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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Reference Sequences</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Reference Sequence Alignment Views</strong>
  28   </p>
  29   <p>Many alignment analysis tasks concern a query, or reference
  30     sequence. For instance, when searching for sequences from other
  31     organisms that are similar to a newly sequenced gene, or when
  32     searching for structurally similar sequences for use in homology
  33     modelling.</p>
  34 <p>
  35     <strong>What happens when a reference sequence is defined ?</strong>
  36   </p>
  37   <p>
  38     The reference sequence for an alignment is indicated by its ID being
  39     shown in bold. In addition:</p>
  40   <ul>
  41     <li><strong>Reference sequence numbering</strong>. Instead of
  42       column numbers, the alignment ruler shows the reference sequence
  43       positions at each column. At each tick mark, either the reference
  44       sequence symbol and position is given, or the column number when a
  45       gap is present at that position in the reference sequence.</li>
  46     <li><strong>Format&#8594;Show unconserved</strong> highlights
  47       mutations with respect to the reference sequence, rather than the
  48       alignment's consensus sequence.</li>
  49   </ul>
  50   <p>
  51     <strong>Defining the reference sequence</strong>
  52   </p>
  53   <p>Each alignment view can have its own reference sequence.</p>
  54   <ul>
  55     <li><strong>Manually assigning a reference sequence</strong><br />
  56       A sequence can be marked as the reference sequence by
  57       right-clicking on its ID to open the popup menu, and selecting the
  58       "<strong>(Sequence ID)&#8594;Mark as Reference</strong>" entry.</li>
  59     <li><strong>Defining a reference when importing
  60         annotation</strong><br />Jalview automatically assigns a reference
  61       sequence when importing analysis results, such as those returned
  62       from <a href="../webServices/jnet.html">JPred4</a> . A reference
  63       sequence can also be assigned via the <a
  64       href="../features/annotationsFormat.html#refsandviews">SET_REF</a> command in
  65       an alignment annotation file.</li>
  66   </ul>
  67   <p>
  68     <em>Reference sequence based alignment visualisation was
  69       introduced in Jalview 2.9, and support for storage and retrieval
  70       of reference sequence views in 2.10.</em>
  71   </p>
  72 </html>