help/html/calculations/conservation.html

   1 <html>\r
   2 <body>\r
   3 <p><strong>Conservation Calculation</strong></p>\r
   4 <p>This option is based on the AMAS method of multiple sequence alignment analysis \r
   5   (Livingstone C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence Alignments: A Strategy \r
   6   for the Hierarchical Analysis of Residue Conservation.CABIOS Vol. 9 No. 6 (745-756)). \r
   7   <br>\r
   8   Hierarchical analysis is based on each residue having certain physico-chemical \r
   9   properties. </p>\r
  10 <p>The alignment can first be divided into groups. This is best done by first \r
  11   creating an average distance tree (Calculate-&gt;Average distance tree). Selecting \r
  12   a position on the tree will cluster the sequences into groups depending on the \r
  13   position selected. Each group is coloured a different colour which is used for \r
  14   both the ids in the tree and alignment windows and the sequences themselves. \r
  15   If a PCA window is visible a visual comparison can be made between the clustering \r
  16   based on the tree and the PCA. </p>\r
  17 <p>The grouping by tree may not be satisfactory and the user may want to edit \r
  18   the groups to put any outliers together. </p>\r
  19 <p>The existing colour scheme is modified so that the most conserved columns in \r
  20   each group have the most intense colours and the least conserved are the palest</p>\r
  21 <p>The conservation analysis is done on each sequence group. This highlights differences \r
  22   and similarities in conserved residue properties between groups. </p>\r
  23 <p></p>\r
  24 </body>\r
  25 </html>\r