help/help/html/webServices/JABAWS.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>The JABAWS system</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>The</strong> <strong><em>JA</em></strong>va <strong><em>B</em></strong>ioinformatics
  28     <strong><em>A</em></strong>nalysis <strong><em>W</em></strong>eb <strong><em>S</em></strong>ervices
  29     <strong>system</strong> (<strong>JABAWS</strong>)<br> Jalview
  30     includes a client for interacting with programmatic (SOAP) web
  31     services provided by the <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS</a>
  32     system, developed at the University of Dundee by Peter
  33     Troshin, Sasha Sherstnev, Dan Barton, Fabio Madeira-Marquez, Jim Procter and Geoff Barton.
  34     This is an open source system that provides a framework for wrapping command line bioinformatics
  35     analysis programs that enables them to be executed locally or on a
  36     cluster using data and analysis parameters provided by a program
  37     linked with the JABA engine directly or accessing it remotely <em>via</em>
  38     its web services interface.
  39   </p>
  40   <p>
  41     The list of JABAWS servers known to the Jalview desktop is shown in
  42     the <a href="webServicesPrefs.html">Web Services Preferences
  43       Panel</a>, and detailed information about a particular service is
  44     available from the help text and web pages accessible from its <a
  45       href="webServicesParams.html">job parameters dialog box</a>.
  46   </p>
  47   <p>
  48     <strong>Obtaining JABAWS</strong><br> One of the aims of JABAWS
  49     is to enable you to easily perform computationally intensive
  50     bioinformatics analysis tasks using your own computational
  51     facilities. It can be installed on a workstation to provide
  52     stand-alone execution of analysis programs, or as a job submission
  53     engine - enabling larger numbers of jobs to be handled. If you would
  54     like to download and install JABAWS for your own use, please go to <a
  55       href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws</a>
  56     for more information.
  57   </p>
  58   <p>
  59     <strong>Configuring your own JABAWS services for use by
  60       Jalview</strong><br> Once you have downloaded and installed JABAWS,
  61     and verified it is working, all that is needed is to add the URL for
  62     your JABAWS server(s) to the list in the <a
  63       href="webServicesPrefs.html">Web Services Preferences
  64       Panel</a>. After adding your service and saving your preferences or
  65     hitting the 'refresh web services' button, you should be able to
  66     submit jobs to the server via the alignment window's web services
  67     menu. Your JABAWS servers list is stored in your Jalview
  68     preferences, so you will only have to configure Jalview once for
  69     each new server.
  70   </p>
  71   <p>
  72     <em>JABAWS Client updated to version 2.2 in Jalview 2.10.2</em>
  73   </p>
  74   <p>
  75     <em>Option for adding JABAWS servers which fails validation was
  76       introduced from version 2.8.2 </em>
  77   </p>
  78   <p>
  79     <em>Support for accessing JABAWS servers was introduced in
  80       Jalview 2.6.</em>
  81   </p>
  82 </body>
  83 </html>