help/help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Jalview 2.11.1</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview 2.11.1.0 is the first minor release for the 2.11 series.
  31     We've moved to a <em>four</em> number scheme to help you (and us!)
  32     keep track of patch and bug fix releases (which we used to denote
  33     with a 'b').
  34   </p>
  35   <ul>
  36     <li><strong><a href="features/importvcf.html#attribs">Standard
  37           attributes for filtering variants</a></strong> (e.g. position, QUAL field etc) a new feature suggested by
  38       a user at the Jalview booth during ISMB 2019.</li>
  39   </ul>
  40   <p>
  41     See the <a href="releases.html#Jalview.2.11.1.0">2.11.1.0
  42       release notes</a> for full details of bugs fixed and new known issues.
  43   </p>
  44   <p>
  45     <strong>Jalview 2.11 - new installer and new capabilities</strong>
  46   </p>
  47   <p>Jalview 2.11 introduces support for loading VCF files, and new
  48     filters and shading models for sequence features. Under the hood,
  49     we've addressed many bugs, and also made some important changes in
  50     the way the Jalview desktop is installed and launched.</p>
  51   <ul>
  52     <li><strong>The Jalview Launcher and Update System</strong>.
  53       Jalview's new installation model means you'll only need to
  54       download and install Jalview once. After installation, Jalview
  55       will automatically keep itself up to date. The launcher also sets
  56       Jalview's memory automatically, so you'll never again have to
  57       manually configure Java's memory settings.<br />We are grateful
  58       to ej Technologies for providing a free open source project
  59       license for <a
  60       href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>,
  61       and also to <a
  62       href="https://en.wikipedia.org/wiki/Three_Rings_Design">Three
  63         Rings Design</a> for Jalview's new over the air update system: <a
  64       href="https://github.com/threerings/getdown">Getdown</a>.</li>
  65     <li><strong>VCF Support</strong>. Proteins and genomic contigs with
  66       chromosomal location annotation (such as protein coding genes
  67       retrieved from Ensembl) can be annotated with variants <a
  68       href="features/importvcf.html">imported from a local VCF file</a>.</li>
  69     <li><strong>Feature filters and attribute colourschemes</strong>. A new
  70       <a href="features/featureschemes.html">Feature Display
  71         Settings</a> dialog allows filters and feature attribute based
  72       colourschemes to be constructed, and a new <em>filters</em> column
  73       added to the <a href="features/featuresettings.html">Feature
  74         Settings</a> dialog. Jalview's sequence feature datamodel has also
  75       been further optimised, and is now maintained as a separate
  76       library <em>IntervalStoreJ</em> (available at https://github.com/bartongroup/IntervalStoreJ)</li>
  77     <li><strong>Alternative tables for CDS translation</strong>. The <a
  78       href="menus/alwcalculate.html">Translate as cDNA</a> option now
  79       offers alternative amino acid coding schemes.</li>
  80     <li><strong>PCA plots stored in Jalview Projects</strong>. The <a
  81       href="calculations/pca.html">PCA viewer</a> user interface has
  82       also been improved.</li>
  83     <li><strong>Backup files</strong>. Jalview will automatically
  84       create backups when overwriting existing files, and - unlike with
  85       earlier versions - should Jalview crash during a save, the original
  86       file will be unaffected. The <a
  87       href="features/preferences.html#backups">Backups tab</a> in
  88       Jalview's preferences dialog allows the number and format of
  89       backup filenames to be configured.</li>
  90   </ul>
  91   <p>
  92     The full list of bugs fixed in this release can be found in the <a
  93       href="releases.html#Jalview.2.11.0">2.11 Release Notes</a>.
  94   </p>
  95   <p>
  96     <strong>Jalview and Java 11, and onwards</strong>
  97   </p>
  98   <p>The Jalview application comes bundled with its own independent
  99     Java installation. Version 2.11.0 includes an AdoptOpenJDK Java 1.8
 100     runtime which will be kept up to date. A Java 11 based installation
 101     is available from the Jalview development pages.</p>
 102   <p>
 103     <em>Saying goodbye...</em><br>Long time Jalview users will notice
 104     that this release no longer features the
 105     <em>Vamsas</em> desktop menu, or a <em>Distributed
 106       Annotation System (DAS)</em> tab on the feature settings dialog.
 107     DAS is no longer supported by major bioinformatics databases, and we
 108     decided that it was no longer feasible to maintain either JDAS or
 109     the VAMSAS client library which rely on out-dated Java XML binding
 110     technologies.
 111   </p>
 112   <p>
 113     <em>Next up...</em><br /> Keep an eye on the Jalview web site for
 114     news about JalviewJS - the web based JavaScript implementation of
 115     Jalview. Whilst Jalview 2.11 has been in development, we have also
 116     been working with Prof. Bob Hanson (Jmol and JSmol) to enable
 117     Jalview to run as both a Java application and a JavaScript app in a
 118     web page. To find out more, open <em>http://www.jalview.org/jalview-js/</em>
 119     in Chrome or Firefox.
 120   </p>
 121 </body>
 122 </html>