help/html/calculations/pairwise.html

   1 <html>\r
   2 <body>\r
   3 <p><strong>Pairwise alignment (Proteins only)</strong></p>\r
   4 <p>This calculation is performed on the selected sequences only. Java is not the \r
   5   fastest language in the world and aligning more than a handful of sequences \r
   6   will take a fair amount of time. <br>\r
   7   For each pair of sequences the best global alignment is found using BLOSUM62 \r
   8   as the scoring matrix. The scores reported are the raw scores. The sequences \r
   9   are aligned using a dynamic programming technique and using the following gap \r
  10   penalties : </p>\r
  11 <p>Gap open : 12 <br>\r
  12   Gap extend : 2 </p>\r
  13 <p>When you select the pairwise alignment option a new window will come up which \r
  14   will display the alignments in a text format as they are calculated. Also displayed \r
  15   is information about the alignment such as alignment score, length and percentage \r
  16   identity between the sequences.</p>\r
  17 <p>&nbsp; </p>\r
  18 </body>\r
  19 </html>\r