help/help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Jalview 2.11.1</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview 2.11.1.0 is the first minor release for the 2.11 series.
  31     We've moved to a <em>four</em> number scheme to help you (and us!)
  32     keep track of patch and bug fix releases (which we used to denote
  33     with a 'b').
  34   </p>
  35   <p>
  36     See the <a href="releases.html#Jalview.2.11.1.0">2.11.1.0
  37       release notes</a> for full details of bugs fixed and new known issues.
  38   </p>
  39   <p>
  40     <strong>Jalview 2.11 - new installer and new capabilities</strong>
  41   </p>
  42   <p>Jalview 2.11 introduces support for loading VCF files, and new
  43     filters and shading models for sequence features. Under the hood,
  44     we've addressed many bugs, and also made some important changes in
  45     the way the Jalview desktop is installed and launched.</p>
  46   <ul>
  47     <li><strong>The Jalview Launcher and Update System</strong>.
  48       Jalview's new installation model means you'll only need to
  49       download and install Jalview once. After installation, Jalview
  50       will automatically keep itself up to date. The launcher also sets
  51       Jalview's memory automatically, so you'll never again have to
  52       manually configure Java's memory settings.<br />We are grateful
  53       to ej Technologies for providing a free open source project
  54       license for <a
  55       href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>,
  56       and also to <a
  57       href="https://en.wikipedia.org/wiki/Three_Rings_Design">Three
  58         Rings Design</a> for Jalview's new over the air update system: <a
  59       href="https://github.com/threerings/getdown">Getdown</a>.</li>
  60     <li><strong>VCF Support</strong>. Proteins and genomic contigs with
  61       chromosomal location annotation (such as protein coding genes
  62       retrieved from Ensembl) can be annotated with variants <a
  63       href="features/importvcf.html">imported from a local VCF file</a>.</li>
  64     <li><strong>Feature filters and attribute colourschemes</strong>. A new
  65       <a href="features/featureschemes.html">Feature Display
  66         Settings</a> dialog allows filters and feature attribute based
  67       colourschemes to be constructed, and a new <em>filters</em> column
  68       added to the <a href="features/featuresettings.html">Feature
  69         Settings</a> dialog. Jalview's sequence feature datamodel has also
  70       been further optimised, and is now maintained as a separate
  71       library <em>IntervalStoreJ</em> (available at https://github.com/bartongroup/IntervalStoreJ)</li>
  72     <li><strong>Alternative tables for CDS translation</strong>. The <a
  73       href="menus/alwcalculate.html">Translate as cDNA</a> option now
  74       offers alternative amino acid coding schemes.</li>
  75     <li><strong>PCA plots stored in Jalview Projects</strong>. The <a
  76       href="calculations/pca.html">PCA viewer</a> user interface has
  77       also been improved.</li>
  78     <li><strong>Backup files</strong>. Jalview will automatically
  79       create backups when overwriting existing files, and - unlike with
  80       earlier versions - should Jalview crash during a save, the original
  81       file will be unaffected. The <a
  82       href="features/preferences.html#backups">Backups tab</a> in
  83       Jalview's preferences dialog allows the number and format of
  84       backup filenames to be configured.</li>
  85   </ul>
  86   <p>
  87     The full list of bugs fixed in this release can be found in the <a
  88       href="releases.html#Jalview.2.11.0">2.11 Release Notes</a>.
  89   </p>
  90   <p>
  91     <strong>Jalview and Java 11, and onwards</strong>
  92   </p>
  93   <p>The Jalview application comes bundled with its own independent
  94     Java installation. Version 2.11.0 includes an AdoptOpenJDK Java 1.8
  95     runtime which will be kept up to date. A Java 11 based installation
  96     is available from the Jalview development pages.</p>
  97   <p>
  98     <em>Saying goodbye...</em><br>Long time Jalview users will notice
  99     that this release no longer features the
 100     <em>Vamsas</em> desktop menu, or a <em>Distributed
 101       Annotation System (DAS)</em> tab on the feature settings dialog.
 102     DAS is no longer supported by major bioinformatics databases, and we
 103     decided that it was no longer feasible to maintain either JDAS or
 104     the VAMSAS client library which rely on out-dated Java XML binding
 105     technologies.
 106   </p>
 107   <p>
 108     <em>Next up...</em><br /> Keep an eye on the Jalview web site for
 109     news about JalviewJS - the web based JavaScript implementation of
 110     Jalview. Whilst Jalview 2.11 has been in development, we have also
 111     been working with Prof. Bob Hanson (Jmol and JSmol) to enable
 112     Jalview to run as both a Java application and a JavaScript app in a
 113     web page. To find out more, open <em>http://www.jalview.org/jalview-js/</em>
 114     in Chrome or Firefox.
 115   </p>
 116 </body>
 117 </html>