help/html/calculations/quality.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head><title>Alignment Quality Annotation</title></head>
  20 <body>
  21 <p><strong>Alignment Quality Annotation</strong></p>
  22 <p>Alignment Quality is one of the automatically calculated
  23 quantitative alignment
  24 annotations displayed below the columns of a multiple sequence
  25 alignment (and can be used to shade the alignment). It is an ad-hoc
  26 measure of the likelihood of observing the mutations (if any) in a
  27 particular column of the alignment.</p>
  28 <p>
  29 More precisely, the quality score is inversely proportional to the
  30 average cost of all pairs of mutations oberved in a particular column
  31 of the alignment - a high alignment quality score for a column would
  32 suggest that there are no mutations, or most mutations observed are
  33 favourable.
  34 </p>
  35
  36 <p><em>The Algorithm</em><br>
  37 The quality score is calculated for each column in an alignment by
  38 summing, for all mutations, the ratio of the two BLOSUM 62 scores for
  39 a mutation pair and each residue's conservered BLOSUM62 score (which
  40 is higher). This valueis normalised for each column, and then plotted
  41 on a scale from 0 to 1.
  42 </p>
  43 <p>
  44 Multiple alignment algorithms using the BLOSUM 62 substition matrices
  45 should, in theory, maximise alignment quality for an un-gapped
  46 alignment, and locally maximise quality for gapped alignments.
  47 </p>
  48 </body>
  49 </html>