help/html/calculations/sorting.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Sorting Sequences</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Sorting Sequences</strong></p>
   7 <p>Any group of selected sequences may be reordered by pressing the
   8 up or down arrow keys. The whole alignment may also be reordered by
   9 the use of the functions in the Sort menu (Calculate->Sort):
  10 </p>
  11 <ul>
  12 <li><strong>Sort by ID</strong>
  13 <p>Orders the sequences by the alphanumeric (0-9A-Za-z)
  14 precedence of their names.</p>
  15 </li>
  16 <li><strong>Sort by Group</string>
  17 <p>Places sequences in the same group adjacent to eachother.</p>
  18 </li>
  19 <li><strong>Sort by Pairwise Identity</strong>
  20 <p>Places pairs of sequences together that align with the greatest
  21 fraction of conserved residues.
  22 </p>
  23 </li><strong>Sort by Tree Order</strong>
  24 <p>The leaf ordering of a particular phylogenetic tree is used to
  25 order the sequences corresponding to those leaves in the
  26 alignment.<br>
  27 If a tree has been calculated from or associated with the current
  28 alignment, its name will appear in the submenu 'Sort->By Tree Order->'.<p>
  29 </li>
  30 <li><strong>Sort by alignment ordering</strong>
  31 <p>Multiple alignment methods often order the sequences in their
  32 alignments by some measure of sequence identity.<br>
  33 If the current alignment has been generated by one of the Jalview
  34 alignment web services, the alignment ordering can be recovered by
  35 its corresponding entry in the 'Sort->By ..' menu.
  36 </p>
  37 </li>
  38 </ul>
  39
  40 </body>
  41 </html>