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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Reference Sequences</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Reference Sequence Alignment Views</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     The reference sequence for an alignment is indicated by its ID being
  31     shown in bold. When a reference sequence has been defined, the <strong>Format&#8594;Show
  32       unconserved</strong> option highlights mutations with respect to the
  33     reference sequence, rather than the alignment's consensus sequence.
  34   </p>
  35   <p>
  36   <ul>
  37     <li>Jalview automatically assigns a reference sequence when <a
  38       href="../webServices/jnet.html"
  39     >JPred4</a> predictions are imported.
  40     </li>
  41     <li><strong>Assigning a reference sequence</strong><br /> A
  42       sequence can be marked as the reference sequence by right-clicking
  43       on it's ID to open the popup menu, and selecting the "<strong>(Sequence
  44         ID)&#8594;Mark as Reference</strong>" entry."</li>
  45   </ul>
  46   <p>
  47     <em>Reference sequence based alignment visualisation was
  48       introduced in Jalview 2.9.</em>
  49   </p>
  50 </html>