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   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sorting Sequences</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Sorting Sequences</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Any group of selected sequences may be reordered by pressing the up
  31     or down arrow keys. The whole alignment may also be reordered by the
  32     use of the functions in the Sort menu (<strong>Calculate&#8594;Sort</strong>):
  33   </p>
  34   <ul>
  35     <li><p>
  36         <strong>Sort by ID</strong>
  37       </p>
  38       <p>Orders the sequences by the alphanumeric (0-9A-Za-z)
  39         precedence of their names.</p>
  40       <p></li>
  41     <li><p>
  42         <strong>Sort by Group</strong>
  43       </p>
  44       <p>Places sequences in the same group adjacent to each other.</p>
  45       <p></li>
  46     <li><p>
  47         <strong>Sort by Pairwise Identity</strong>
  48       </p>
  49       <p>Places pairs of sequences together that align with the
  50         greatest fraction of conserved residues.</p>
  51       <p></li>
  52     <li><p>
  53         <strong>Sort by Tree Order</strong>
  54       </p>
  55       <p>
  56         The leaf ordering of a particular phylogenetic tree is used to
  57         order the sequences corresponding to those leaves in the
  58         alignment.<br> If a tree has been calculated from or
  59         associated with the current alignment, its name will appear in
  60         the submenu <strong>Sort&#8594;By Tree Order</strong>.
  61       </p>
  62       <p></li>
  63     <li><p>
  64         <strong>Sort by alignment ordering</strong>
  65       </p>
  66       <p>
  67         Multiple alignment methods often order the sequences in their
  68         alignments by some measure of sequence identity.<br> If the
  69         current alignment has been generated by one of Jalview's
  70         alignment web services, the alignment ordering can be recovered
  71         by its corresponding entry in the Sort menu.
  72       </p></li>
  73     <li><p>
  74         <strong>Sort by Score</strong>
  75       </p>
  76       <p>
  77         This menu appears if the alignment contains any <a
  78           href="../features/annotationsFormat.html"
  79         >sequence associated alignment annotation</a> with associated
  80         score values. Each entry is the label for a distinct group of
  81         sequence associated annotation scores which can be used for
  82         sorting.
  83       </p>
  84   </ul>
  85   <p>
  86     <strong>Reversing the Order</strong>
  87   </p>
  88   <p>Selecting any item from the Sort menu will sort sequences in an
  89     ascending order according to the property defining the sort. If the
  90     same sort is re-applied, the sequences will be sorted in the inverse
  91     order. In the case of trees and alignment orderings, Jalview will
  92     remember your last choice for sorting the alignment and only apply
  93     the inverse ordering if you select the same tree or alignment
  94     ordering item again.</p>
  95
  96 </body>
  97 </html>