help/help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Jalview 2.11 - new installer and new capabilities</strong>
  28   </p>
  29   <p>Jalview 2.11 introduces support for loading VCF files, and new
  30     filters and shading models for sequence features. Under the hood,
  31     we've addressed many bugs, and also made some important changes in
  32     the way the Jalview desktop is installed and launched.</p>
  33   <ul>
  34     <li><strong>The Jalview Launcher and Update System</strong>.
  35       Jalview's new installation model means you'll only need to
  36       download and install Jalview once. After installation, Jalview
  37       will automatically keep itself up to date. The launcher also sets
  38       Jalview's memory automatically, so you'll never again have to
  39       manually configure Java's memory settings.<br />We are grateful
  40       to ej Technologies for providing a free open source project
  41       license for <a
  42       href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>,
  43       and also to <a
  44       href="https://en.wikipedia.org/wiki/Three_Rings_Design">Three
  45         Rings Design</a> for Jalview's new over the air update system: <a
  46       href="https://github.com/threerings/getdown">Getdown</a>.</li>
  47     <li><strong>VCF Support</strong>. Proteins and genomic contigs with
  48       chromosomal location annotation (such as protein coding genes
  49       retrieved from Ensembl) can be annotated with variants <a
  50       href="features/importvcf.html">imported from a local VCF file</a>.</li>
  51     <li><strong>Feature filters and attribute colourschemes</strong>. A new
  52       <a href="features/featureschemes.html">Feature Display
  53         Settings</a> dialog allows filters and feature attribute based
  54       colourschemes to be constructed, and a new <em>filters</em> column
  55       added to the <a href="features/featuresettings.html">Feature
  56         Settings</a> dialog. Jalview's sequence feature datamodel has also
  57       been further optimised, and is now maintained as a separate
  58       library <em>IntervalStoreJ</em> (available at https://github.com/bartongroup/IntervalStoreJ)</li>
  59     <li><strong>Alternative tables for CDS translation</strong>. The <a
  60       href="menus/alwcalculate.html">Translate as cDNA</a> option now
  61       offers alternative amino acid coding schemes.</li>
  62     <li><strong>PCA plots stored in Jalview Projects</strong>. The <a
  63       href="calculations/pca.html">PCA viewer</a> user interface has
  64       also been improved.</li>
  65     <li><strong>Backup files</strong>. Jalview will automatically
  66       create backups when overwriting existing files, and - unlike with
  67       earlier versions - should Jalview crash during a save, the original
  68       file will be unaffected. The <a
  69       href="features/preferences.html#backups">Backups tab</a> in
  70       Jalview's preferences dialog allows the number and format of
  71       backup filenames to be configured.</li>
  72   </ul>
  73   <p>
  74     The full list of bugs fixed in this release can be found in the <a
  75       href="releases.html#Jalview.2.11.0">2.11 Release Notes</a>.
  76   </p>
  77   <p>
  78     <strong>Jalview and Java 11, and onwards</strong>
  79   </p>
  80   <p>The Jalview application comes bundled with its own independent
  81     Java installation. Version 2.11.0 includes an AdoptOpenJDK Java 1.8
  82     runtime which will be kept up to date. A Java 11 based installation
  83     is available from the Jalview development pages.</p>
  84   <p>
  85     <em>Saying goodbye...</em><br>Long time Jalview users will notice
  86     that this release no longer features the
  87     <em>Vamsas</em> desktop menu, or a <em>Distributed
  88       Annotation System (DAS)</em> tab on the feature settings dialog.
  89     DAS is no longer supported by major bioinformatics databases, and we
  90     decided that it was no longer feasible to maintain either JDAS or
  91     the VAMSAS client library which rely on out-dated Java XML binding
  92     technologies.
  93   </p>
  94   <p>
  95     <em>Next up...</em><br /> Keep an eye on the Jalview web site for
  96     news about JalviewJS - the web based JavaScript implementation of
  97     Jalview. Whilst Jalview 2.11 has been in development, we have also
  98     been working with Prof. Bob Hanson (Jmol and JSmol) to enable
  99     Jalview to run as both a Java application and a JavaScript app in a
 100     web page. To find out more, open <em>http://www.jalview.org/jalview-js/</em>
 101     in Chrome or Firefox.
 102   </p>
 103 </body>
 104 </html>