help/html/calculations/consensus.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head><title>Alignment Consensus Annotation</title></head>
  20 <body>
  21 <p><strong>Alignment Consensus Annotation</strong></p>
  22 <p>The consensus displayed below the alignment is the percentage of the modal
  23   residue per column. By default this calculation takes includes gaps in column.
  24   You can choose to ignore gaps in the calculation by right clicking on the label
  25   &quot;Consensus&quot; to the left of the consensus bar chart.
  26 <p>If the modal value is shared by more than 1 residue, a &quot;+&quot; symbol
  27   is used in the display for the simple reason that it is not possible to display
  28   multiple characters in a single character space.
  29 <p><strong>Copying the consensus sequence</strong></p>
  30 <p>Select the <strong>&quot;Copy Consensus Sequence&quot;</strong> entry from
  31 the consensus annotation label to copy the alignment's consensus sequence to the
  32 clipboard.
  33
  34 <p><strong>Sequence logo</strong></p>
  35 By clicking on the label you can also activate the sequence logo. It
  36 indicates the relative amount of residues per column which can be
  37 estimated by it's size in the logo. The tooltip of a column gives the
  38 exact numbers for all occuring residues.
  39 </p>
  40 </body>
  41 </html>