help/html/colourSchemes/annotationColouring.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Annotation Colouring</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27         <p>
  28                 <strong> Annotation Colouring </strong>
  29         </p>
  30         <p>Jalview allows the columns of an alignment to be coloured using
  31                 any numerical annotation rows added to that alignment.</p>
  32         Select &quot;Colour&quot;
  33         <strong>&#8594;</strong> &quot;.. by Annotation&quot; to bring up the
  34         Colour by Annotation settings window.
  35         <br>
  36         <br>
  37         <div align="center">
  38                 <img src="annotationColourSetting.gif" width="471" height="256">
  39         </div>
  40         <ul>
  41                 <li>Select which annotation to base the colouring scheme on using
  42                         the top left selection box.<br />If the <strong>Per-sequence
  43                                 only</strong> tick box is not greyed out, then ticking it will limit the
  44                         available annotation rows to just those that are sequence associated
  45                         (e.g. T-COFFEE scores and <a
  46                         href="../webServices/proteinDisorder.html">protein disorder
  47                                 predictions</a>), which will colour each sequence according to its own
  48                         per-residue scores.<br />
  49                 <em>Per-sequence associated annotation colouring was introduced
  50                                 in Jalview 2.8</em>
  51                 </li>
  52                 <li>If the &quot;Use Original Colours&quot; box is selected, the
  53                         colouring scheme will use the colouring scheme present on the
  54                         alignment before the Annotation Colour Settings window was displayed.
  55                         <br /> <em><strong>Please Note:</strong> If no colour scheme was
  56                                 applied previously, then the colours for lines and labels at each
  57                                 position in the annotation row will be used, for secondary structure
  58                                 symbols and graphs, this may be black by default, so your alignment
  59                                 will be coloured black.</em>
  60                 </li>
  61                 <li><em>Secondary structure annotation colouring</em><br />By
  62                         default, Jalview will employ the helix or sheet colours to shade
  63                         sequences and columns by available secondary structure annotation
  64                         tracks. In the case of RNA, each structure is processed to identify
  65                         distinct RNA helices and rendered in the same way as the <a
  66                         href="rnahelicesColouring.html">RNA Helices shading scheme</a>. <em>Structure based sequence shading was added in Jalview 2.8.2</em></li>
  67                 <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour
  68                         representing the minimum value in the selected annotation to a colour
  69                         representing the maximum value in the selected annotation. Use the
  70                         &quot;Min Colour&quot; and &quot;Max Colour&quot; to set the colour
  71                         gradient range.
  72                         <ul>
  73                                 <li>Press the &quot;Defaults&quot; button to reset the minimum
  74                                         and maximum colours to their default settings (these are configured
  75                                         in the applet's parameters or the <a
  76                                         href="../features/preferences.html">application's user
  77                                                 preferences</a>.).<br />
  78                                 <em>Default min and max colours were introduced in Jalview 2.7</em>
  79                         </ul>
  80                 </li>
  81
  82                 <li>Select whether to colour the alignment above or below an
  83                         adjustable threshold with the selection box center left of the
  84                         window.</li>
  85                 <li>Change the threshold value with the slider, or enter the
  86                         exact value in the text box.</li>
  87                 <li>Select the &quot;Threshold is Min/Max&quot; checkbox to
  88                         assign colours using the thresholded range's minimum and maximum
  89                         values, otherwise the scale will be defined by the range of values in
  90                         the annotation row.</li>
  91         </ul>
  92         <p align="center">
  93                 <img src="annotationColours.gif" width="582" height="464">
  94         </p>
  95 </body>
  96 </html>