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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>The Tree Viewing Window</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>The Tree Viewing Window</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     The tree viewing window is opened when a tree has been <a
  31       href="tree.html"
  32     >calculated from an alignment</a>, or imported via a file or web
  33     service. It includes <a href="#menus">menus</a> for controlling
  34     layout and file and figure creation, and enables various selection
  35     and colouring operations on the associated sequences in the
  36     alignment.
  37   </p>
  38   <p>
  39     <strong><em>Selecting Sequence Leaf Nodes</em></strong><br>
  40     Selecting sequence ids at the leaves of the tree selects the
  41     corresponding sequences in the original alignment. These selections
  42     are also reflected in any other analysis windows associated with the
  43     alignment, such as another tree viewer.
  44   </p>
  45   <p>
  46     <strong><em>Grouping sequences by partitioning the
  47         tree at a particular distanec</em></strong><br> Clicking anywhere along
  48     the extent of the tree (but not on a leaf or internal node) defines
  49     a tree 'partition', by cutting every branch of the tree spanning the
  50     depth where the mouse-click occurred. Groups are created containing
  51     sequences at the leaves of each connected sub tree. These groups are
  52     each given a different colour, which are reflected in other windows
  53     in the same way as if the sequence ids were selected, and can be
  54     edited in the same way as user defined sequence groups.
  55   </p>
  56   <p>
  57     Tree partitions are useful for comparing clusters produced by
  58     different methods and measures. They are also an effective way of
  59     identifying specific patterns of conservation and mutation
  60     corresponding to the overall phylogenetic structure, when combined
  61     with the <a href="../colourSchemes/conservation.html">conservation
  62       based colour scheme</a>.
  63   </p>
  64   <p>
  65     <strong><em>Selecting Subtrees and changing the branch
  66         order and subtree group colour</em></strong><br> Moving the mouse over an
  67     internal node of the tree will highlight it. You can then :
  68   <ul>
  69     <li>Click the highlighted node to select all the sequences in
  70       that branch.
  71     <li>Double-click the highlighted node to rearrange the tree
  72       diagram by inverting the branch ordering at that node.
  73     <li>Right-click to open the 'Select Sub-Tree Colour' dialog
  74       box, to pick a new colour for the sub-tree and associated
  75       sequences.
  76   </ul>
  77   </p>
  78   <p>
  79     <strong><a name="menus"> File Menu</a></strong>
  80   </p>
  81   <p>This menu allows the displayed tree to be saved as a Newick
  82     tree file (Save&#8594;Newick File), printed or exported as an image
  83     (PNG) or Postscript file. Finally, data used to calculate the tree
  84     can be retrieved with the 'Input Data...' entry.</p>
  85   <p>
  86     <strong>View Menu</strong>
  87   </p>
  88   <p>When the tree viewer is opened, it displays all the annotation
  89     associated with a tree. Trees calculated by Jalview have branch
  90     lengths, which correspond to the distance measure used to construct
  91     the tree. Tree imported from outside may also contain bootstrap
  92     information, and additional leaves from sequences not present in the
  93     associated alignment.</p>
  94   <p>The view menu mostly contains options controlling the way a
  95     tree is rendered and labeled:
  96   <ul>
  97     <li><strong>Fit to Window</strong>
  98     <p>The tree layout will be scaled to fit in the display window.
  99         You may need to reduce the font size to minimise the leaf label
 100         overlap when this option is selected.</p></li>
 101     <li><strong>Font Size ...</strong><em>n</em>
 102     <p>
 103         Brings up a dialog box to set the font size for the leaf names.
 104         <em>n</em> is the current font size.
 105       </p></li>
 106     <li><strong>Show Distances</strong>
 107     <p>Labels each branch or leaf with its associated branch length.</p></li>
 108     <li><strong>Show Bootstrap values</strong>
 109     <p>Labels each branch or leaf with its associated bootstrap
 110         value.</p></li>
 111     <li><strong>Mark unlinked leaves</strong>
 112     <p>Toggles the display of a '*' at the beginning of a leaf label
 113         to indicate that there is no sequence corresponding to that leaf
 114         in the associated alignment.</p></li>
 115     <li><strong>Sort Alignment By Tree</strong>
 116       <p>
 117         Sorts any associated alignment views using the current tree. (<em>Only
 118           available in the Jalview Desktop</em>)
 119       </p></li>
 120     <li><strong>Associate Leaves with ...</strong>
 121       <p>
 122         Only visible when there are <a
 123           href="../features/multipleviews.html"
 124         >multiple views</a> of the same alignment to show and edit which
 125         alignment views are associated with the leaves of the displayed
 126         tree.
 127       </p>
 128   </ul>
 129   </p>
 130 </body>
 131 </html>