help/html/calculations/structureconsensus.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head><title>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</title></head>
  20 <body><p><strong>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</strong></p>
  21
  22 <p>The RNA structure consensus displayed below the alignment is the
  23 percentage of valid base pairs per column. It is calculated in
  24 relation to a secondary structure and just paired columns are
  25 calculated. The canonical Watson-Crick base pairings (A-T/U, G-C) and
  26 the wobble base pair (G-T/U) are regarded as valid pairings.<br>
  27 The amount of valid base pairs is indicated by the profile in the
  28 Alignment Annotation row.<br>
  29 By default this calculation includes gaps in columns. You can choose
  30 to ignore gaps in the calculation by right clicking on the label
  31 &quot;StrConsensus&quot; to the left of the structure consensus bar
  32 chart.<br>
  33
  34 <p><strong>Structure logo</strong></p>
  35 By clicking on the label you can also activate the structure logo. It is very
  36 similar to a sequence logo but counts the numbers of base pairs. There
  37 are two residues per column, the actual column and the interacting
  38 base. The opening bracket is always the one on the left side.<br>
  39 Like sequence logos the relative amount of a specific base pair can be
  40 estimated by it's size in the logo. The tool tip of a column gives the
  41 exact numbers for all occurring valid base pairs.
  42 </p>
  43 </body>
  44 </html>