution of obfuscator</li>
4702           <li>Build target for generating source distribution</li>
4703           <li>Debug flag for javacc</li>
4704           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4705             jalview.bin.Cache</li>
4706           <li>Continuous Build Integration for stable and
4707             development version of Application, Applet and source
4708             distribution</li>
4709         </ul></td>
4710       <td>
4711         <ul>
4712           <li>selected region output includes visible annotations
4713             (for certain formats)</li>
4714           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4715             for editing</li>
4716           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4717           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4718           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4719           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4720             comments</li>
4721           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4722             filenames containing a ':'</li>
4723           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4724             global sequence features</li>
4725           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4726             references from alignment sequences goes to zero</li>
4727           <li>Close of tree branch colour box without colour
4728             selection causes cascading exceptions</li>
4729           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4730           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4731             file parsing fails.</li>
4732           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4733           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4734             not a valid output format</li>
4735           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4736             vamsas</li>
4737           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4738           <li>error messages passed up and output when data read
4739             fails</li>
4740           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4741             sequence is edited</li>
4742           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4743             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4744           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4745             filetype</li>
4746           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4747             import fixed for PFAM records</li>
4748           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4749             window list</li>
4750           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4751             can be read and written correctly to annotation file</li>
4752           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4753             correctly</li>
4754           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4755             non-italic font for representatives in Applet</li>
4756           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4757             Macs.</li>
4758           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4759             Applet)</li>
4760           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4761             due to null pointer exceptions</li>
4762           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4763             first column of alignment</li>
4764           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4765             July 2008</li>
4766           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4767             file is case-insensitive</li>
4768           <li>Sequence features read from Features file appended to
4769             all sequences with matching IDs</li>
4770           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4771             containing a sub-sequence</li>
4772           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4773           <li>feature and annotation file applet parameters
4774             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4775           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4776           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4777             splash-screen version check to complete</li>
4778           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4779             when passing them to the launchApp service</li>
4780           <li>display name and local features preserved in results
4781             retrieved from web service</li>
4782           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4783             sequence fetcher initialisation</li>
4784           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4785             dasobert DAS client</li>
4786           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4787             association</li>
4788           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4789             sequences
4790           </li>
4791         </ul>
4792       </td>
4793     </tr>
4794     <tr>
4795       <td>
4796         <div align="center">
4797           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4798         </div>
4799       </td>
4800       <td>
4801         <ul>
4802           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4803           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4804           <li>Slide sequences</li>
4805           <li>Edit sequence in place</li>
4806           <li>EMBL CDS features</li>
4807           <li>DAS Feature mapping</li>
4808           <li>Feature ordering</li>
4809           <li>Alignment Properties</li>
4810           <li>Annotation Scores</li>
4811           <li>Sort by scores</li>
4812           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4813         </ul>
4814       </td>
4815       <td>
4816         <ul>
4817           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4818           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4819           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4820           <li>Feature group display state in XML</li>
4821           <li>Feature ordering in XML</li>
4822           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4823           <li>Stockholm alignment properties</li>
4824           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4825           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4826           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4827           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4828         </ul>
4829       </td>
4830
4831     </tr>
4832     <tr>
4833       <td>
4834         <div align="center">
4835           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4836         </div>
4837       </td>
4838       <td>
4839         <ul>
4840           <li>Non standard characters can be read and displayed
4841           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4842             applet via textbox
4843           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4844             name &amp; description
4845           <li>Preference setting to display sequence name in
4846             italics
4847           <li>Annotation file format extended to allow
4848             Sequence_groups to be defined
4849           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4850             specified in preferences
4851           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4852             sequences
4853         </ul>
4854       </td>
4855       <td>
4856         <ul>
4857           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4858             installed
4859           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4860           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4861         </ul>
4862       </td>
4863     </tr>
4864     <tr>
4865       <td>
4866         <div align="center">
4867           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4868         </div>
4869       </td>
4870       <td>
4871         <ul>
4872           <li>Multiple views on alignment
4873           <li>Sequence feature editing
4874           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4875           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4876           <li>Background dependent text colour
4877           <li>Right align sequence ids
4878           <li>User-defined lower case residue colours
4879           <li>Format Menu
4880           <li>Select Menu
4881           <li>Menu item accelerator keys
4882           <li>Control-V pastes to current alignment
4883           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4884           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4885           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4886
4887           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4888         </ul>
4889       </td>
4890       <td>
4891         <ul>
4892           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4893           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4894             calculations
4895           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4896             edits
4897           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4898             of alignment)
4899           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4900
4901           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4902             display correctly
4903           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4904           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4905             analysis results
4906           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4907             &#8739;
4908           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4909           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4910           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4911
4912         </ul>
4913       </td>
4914     </tr>
4915     <tr>
4916       <td>
4917         <div align="center">
4918           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4919         </div>
4920       </td>
4921       <td>
4922         <ul>
4923           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4924         </ul>
4925       </td>
4926       <td>
4927         <ul>
4928           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4929             sequence id panel has been resized</li>
4930           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4931             rendered</li>
4932           <li>Annotation files with sequence references - all
4933             elements in file are relative to sequence position</li>
4934           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4935         </ul>
4936       </td>
4937     </tr>
4938     <tr>
4939       <td>
4940         <div align="center">
4941           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4942         </div>
4943       </td>
4944       <td>
4945         <ul>
4946           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4947           <li>DAS Feature fetching</li>
4948           <li>Hide sequences and columns</li>
4949           <li>Export Annotations and Features</li>
4950           <li>GFF file reading / writing</li>
4951           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4952             files</li>
4953           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4954           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4955           <li>Applet can launch the full application</li>
4956           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4957             required)</li>
4958           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4959           <li>Applet can load sequences from parameter
4960             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4961           </li>
4962         </ul>
4963       </td>
4964       <td>
4965         <ul>
4966           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4967           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4968           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4969         </ul>
4970       </td>
4971     </tr>
4972     <tr>
4973       <td>
4974         <div align="center">
4975           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4976         </div>
4977       </td>
4978       <td>
4979         <ul>
4980           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4981           <li>Choose to match case when searching</li>
4982           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4983             expand the visible width and height of the alignment</li>
4984         </ul>
4985       </td>
4986       <td>
4987         <ul>
4988           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4989         </ul>
4990       </td>
4991     </tr>
4992     <tr>
4993       <td>
4994         <div align="center">
4995           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4996         </div>
4997       </td>
4998       <td>&nbsp;</td>
4999       <td>
5000         <ul>
5001           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5002           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5003             value</li>
5004         </ul>
5005       </td>
5006     </tr>
5007     <tr>
5008       <td>
5009         <div align="center">
5010           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5011         </div>
5012       </td>
5013       <td>
5014         <ul>
5015           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5016           <li>Keyboard editing</li>
5017           <li>Create sequence features from searches</li>
5018           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5019             alignments</li>
5020           <li>Features file allows grouping of features</li>
5021           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5022           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5023           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5024         </ul>
5025       </td>
5026       <td>
5027         <ul>
5028           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5029           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5030             descriptions saved.</li>
5031         </ul>
5032       </td>
5033     </tr>
5034     <tr>
5035       <td>
5036         <div align="center">
5037           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5038         </div>
5039       </td>
5040       <td>
5041         <ul>
5042           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5043           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5044           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5045             name for file output</li>
5046           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5047           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5048             used for HTML form input</li>
5049         </ul>
5050       </td>
5051       <td>
5052         <ul>
5053           <li>HTML output writes groups and features</li>
5054           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5055           <li>File IO bugs</li>
5056         </ul>
5057       </td>
5058     </tr>
5059     <tr>
5060       <td>
5061         <div align="center">
5062           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5063         </div>
5064       </td>
5065       <td>
5066         <ul>
5067           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5068           <li>More options for PCA viewer</li>
5069         </ul>
5070       </td>
5071       <td>
5072         <ul>
5073           <li>GUI bugs resolved</li>
5074           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5075         </ul>
5076       </td>
5077     </tr>
5078     <tr>
5079       <td height="63">
5080         <div align="center">
5081           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5082         </div>
5083       </td>
5084       <td>
5085         <ul>
5086           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5087           <li>Jar files are executable</li>
5088           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5089         </ul>
5090       </td>
5091       <td>
5092         <ul>
5093           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5094           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5095           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5096         </ul>
5097       </td>
5098     </tr>
5099     <tr>
5100       <td>
5101         <div align="center">
5102           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5103         </div>
5104       </td>
5105       <td>
5106         <ul>
5107           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5108         </ul>
5109       </td>
5110       <td>
5111         <ul>
5112           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5113         </ul>
5114       </td>
5115     </tr>
5116     <tr>
5117       <td>
5118         <div align="center">
5119           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5120         </div>
5121       </td>
5122       <td>
5123         <ul>
5124           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5125             size</li>
5126         </ul>
5127       </td>
5128       <td>
5129         <ul>
5130           <li>Improved JPred client reliability</li>
5131           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5132         </ul>
5133       </td>
5134     </tr>
5135     <tr>
5136       <td>
5137         <div align="center">
5138           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5139         </div>
5140       </td>
5141       <td>
5142         <ul>
5143           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5144           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5145           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5146             to Colour Menu</li>
5147           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5148           <li>Unix users can set default web browser</li>
5149           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5150           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5151         </ul>
5152       </td>
5153       <td>
5154         <ul>
5155           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5156         </ul>
5157       </td>
5158     </tr>
5159     <tr>
5160       <td>
5161         <div align="center">
5162           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5163         </div>
5164       </td>
5165       <td>&nbsp;</td>
5166       <td>
5167         <ul>
5168           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5169             alignment order.</li>
5170         </ul>
5171       </td>
5172     </tr>
5173     <tr>
5174       <td>
5175         <div align="center">
5176           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5177         </div>
5178       </td>
5179       <td>
5180         <ul>
5181           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5182           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5183           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5184             annotations.</li>
5185           <li>Version and build date written to build properties
5186             file.</li>
5187           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5188             at launch of Jalview.</li>
5189         </ul>
5190       </td>
5191       <td>
5192         <ul>
5193           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5194           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5195           <li>Can remove groups one by one.</li>
5196           <li>Filechooser icons installed.</li>
5197           <li>Finder ignores return character when searching.
5198             Return key will initiate a search.<br>
5199           </li>
5200         </ul>
5201       </td>
5202     </tr>
5203     <tr>
5204       <td>
5205         <div align="center">
5206           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5207         </div>
5208       </td>
5209       <td>
5210         <ul>
5211           <li>New codebase</li>
5212         </ul>
5213       </td>
5214       <td>&nbsp;</td>
5215     </tr>
5216   </table>
5217   <p>&nbsp;</p>
5218 </body>
5219 </html>