help/help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Welcome to Jalview Version $$Version-Rel$$ !!</strong>
  28     <br />Please take a
  29     look at the <a href="releases.html#Jalview.$$Version-Rel$$">release
  30       notes</a> for this build. Read on for the highlights.
  31   </p>
  32   <p>
  33     <strong>Highlights in 2.11.2</strong>
  34   </p>
  35   <p><strong>New features for working with 3D Structure</strong><br/>
  36     Jalview 2.11.2 features a number of new capabilities:<ul><li><strong>Linked viewing with <em>ChimeraX</em> and <em>PyMol</em></strong><br/>Simply configure your prefered viewer for 3D molecular data in <a href="features/preferences.html#structure">Jalview's structure preferences</a>, make sure that Jalview can locate the viewer's installation, and open a new view via the 3D Structure Chooser!</li>
  37       <li><strong>View predicted protein structures via 3D-Beacons</strong><br/>
  38         Jalview 2.11.2's <a href="features/structurechooser.html">Structure Chooser includes a client for the 3D-Beacons Network</a>, a new service that allows predicted and observed 3D models for proteins in Uniprot from a range of resources, including AlphaFold DB, SWISS-MODEL and a growing number of other resources.
  39       </li>
  40   <p><strong>Retrieval
  41   </p>
  42   <p>
  43     For the full release notes, see <a
  44       href="releases.html#Jalview.2.11.1.4">the Jalview 2.11.1.4
  45       release notes</a>.
  46   </p>
  47   <p>
  48     <strong>Known Issues</strong>
  49   </p>
  50   <p>New known issues in this release affect recovery of CDS/Protein
  51     relationships from project files, and interactive selection of
  52     protein sequences from a tree built on linked nucleotide sequences.
  53     We will provide patches for these issues as soon as possible.</p>
  54   </ul>
  55 </body>
  56 </html>