help/html/colourSchemes/annotationColouring.html

   1 <html>
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  19 -->
  20 <head>
  21 <title>Annotation Colouring</title>
  22 </head>
  23
  24 <body>
  25         <p>
  26                 <strong> Annotation Colouring </strong>
  27         </p>
  28         <p>Jalview allows the columns of an alignment to be coloured using
  29                 any numerical annotation rows added to that alignment.</p>
  30         Select &quot;Colour&quot;
  31         <strong>&#8594;</strong> &quot;.. by Annotation&quot; to bring up the
  32         Colour by Annotation settings window.
  33         <br>
  34         <br>
  35         <div align="center">
  36                 <img src="annotationColourSetting.gif" width="471" height="256">
  37         </div>
  38         <ul>
  39                 <li>Select which annotation to base the colouring scheme on using
  40                         the top left selection box.<br />If the <strong>Per-sequence
  41                                 only</strong> tick box is not greyed out, then ticking it will limit the
  42                         available annotation rows to just those that are sequence associated
  43                         (e.g. T-COFFEE scores and <a
  44                         href="../webServices/proteinDisorder.html">protein disorder
  45                                 predictions</a>), which will colour each sequence according to its own
  46                         per-residue scores.<br />
  47                 <em>Per-sequence associated annotation colouring was introduced
  48                                 in Jalview 2.8</em>
  49                 </li>
  50                 <li>If the &quot;Use Original Colours&quot; box is selected, the
  51                         colouring scheme will use the colouring scheme present on the
  52                         alignment before the Annotation Colour Settings window was displayed.
  53                         <br /> <em><strong>Please Note:</strong> If no colour scheme was
  54                                 applied previously, then the colours for lines and labels at each
  55                                 position in the annotation row will be used, for secondary structure
  56                                 symbols and graphs, this may be black by default, so your alignment
  57                                 will be coloured black.</em>
  58                 </li>
  59                 <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour
  60                         representing the minimum value in the selected annotation to a colour
  61                         representing the maximum value in the selected annotation. Use the
  62                         &quot;Min Colour&quot; and &quot;Max Colour&quot; to set the colour
  63                         gradient range.
  64                         <ul>
  65                                 <li>Press the &quot;Defaults&quot; button to reset the minimum
  66                                         and maximum colours to their default settings (these are configured
  67                                         in the applet's parameters or the <a
  68                                         href="../features/preferences.html">application's user
  69                                                 preferences</a>.).<br />
  70                                 <em>Default min and max colours were introduced in Jalview 2.7</em>
  71                         </ul>
  72                 </li>
  73
  74                 <li>Select whether to colour the alignment above or below an
  75                         adjustable threshold with the selection box center left of the
  76                         window.</li>
  77                 <li>Change the threshold value with the slider, or enter the
  78                         exact value in the text box.</li>
  79                 <li>Select the &quot;Threshold is Min/Max&quot; checkbox to
  80                         assign colours using the thresholded range's minimum and maximum
  81                         values, otherwise the scale will be defined by the range of values in
  82                         the annotation row.</li>
  83         </ul>
  84         <p align="center">
  85                 <img src="annotationColours.gif" width="582" height="464">
  86         </p>
  87 </body>
  88 </html>