help/help/html/webServices/index.html

   1 <!--
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  -->
  21 <html>
  22 <head>
  23 <title>Web Services</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Web services</strong>
  28   </p>
  29
  30   <p>Jalview includes clients for a variety of web services for both
  31     bioinformatic data retrieval and analysis.
  32   <ul>
  33     <li>The <a href="../features/seqfetch.html">Sequence
  34         Fetcher</a> utilises web services for sequence, alignment and
  35       structure retrieval provided by the European Bioinformatics
  36       Institute (EBI) and Distributed Annotation System servers that are
  37       capable of serving sequences.
  38     </li>
  39                 <li>The <a href="dbreffetcher.html">Database Reference
  40                                 Fetcher</a> transfers database references and annotation from the public
  41                         sequence databases.
  42                 </li>
  43                 <li>The <strong>Web Services</strong> menu in each alignment
  44       window also provides access to the following:
  45       <ul>
  46         <li>Programs for <a href="msaclient.html">multiple
  47             sequence alignment</a>, made available <em>via</em> <a
  48           href="JABAWS.html">Java Bioinformatic Analysis
  49             Web Service (JABAWS)</a> servers.
  50         </li>
  51         <li>Jalview SOAP Web Services for <a href="jnet.html">secondary
  52             structure prediction</a> based at the University of Dundee.
  53         </li>
  54         <li>Services for alignment analysis, such as <a
  55           href="shmr.html">Multi-Harmony</a>.
  56       </ul>
  57       <p>
  58         <strong>Web Service Dialog Box</strong>
  59       </p> <img src="clwqueued.gif">
  60       <p>This dialog box is displayed when a web service job is
  61         submitted. It gives the name of the service and any method
  62         citation information, and monitors the progress of the
  63         calculation. The cancel button will permanently cancel the job,
  64         but this is only possible for some services.</p> The <a
  65       href="webServicesPrefs.html">Web Services Preference
  66         panel</a> controls the display and appearance of the submission and
  67       analysis services in the <strong>Web Services</strong> menu.
  68     </li>
  69     <li>If Jalview encounters problems accessing any services, it
  70       may display a <a href="webServicesPrefs.html#wswarnings">warning
  71         dialog box</a> (this can be turned off using the web services
  72       preferences tab).
  73     </li>
  74   </ul>
  75   </p>
  76   <p>
  77     <strong>More about Jalview's Web Services</strong> <br>
  78     Jalview's distributed computations utilise <a
  79       href="http://en.wikipedia.org/wiki/SOAP">SOAP</a> and <a
  80       href="http://en.wikipedia.org/wiki/Representational_State_Transfer">REST</a>
  81     web services exposing sequence alignment, analysis, and secondary
  82     structure prediction programs. Originally, Jalview 2's services were
  83     maintained by the Barton group at the University of Dundee, and ran
  84     programs on the Life Sciences High-performance Computing Cluster.
  85     With the advent of <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS</a>,
  86     however, it is possible for anyone to host Jalview web services.
  87   </p>
  88 </body>
  89 </html>