help/html/calculations/redundancy.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Removing Redundancy</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Removing redundancy</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Selecting the option in the Alignment window's <strong>Edit</strong>
  31     menu or pressing <strong>'CONTROL+D'</strong> brings up a dialog box
  32     asking you to select a threshold. If the percentage identity between
  33     the aligned positions of any two sequences in the visible alignment
  34     exceeds this value, the shorter sequence is discarded.<br>
  35     <em>Note:</em> The redundancy calculation is done when the dialog
  36     box is opened. For large numbers of sequences this can take a long
  37     time as all pairs have to be compared.
  38   </p>
  39 </body>
  40 </html>