help/html/colourSchemes/annotationColouring.html

   1 <html>
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  18 -->
  19 <head><title>Annotation Colouring</title></head>
  20
  21 <body>
  22 <p><strong> Annotation Colouring </strong></p>
  23 <p>Jalview 2.08 allows an alignment to be coloured on a per-column basis based
  24   on any numerical annotation added to that alignment. </p>
  25 Select &quot;Colour&quot; <strong>&#8594;</strong> &quot;..
  26   by Annotation&quot; to bring up the Colour by Annotation settings window. <br>
  27   <br><div align="center">
  28   <img src="annotationColourSetting.jpg" width="426" height="140"> </div>
  29 <ul>
  30   <li>Select which annotation to base the colouring scheme on using the top left
  31     selection box.</li>
  32   <li> If the &quot;Use Original Colours&quot; box is selected, the colouring
  33     scheme will use the colouring scheme present on the alignment before the Annotation
  34     Colour Settings window was displayed. </li>
  35   <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour representing
  36     the minimum value in the selected annotation to a colour representing the
  37     maximum value in the selected annotation. Use the &quot;Min Colour&quot; and
  38     &quot;Max Colour&quot; to set the colour gradient range.</li>
  39   <li>Select whether to colour the alignment above or below an adjustable threshold
  40     with the selection box center left of the window. </li>
  41   <li>Change the threshold value with the slider, or enter the exact value in
  42     the text box. </li>
  43 </ul>
  44 <p align="center"><img src="annotationColours.jpg" width="475" height="262"> </p>
  45 </body>
  46 </html>