JAL-1683 replace year/version strings with tokens in source
[jalview.git] / help / html / calculations / quality.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head><title>Alignment Quality Annotation</title></head>
23 <body>
24 <p><strong>Alignment Quality Annotation</strong></p>
25 <p>Alignment Quality is one of the automatically calculated
26 quantitative alignment
27 annotations displayed below the columns of a multiple sequence
28 alignment (and can be used to shade the alignment). It is an ad-hoc
29 measure of the likelihood of observing the mutations (if any) in a
30 particular column of the alignment.</p>
31 <p>
32 More precisely, the quality score is inversely proportional to the
33 average cost of all pairs of mutations observed in a particular column
34 of the alignment - a high alignment quality score for a column would
35 suggest that there are no mutations, or most mutations observed are
36 favourable.
37 </p>
38
39 <p><em>The Algorithm</em><br>
40 The quality score is calculated for each column in an alignment by
41 summing, for all mutations, the ratio of the two BLOSUM 62 scores for
42 a mutation pair and each residue's conserved BLOSUM62 score (which
43 is higher). This value is normalised for each column, and then plotted
44 on a scale from 0 to 1.
45 </p>
46 <p>
47 Multiple alignment algorithms using the BLOSUM 62 substition matrices
48 should, in theory, maximise alignment quality for an un-gapped
49 alignment, and locally maximise quality for gapped alignments.
50 </p>
51 </body>
52 </html>