help/html/calculations/redundancy.html

   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Removing Redundancy</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>Removing redundancy</strong></p>
  24 <p>Selecting the option in the Alignment window's <strong>Edit</strong>
  25 menu or pressing <strong>'CONTROL+D'</strong> brings up a dialog box
  26 asking you to select a threshold. If the percentage identity between the
  27 aligned positions of any two sequences in the visible alignment exceeds
  28 this value, the shorter sequence is discarded.<br><em>Note:</em> The redundancy
  29 calculation is done when the dialog box is opened. For large numbers
  30 of sequences this can take a long time as all pairs have to be compared.
  31 </p>
  32 </body>
  33 </html>