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[jalview.git] / help / html / colourSchemes / abovePID.html
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3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11  * 
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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19 <head><title>Above PID Colours</title>
20 <style type="text/css">
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22 td {
23         text-align: center;
24 }
25 -->
26 </style>
27 </head>
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29 <body>
30 <p> <em>Colouring above a percentage identity threshold</em></p>
31 <p> Selecting this option causes the colour scheme to be applied to only those
32   residues that occur in that column more than a certain percentage of the time.
33   For instance selecting the threshold to be 100 will only colour those columns
34   with 100 % identity. This threshold option can be applied to the Zappo, Taylor,
35   Hydrophobicity and User colour schemes. </p>
36 </body>
37 </html>