help/html/calculations/conservation.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head><title>Alignment Conservation Annotation</title></head>
  20 <body><p><strong>Alignment Conservation Annotation</strong></p>
  21 <p>This is an automatically calculated quantitative alignment
  22 annotation which measures the number of conserved physico-chemical
  23 properties conserved for each column of the alignment. Its calculation
  24 is based on the one used in
  25   the AMAS method of multiple sequence alignment analysis :<br>
  26 <ul>Livingstone
  27   C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence Alignments: A Strategy
  28   for the Hierarchical Analysis of Residue Conservation.<em>CABIOS</em> Vol. <b>9</b>
  29   No. 6 (745-756)).
  30 </ul>
  31 </p>
  32 <p>Conservation is measured as a numerical index reflecting the conservation of
  33   <a href="../misc/aaproperties.html">physico-chemical
  34   properties</a> in the alignment: Identities score highest, and the next most
  35   conserved group contain substitutions to amino acids lying in the same physico-chemical
  36   class.</p>
  37
  38 <p><em>Colouring an alignment by conservation</em><br>
  39 Conservation scores can be used to colour an alignment.  This is
  40 explained further in the help page for <a
  41 href="../colourSchemes/conservation.html">conservation colouring</a>.
  42 </p>
  43 </body>
  44 </html>