help/html/calculations/structureconsensus.html

   1 <html>
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</strong>
  28   </p>
  29
  30   <p>
  31     The RNA structure consensus displayed below the alignment is the
  32     percentage of valid base pairs per column. It is calculated in
  33     relation to a secondary structure and just paired columns are
  34     calculated. The canonical Watson-Crick base pairings (A-T/U, G-C)
  35     and the wobble base pair (G-T/U) are regarded as valid pairings.<br>
  36     The amount of valid base pairs is indicated by the profile in the
  37     Alignment Annotation row.<br> By default this calculation
  38     includes gaps in columns. You can choose to ignore gaps in the
  39     calculation by right clicking on the label &quot;StrConsensus&quot;
  40     to the left of the structure consensus bar chart.<br>
  41   <p>
  42     <strong>Structure logo</strong>
  43   </p>
  44   By clicking on the label you can also activate the structure logo. It
  45   is very similar to a sequence logo but counts the numbers of base
  46   pairs. There are two residues per column, the actual column and the
  47   interacting base. The opening bracket is always the one on the left
  48   side.
  49   <br> Like sequence logos the relative amount of a specific base
  50   pair can be estimated by its size in the logo. The tool tip of a
  51   column gives the exact numbers for all occurring valid base pairs.
  52   </p>
  53 </body>
  54 </html>