help/html/calculations/tree.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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  19 -->
  20 <head><title>Tree Calculation</title></head>
  21 <body>
  22 <p><strong>Calculation of trees from alignments</strong></p>
  23 <p>Trees are calculated on either the complete alignment, or just the
  24 currently selected group of sequences, using the functions in the
  25 <strong>Calculate&#8594;Calculate tree</strong> submenu.
  26 Once calculated, trees are displayed in a new <a
  27 href="../calculations/treeviewer.html">tree viewing window</a>. There are
  28 four different calculations, using one of two distance measures and
  29 constructing the tree from one of two algorithms :
  30 </p>
  31 <p><strong>Distance Measures</strong></p>
  32 <p>Trees are calculated on the basis of a measure of similarity
  33 between each pair of sequences in the alignment :
  34 <ul>
  35 <li><strong>PID</strong><br>The percentage identity between the two
  36 sequences at each aligned position.<ul><li>PID = Number of equivalent
  37 aligned non-gap symbols * 100 / Smallest number of non-gap positions
  38 in either of both sequences<br><em>This is essentially the 'number of
  39 identical bases (or residues) per 100 base pairs (or residues)'.</em></li></ul>
  40 <li><strong>BLOSUM62</strong><br>The sum of BLOSUM62 scores for the
  41 residue pair at each aligned position.
  42 </ul>
  43 </p>
  44 <p><strong>Tree Construction Methods</strong></p>
  45 <p>Jalview currently supports two kinds of agglomerative clustering
  46 methods. These are not intended to substitute for rigorous
  47 phylogenetic tree construction, and may fail on very large alignments.
  48 <ul>
  49 <li><strong>UPGMA tree</strong><br>
  50   UPGMA stands for Unweighted Pair-Group Method using Arithmetic
  51   averages. Clusters are iteratively formed and extended by finding a
  52   non-member sequence with the lowest average dissimilarity over the
  53   cluster members.
  54 <p></p>
  55 </li>
  56 <li><strong>Neighbour Joining tree</strong><br>
  57   First described in 1987 by Saitou and Nei, this method applies a
  58   greedy algorithm to find the tree with the shortest branch
  59   lengths.<br>
  60   This method, as implemented in Jalview, is considerably more
  61   expensive than UPGMA.
  62 </li>
  63 </ul>
  64 </p>
  65 <p>A newly calculated tree will be displayed in a new <a
  66 href="../calculations/treeviewer.html">tree viewing window</a>. In
  67 addition, a new entry with the same tree viewer window name will be added in the Sort
  68 menu so that the alignment can be reordered to reflect the ordering of
  69 the leafs of the tree. If the tree was calculated on a selected region
  70 of the alignment, then the title of the tree view will reflect this.</p>
  71
  72 <p><strong>External Sources for Phylogenetic Trees</strong></p>
  73   <p>A number of programs exist for the reliable construction of
  74   phylogenetic trees, which can cope with large numbers of sequences,
  75   use better distance methods and can perform bootstrapping. Jalview
  76   can read <a
  77   href="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newick_doc.html">Newick</a>
  78   format tree files using the 'Load Associated Tree' entry of the
  79   alignment's File menu. Sequences in the alignment will be
  80   automatically associated to nodes in the tree, by matching Sequence
  81   IDs to the tree's leaf names.
  82   </p>
  83
  84
  85 </body>
  86 </html>