help/html/calculations/structureconsensus.html

   1 <html>
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  22 <head><title>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</title></head>
  23 <body><p><strong>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</strong></p>
  24
  25 <p>The RNA structure consensus displayed below the alignment is the
  26 percentage of valid base pairs per column. It is calculated in
  27 relation to a secondary structure and just paired columns are
  28 calculated. The canonical Watson-Crick base pairings (A-T/U, G-C) and
  29 the wobble base pair (G-T/U) are regarded as valid pairings.<br>
  30 The amount of valid base pairs is indicated by the profile in the
  31 Alignment Annotation row.<br>
  32 By default this calculation includes gaps in columns. You can choose
  33 to ignore gaps in the calculation by right clicking on the label
  34 &quot;StrConsensus&quot; to the left of the structure consensus bar
  35 chart.<br>
  36
  37 <p><strong>Structure logo</strong></p>
  38 By clicking on the label you can also activate the structure logo. It is very
  39 similar to a sequence logo but counts the numbers of base pairs. There
  40 are two residues per column, the actual column and the interacting
  41 base. The opening bracket is always the one on the left side.<br>
  42 Like sequence logos the relative amount of a specific base pair can be
  43 estimated by its size in the logo. The tool tip of a column gives the
  44 exact numbers for all occurring valid base pairs.
  45 </p>
  46 </body>
  47 </html>