help/html/calculations/pairwise.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head><title>Pairwise Alignment</title></head>
  37 <body>
  38 <p><strong>Pairwise alignment (Proteins only)</strong></p>
  39 <p>This calculation is performed on the selected sequences only. Java is not the
  40   fastest language in the world and aligning more than a handful of sequences
  41   will take a fair amount of time. <br>
  42   For each pair of sequences the best global alignment is found using BLOSUM62
  43   as the scoring matrix. The scores reported are the raw scores. The sequences
  44   are aligned using a dynamic programming technique and using the following gap
  45   penalties : </p>
  46 <p>Gap open : 12 <br>
  47   Gap extend : 2 </p>
  48 <p>When you select the pairwise alignment option a new window will come up which
  49   will display the alignments in a text format as they are calculated. Also displayed
  50   is information about the alignment such as alignment score, length and percentage
  51   identity between the sequences.</p>
  52 <p>&nbsp; </p>
  53 </body>
  54 </html>