JAL-2089 patch broken merge to master for Release 2.10.0b1
[jalview.git] / help / html / calculations / quality.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Alignment Quality Annotation</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Alignment Quality Annotation</strong>
28   </p>
29   <p>Alignment Quality is one of the automatically calculated
30     quantitative alignment annotations displayed below the columns of a
31     multiple sequence alignment (and can be used to shade the
32     alignment). It is an ad-hoc measure of the likelihood of observing
33     the mutations (if any) in a particular column of the alignment.</p>
34   <p>More precisely, the quality score is inversely proportional to
35     the average cost of all pairs of mutations observed in a particular
36     column of the alignment - a high alignment quality score for a
37     column would suggest that there are no mutations, or most mutations
38     observed are favourable.</p>
39
40   <p>
41     <em>The Algorithm</em><br> The quality score is calculated for
42     each column in an alignment by summing, for all mutations, the ratio
43     of the two BLOSUM 62 scores for a mutation pair and each residue's
44     conserved BLOSUM62 score (which is higher). This value is normalised
45     for each column, and then plotted on a scale from 0 to 1.
46   </p>
47   <p>Multiple alignment algorithms using the BLOSUM 62 substitution
48     matrices should, in theory, maximise alignment quality for an
49     un-gapped alignment, and locally maximise quality for gapped
50     alignments.</p>
51 </body>
52 </html>