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[jalview.git] / help / html / colourSchemes / abovePID.html
1 <html>
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3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
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9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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22 <head><title>Above PID Colours</title>
23 <style type="text/css">
24 <!--
25 td {
26         text-align: center;
27 }
28 -->
29 </style>
30 </head>
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32 <body>
33 <p> <strong>Colouring above a percentage identity threshold</strong></p>
34 <p> Selecting this option causes the colour scheme to be applied to only those
35   residues that occur in that column more than a certain percentage of the time.
36   For instance selecting the threshold to be 100 will only colour those columns
37   with 100 % identity. This threshold option can be applied to the Zappo, Taylor,
38   Hydrophobicity and User colour schemes. </p>
39 </body>
40 </html>