help/html/calculations/sorting.html

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   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  18 <html>
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  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  23  * This file is part of Jalview.
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  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  36 <head>
  37 <title>Sorting Sequences</title>
  38 </head>
  39 <body>
  40 <p><strong>Sorting Sequences</strong></p>
  41 <p>Any group of selected sequences may be reordered by pressing the
  42 up or down arrow keys. The whole alignment may also be reordered by
  43 the use of the functions in the Sort menu (<strong>Calculate&#8594;Sort</strong>):
  44 </p>
  45 <ul>
  46 <li><p><strong>Sort by ID</strong></p>
  47 <p>Orders the sequences by the alphanumeric (0-9A-Za-z)
  48 precedence of their names.</p><p>
  49 </li>
  50 <li><p><strong>Sort by Group</strong></p>
  51 <p>Places sequences in the same group adjacent to each other.</p><p>
  52 </li>
  53 <li><p><strong>Sort by Pairwise Identity</strong></p>
  54 <p>Places pairs of sequences together that align with the greatest
  55 fraction of conserved residues.
  56 </p><p>
  57 </li>
  58 <li><p><strong>Sort by Tree Order</strong></p>
  59 <p>The leaf ordering of a particular phylogenetic tree is used to
  60 order the sequences corresponding to those leaves in the
  61 alignment.<br>
  62 If a tree has been calculated from or associated with the current
  63 alignment, its name will appear in the submenu <strong>Sort&#8594;By Tree Order</strong>.</p><p>
  64 </li>
  65 <li><p><strong>Sort by alignment ordering</strong></p>
  66 <p>Multiple alignment methods often order the sequences in their
  67 alignments by some measure of sequence identity.<br>
  68 If the current alignment has been generated by one of Jalview's
  69 alignment web services, the alignment ordering can be recovered by
  70 its corresponding entry in the Sort menu.
  71 </p>
  72 </li>
  73 <li><p><strong>Sort by Score</strong></p>
  74 <p>This menu appears if the alignment contains any <a href="../features/annotationsFormat.html">sequence associated
  75 alignment annotation</a> with associated score values. Each entry is the
  76 label for a distinct group of sequence associated annotation
  77 scores which can be used for sorting.</p>
  78 </ul>
  79 <p><strong>Reversing the Order</strong></p>
  80 <p>Selecting any item from the Sort menu will sort sequences in an
  81 ascending order according to the property defining the sort. If the
  82 same sort is re-applied, the sequences will be sorted in the inverse
  83 order. In the case of trees and alignment orderings, Jalview will
  84 remember your last choice for sorting the alignment and only apply the
  85 inverse ordering if you select the same tree or alignment ordering
  86 item again.</p>
  87
  88 </body>
  89 </html>