help/html/calculations/treeviewer.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
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  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  36 <head>
  37 <title>The Tree Viewing Window</title>
  38 </head>
  39 <body>
  40 <p><strong>The Tree Viewing Window</strong></p>
  41 <p>
  42   The tree viewing window is opened when a tree has been <a href="tree.html">calculated
  43   from an alignment</a>, or imported via a file or web service. It includes <a href="#menus">menus</a> for
  44   controlling layout and file and figure creation, and enables
  45   various selection and colouring operations on the
  46   associated sequences in the alignment.</p>
  47 <p>
  48 <strong><em>Selecting Sequence Leaf Nodes</em></strong><br>
  49   Selecting sequence ids at the leaves of the tree selects the
  50   corresponding sequences in the original alignment. These selections
  51   are also reflected in any other analysis windows associated with the
  52   alignment, such as another tree viewer.</p>
  53 <p><strong><em>Grouping sequences by partitioning the tree at a particular distanec</em></strong><br>
  54   Clicking anywhere along the extent of the tree (but not on a leaf or
  55   internal node) defines a tree 'partition', by cutting every branch
  56   of the tree spanning the depth where the mouse-click occurred. Groups
  57   are created containing sequences at the leaves of each connected
  58   sub tree. These groups are each given a different colour, which are
  59   reflected in other windows in the same way as if the sequence ids
  60   were selected, and can be edited in the same way as user defined
  61   sequence groups.
  62 </p>
  63 <p>Tree partitions are useful for comparing clusters produced by
  64 different methods and measures. They are also an effective way of
  65 identifying specific patterns of conservation and mutation
  66 corresponding to the overall phylogenetic structure, when combined
  67 with the <a href="../colourSchemes/conservation.html">conservation
  68 based colour scheme</a>.</p>
  69 <p>
  70 <strong><em>Selecting Subtrees and changing the branch order and subtree group colour</em></strong><br>
  71 Moving the mouse over an internal node of the tree will highlight
  72   it. You can then : <ul>
  73   <li>Click the highlighted node to select all the sequences in that branch.
  74   <li>Double-click the highlighted node to rearrange the tree
  75   diagram by inverting the branch ordering at that
  76   node.
  77   <li>Right-click to open the 'Select Sub-Tree Colour' dialog box, to
  78   pick a new colour for the sub-tree and associated sequences.
  79   </ul>
  80 </p>
  81 <p><strong><a name="menus">
  82 File Menu</a></strong></p>
  83 <p>This menu allows the displayed tree to be saved as a Newick tree
  84 file (Save&#8594;Newick File), printed or exported as an image (PNG) or
  85 Postscript file. Finally, data used to calculate the tree can be
  86 retrieved with the 'Input Data...' entry.
  87 </p>
  88 <p><strong>View Menu</strong></p>
  89 <p>When the tree viewer is opened, it displays all the annotation
  90 associated with a tree. Trees calculated by Jalview have branch
  91 lengths, which correspond to the distance measure used to construct
  92 the tree. Tree imported from outside may also contain bootstrap information,
  93 and additional leaves from sequences not present in the associated
  94 alignment.
  95 </p>
  96 <p>The view menu contains options controlling the way a tree is
  97 rendered and labelled:
  98 <ul>
  99 <li><strong>Fit to Window</strong><p>
 100 The tree layout will be scaled to fit in the  display
 101 window. You may need to reduce the font size to minimise the leaf
 102 label overlap when this option is selected.
 103 </p></li>
 104 <li><strong>Font Size ...</strong><em>n</em><p>
 105 Brings up a dialog box to set the font size for the leaf
 106 names. <em>n</em> is the current font size.
 107 </p></li>
 108 <li><strong>Show Distances</strong><p>
 109 Labels each branch or leaf with its associated branch
 110 length.</p></li>
 111 <li><strong>Show Bootstrap values</strong><p>
 112 Labels each branch or leaf with its associated bootstrap value.
 113 </p></li>
 114 <li><strong>Mark unlinked leaves</strong><p>
 115 Toggles the display of a '*' at the beginning of a leaf label to
 116 indicate that there is no sequence corresponding to that leaf in the
 117 associated alignment.
 118 </p></li>
 119 <li><strong>Associate Leaves with ...</strong><p>
 120 Only visible when there are <a href="../features/multipleviews.html">multiple views</a> of the same
 121 alignment to show and edit which alignment views are associated with
 122 the leaves of the displayed tree.
 123 </p>
 124 </ul>
 125 </p>
 126 </body>
 127 </html>