help/html/calculations/treeviewer.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>The Tree Viewing Window</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>The Tree Viewing Window</strong></p>
  24 <p>
  25   The tree viewing window is opened when a tree has been <a href="tree.html">calculated
  26   from an alignment</a>, or imported via a file or web service. It includes <a href="#menus">menus</a> for
  27   controlling layout and file and figure creation, and enables
  28   various selection and colouring operations on the
  29   associated sequences in the alignment.</p>
  30 <p>
  31 <strong><em>Selecting Sequence Leaf Nodes</em></strong><br>
  32   Selecting sequence ids at the leaves of the tree selects the
  33   corresponding sequences in the original alignment. These selections
  34   are also reflected in any other analysis windows associated with the
  35   alignment, such as another tree viewer.</p>
  36 <p><strong><em>Grouping sequences by partitioning the tree at a particular distanec</em></strong><br>
  37   Clicking anywhere along the extent of the tree (but not on a leaf or
  38   internal node) defines a tree 'partition', by cutting every branch
  39   of the tree spanning the depth where the mouse-click occurred. Groups
  40   are created containing sequences at the leaves of each connected
  41   sub tree. These groups are each given a different colour, which are
  42   reflected in other windows in the same way as if the sequence ids
  43   were selected, and can be edited in the same way as user defined
  44   sequence groups.
  45 </p>
  46 <p>Tree partitions are useful for comparing clusters produced by
  47 different methods and measures. They are also an effective way of
  48 identifying specific patterns of conservation and mutation
  49 corresponding to the overall phylogenetic structure, when combined
  50 with the <a href="../colourSchemes/conservation.html">conservation
  51 based colour scheme</a>.</p>
  52 <p>
  53 <strong><em>Selecting Subtrees and changing the branch order and subtree group colour</em></strong><br>
  54 Moving the mouse over an internal node of the tree will highlight
  55   it. You can then : <ul>
  56   <li>Click the highlighted node to select all the sequences in that branch.
  57   <li>Double-click the highlighted node to rearrange the tree
  58   diagram by inverting the branch ordering at that
  59   node.
  60   <li>Right-click to open the 'Select Sub-Tree Colour' dialog box, to
  61   pick a new colour for the sub-tree and associated sequences.
  62   </ul>
  63 </p>
  64 <p><strong><a name="menus">
  65 File Menu</a></strong></p>
  66 <p>This menu allows the displayed tree to be saved as a Newick tree
  67 file (Save&#8594;Newick File), printed or exported as an image (PNG) or
  68 Postscript file. Finally, data used to calculate the tree can be
  69 retrieved with the 'Input Data...' entry.
  70 </p>
  71 <p><strong>View Menu</strong></p>
  72 <p>When the tree viewer is opened, it displays all the annotation
  73 associated with a tree. Trees calculated by Jalview have branch
  74 lengths, which correspond to the distance measure used to construct
  75 the tree. Tree imported from outside may also contain bootstrap information,
  76 and additional leaves from sequences not present in the associated
  77 alignment.
  78 </p>
  79 <p>The view menu mostly contains options controlling the way a tree is
  80 rendered and labeled:
  81 <ul>
  82 <li><strong>Fit to Window</strong><p>
  83 The tree layout will be scaled to fit in the  display
  84 window. You may need to reduce the font size to minimise the leaf
  85 label overlap when this option is selected.
  86 </p></li>
  87 <li><strong>Font Size ...</strong><em>n</em><p>
  88 Brings up a dialog box to set the font size for the leaf
  89 names. <em>n</em> is the current font size.
  90 </p></li>
  91 <li><strong>Show Distances</strong><p>
  92 Labels each branch or leaf with its associated branch
  93 length.</p></li>
  94 <li><strong>Show Bootstrap values</strong><p>
  95 Labels each branch or leaf with its associated bootstrap value.
  96 </p></li>
  97 <li><strong>Mark unlinked leaves</strong><p>
  98 Toggles the display of a '*' at the beginning of a leaf label to
  99 indicate that there is no sequence corresponding to that leaf in the
 100 associated alignment.
 101 </p></li>
 102                 <li><strong>Sort Alignment By Tree</strong>
 103                 <p>
 104                                 Sorts any associated alignment views using the current tree. (<em>Only
 105                                         available in the Jalview Desktop</em>)
 106                         </p>
 107                 </li>
 108                 <li><strong>Associate Leaves with ...</strong>
 109                 <p>
 110                                 Only visible when there are <a href="../features/multipleviews.html">multiple
 111                                         views</a> of the same alignment to show and edit which alignment views
 112                                 are associated with the leaves of the displayed tree.
 113                         </p>
 114         </ul>
 115 </p>
 116 </body>
 117 </html>