help/help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Welcome to Jalview Version $$Version-Rel$$ !!</strong>
  28     <br />Please take a
  29     look at the <a href="releases.html#Jalview.$$Version-Rel$$">release
  30       notes</a> for this build. Read on for the highlights.
  31   </p>
  32   <p>
  33     <strong>Highlights in 2.11.2</strong>
  34   </p>
  35   <p>
  36     <strong>New features for working with 3D Structure</strong><br />
  37     Jalview 2.11.2 features a number of new capabilities:
  38
  39   <ul>
  40     <li><strong>Linked viewing with <em>ChimeraX</em> and
  41         <em>PyMol</em></strong><br />Simply configure your preferred viewer for 3D
  42       molecular data in <a href="features/preferences.html#structure">Jalview's
  43         structure preferences</a>, make sure that Jalview can locate the
  44       viewer's installation, and open a new view via the 3D Structure
  45       Chooser!</li>
  46     <li><strong>View predicted protein structures via
  47         3D-Beacons</strong><br /> Jalview 2.11.2's <a
  48       href="features/structurechooser.html">Structure Chooser
  49         includes a client for the 3D-Beacons Network</a>, a new service that
  50       allows predicted and observed 3D models for proteins in Uniprot
  51       from a range of resources, including AlphaFold DB, SWISS-MODEL and
  52       a growing number of other resources.</li>
  53       <li><strong>Easier configuration of <a href="features/preferences.html#startup">Jalview's memory allocation</a></strong>
  54     <p>
  55       <strong>Retrieval of 3D models via 3D-Beacons</strong> <br>The
  56       3D-Beacons network (<a
  57         href="https://www.ebi.ac.uk/pdbe/pdbe-kb/3dbeacons/">www.ebi.ac.uk/pdbe/pdbe-kb/3dbeacons/</a>)
  58       provides a central point for the retrieval of predicted and
  59       observed 3D structures for sequences in Uniprot, including
  60       homology models from Swiss-model and deep learning based
  61       predictions from the EBI's Alphafold database (Orengo et al. 2020,
  62       <a href="https://doi.org/10.12688/f1000research.20559.1">doi:10.12688/f1000research.20559.1</a>).<br>
  63       See the <a href="features/structurechooser.html">Structure
  64         Chooser's documentation</a>.
  65     </p>
  66     <p>
  67       <strong>Support for viewing structures with ChimeraX and
  68         Pymol</strong><br> Jalview's 3D structure viewer system has been
  69       re-architected to allow easier integration of external structure
  70       viewers, and takes advantage of the strucViz2 Chimera
  71       communications library developed by Scooter Morris (<a
  72         href="https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm329">doi:10.1093/bioinformatics/btm329</a>).
  73         The Structures Preferences tab provides new options
  74       allowing ChimeraX and Pymol to be used for visualising external 3D
  75       structures. Jalview 2.11.2 has been tested with Pymol 2.5.0
  76       (community) and 2.5.2 (incentive). For ChimeraX, we recommend
  77       using v1.3 or later.
  78     </p>
  79     <p>
  80       For the full release notes, see <a
  81         href="releases.html#Jalview.2.11.2.0">the Jalview 2.11.2.0
  82         release notes</a>.
  83     </p>
  84     <p>
  85       <strong>Known Issues</strong>
  86     </p>
  87     <p></p>
  88   </ul>
  89 </body>
  90 </html>