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   1 <html>
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>JPred Secondary Structure Prediction</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong>
  27   <p>
  28     Secondary structure prediction methods attempts to infer the likely
  29     secondary structure for a protein based on its amino acid
  30     composition and similarity to sequences with known secondary
  31     structure. The most recent version of the method, JPred4, employs a
  32     series of neural networks trained to predict different secondary
  33     structure types from a sequence profile, and when necessary, employs
  34     a jury network to identify the most likely secondary structure
  35     prediction.<br>
  36   <ul>
  37     <li>Drozdetskiy A, Cole C, Procter J & Barton GJ. (2015)<br />
  38       JPred4: a protein secondary structure prediction server<br /> <em>Nucleic
  39         Acids Research</em>, <strong>Web Server issue</strong> (first
  40       published 15th April 2015)<br /> <a
  41       href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv332">http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv332</a>
  42     </li>
  43     <li>Cole C., Barber J.D. and Barton G.J. (2008) The Jpred 3
  44       secondary structure prediction server <em>Nucleic Acids
  45         Research</em> <strong>36</strong> W197-W201
  46     </li>
  47     <li>Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced
  48       multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary
  49       structure prediction <em>Proteins</em> <strong>40</strong> 502-511
  50     </li>
  51   </ul>
  52   </p>
  53   The function available from the
  54   <strong>Web Service&#8594;Secondary Structure
  55     Prediction&#8594;JPred Secondary Structure Prediction</strong> menu does two
  56   different kinds of prediction, dependent upon the currently selected
  57   region:
  58   </p>
  59   <ul>
  60     <li>If nothing is selected, and the displayed sequences appear
  61       to be aligned, then a JPred prediction will be run for the first
  62       sequence in the alignment, using the current alignment. Otherwise
  63       the first sequence will be submitted for prediction.</li>
  64     <li>If just one sequence (or a region on one sequence) has been
  65       selected, it will be submitted to the automatic JPred prediction
  66       server for homolog detection and prediction.</li>
  67     <li>If a set of sequences are selected, and they appear to be
  68       aligned, then the alignment will be used for a JPred prediction on
  69       the <strong>first</strong> sequence selected in the set (that is,
  70       the one nearest the top of the alignment window).
  71     </li>
  72   </ul>
  73   <p>
  74     <strong>Note</strong>: JPred secondary structure prediction is a
  75     'non-column-separable' service - predictions are based on the
  76     sequence profile of contiguous stretches of amino-acid sequence. A
  77     prediction will only be made on the visible parts of a sequence (see
  78     <a href="../features/hiddenRegions.html">hiding columns</a>) as if
  79     it were a contiguous polypeptide chain. Prediction accuracy at the
  80     hidden column boundaries may therefore be less than indicated by
  81     JPred's own reliability score (see below).
  82   </p>
  83   <p>The result of a JPred prediction for a sequence is a new
  84     annotated alignment window:</p>
  85   <img src="jnetprediction.gif">
  86   <p>The sequence for which the prediction was made is the first one
  87     in the alignment. If a sequence based prediction was made then the
  88     remaining sequences in the alignment are the aligned parts of
  89     homologs which were used to construct a sequence profile for the
  90     prediction. If the prediction was made using a multiple alignment,
  91     then the original multiple alignment will be returned, annotated
  92     with the prediction.</p>
  93   The annotation bars below the alignment are as follows:
  94   </p>
  95   <ul>
  96     <li>Lupas_21, Lupas_14, Lupas_28<br> <em>Coiled-coil
  97         predictions for the sequence. These are binary predictions for
  98         each location.</em></li>
  99     <li>Jnet Burial<br> <em>Prediction of Solvent
 100         Accessibility. levels are
 101         <ul>
 102           <li>0 - Exposed</li>
 103           <li>3 - 25% or more S.A. accessible</li>
 104           <li>6 - 5% or more S.A. accessible</li>
 105           <li>9 - Buried (<5% exposed)</li>
 106         </ul></li>
 107     <li>JNetPRED<br> <em>The consensus prediction -
 108         helices are marked as red tubes, and sheets as dark green
 109         arrows.</em></li>
 110     <li>JNetCONF<br> <em>The confidence estimate for the
 111         prediction. High values mean high confidence. prediction -
 112         helices are marked as red tubes, and sheets as dark green
 113         arrows.</em></li>
 114     <li>JNetALIGN<br> <em>Alignment based prediction -
 115         helices are marked as red tubes, and sheets as dark green
 116         arrows.</em></li>
 117     <li>JNetHMM<br> <em>HMM profile based prediction -
 118         helices are marked as red tubes, and sheets as dark green
 119         arrows.</em></li>
 120     <li>JNETPSSM<br> <em>PSSM based prediction - helices
 121         are marked as red tubes, and sheets as dark green arrows.</em></li>
 122     <li>JNETJURY<br> <em>A '*' in this annotation
 123         indicates that the JNETJURY was invoked to rationalise
 124         significantly different primary predictions.</em></li>
 125   </ul>
 126   </p>
 127   <em>JPred annotation created in Jalview 2.8.2 and later versions
 128     can be displayed on other alignments via the <a
 129     href="../features/annotation.html#seqannots">Add reference
 130       annotation</a> Sequence ID popup menu option.
 131   </em>
 132   <em>As of Jalview 2.6, the JPred service accessed accessed via
 133     the 'Secondary structure prediction' submenu should be considered a
 134     legacy Jalview SOAP service, and will be replaced in the near future
 135     by a JPred4 Rest service.</em>
 136
 137 </body>
 138 </html>