help/html/calculations/redundancy.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Removing Redundancy</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Removing redundancy</strong></p>\r
   5 <p>Selecting this option brings up a window asking you to select a threshold.\r
   6   If the percentage identity between two sequences (based on the\r
   7   current alignment) exceeds this value one of the\r
   8   sequences (the shorter) is discarded. The redundancy calculation is done when\r
   9   the Apply button is pressed, and the undo button recovers the\r
  10   original set or any previously calculated subset. The detection of\r
  11   redundant sequences involves a pairwise comparison of all the\r
  12   sequences, so you may have to wait a few moments when applying this to\r
  13   large sequence sets.</p>\r
  14 </body>\r
  15 </html>\r