help/help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Welcome to Jalview Version $$Version-Rel$$ !!</strong> <br />Please
  28     take a look at the <a href="releases.html#Jalview.$$Version-Rel$$">release
  29       notes</a> for this build. Read on for the highlights.
  30   </p>
  31   <p>
  32     <strong>Highlights in 2.11.2</strong>
  33   </p>
  34   <p>
  35     <strong>New features for working with 3D Structure</strong><br />
  36     Jalview 2.11.2 features a number of new capabilities described
  37     below.
  38   </p>
  39
  40   <p>
  41     <strong>View predicted protein structures via 3D-Beacons</strong> <br>
  42     Jalview 2.11.2's <a href="features/structurechooser.html">Structure
  43       Chooser includes a client for the 3D-Beacons Network</a>. Launched in
  44     2021, the 3D-Beacons network (<a
  45       href="https://www.ebi.ac.uk/pdbe/pdbe-kb/3dbeacons/">www.ebi.ac.uk/pdbe/pdbe-kb/3dbeacons/</a>)
  46     provides a central point for the retrieval of predicted and observed
  47     3D structures for sequences in Uniprot, including homology models
  48     from Swiss-model and deep learning based predictions from the EBI's
  49     Alphafold database (Orengo et al. 2020, <a
  50       href="https://doi.org/10.12688/f1000research.20559.1">doi:10.12688/f1000research.20559.1</a>).<br>
  51   </p>
  52
  53   <p>
  54     <strong>Support for viewing structures with ChimeraX and
  55       Pymol</strong><br> Jalview's 3D structure viewer system has been
  56     re-architected to allow easier integration of external structure
  57     viewers, and takes advantage of the strucViz2 Chimera communications
  58     library developed by Scooter Morris (<a
  59       href="https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm329">doi:10.1093/bioinformatics/btm329</a>).<br /> <br />
  60     The <a href="features/preferences.html#structure">Structures
  61       Preferences tab</a> provides new options allowing ChimeraX and
  62     Pymol to be used for visualising external 3D structures. Jalview
  63     2.11.2 has been tested with Pymol 2.5.0 (community) and 2.5.2
  64     (incentive). For ChimeraX, we recommend using v1.3 or later.<br />Views
  65     from all structure viewers are saved in Jalview Projects, allowing
  66     them to be shared with others using Jalview 2.11.2 or later,
  67     providing they have the same viewer installed and configured to be
  68     used with Jalview.
  69   </p>
  70   <p>Other highlights include:</p>
  71   <ul>
  72     <li><strong>Easier configuration of <a
  73         href="features/preferences.html#startup">Jalview's memory
  74           allocation</a></strong></li>
  75     <li>Import of annotated DNA and RNA loci via GenBank and EMBL
  76       style flatfile</li>
  77
  78
  79
  80
  81     <p>
  82       For the full release notes, see <a
  83         href="releases.html#Jalview.2.11.2.0">the Jalview 2.11.2.0
  84         release notes</a>.
  85     </p>
  86     <p>
  87       <strong>Known Issues</strong>
  88     </p>
  89     <p></p>
  90   </ul>
  91 </body>
  92 </html>