help/html/calculations/structureconsensus.html

   1 <html>
   2 <!--
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  19 -->
  20 <head><title>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</title></head>
  21 <body><p><strong>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</strong></p>
  22
  23 <p>The RNA structure consensus displayed below the alignment is the
  24 percentage of valid base pairs per column. It is calculated in
  25 relation to a secondary structure and just paired columns are
  26 calculated. The canonical Watson-Crick base pairings (A-T/U, G-C) and
  27 the wobble base pair (G-T/U) are regarded as valid pairings.<br>
  28 The amount of valid base pairs is indicated by the profile in the
  29 Alignment Annotation row.<br>
  30 By default this calculation includes gaps in columns. You can choose
  31 to ignore gaps in the calculation by right clicking on the label
  32 &quot;StrConsensus&quot; to the left of the structure consensus bar
  33 chart.<br>
  34
  35 <p><strong>Structure logo</strong></p>
  36 By clicking on the label you can also activate the structure logo. It is very
  37 similar to a sequence logo but counts the numbers of base pairs. There
  38 are two residues per column, the actual column and the interacting
  39 base. The opening bracket is always the one on the left side.<br>
  40 Like sequence logos the relative amount of a specific base pair can be
  41 estimated by it's size in the logo. The tool tip of a column gives the
  42 exact numbers for all occurring valid base pairs.
  43 </p>
  44 </body>
  45 </html>