help/html/colourSchemes/annotationColouring.html

   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Annotation Colouring</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27         <p>
  28                 <strong> Annotation Colouring </strong>
  29         </p>
  30         <p>Jalview allows the columns of an alignment to be coloured using
  31                 any numerical annotation rows added to that alignment.</p>
  32         Select &quot;Colour&quot;
  33         <strong>&#8594;</strong> &quot;.. by Annotation&quot; to bring up the
  34         Colour by Annotation settings window.
  35         <br>
  36         <br>
  37         <div align="center">
  38                 <img src="annotationColourSetting.gif" width="471" height="256">
  39         </div>
  40         <ul>
  41                 <li>Select which annotation to base the colouring scheme on using
  42                         the top left selection box.<br />If the <strong>Per-sequence
  43                                 only</strong> tick box is not greyed out, then ticking it will limit the
  44                         available annotation rows to just those that are sequence associated
  45                         (e.g. T-COFFEE scores and <a
  46                         href="../webServices/proteinDisorder.html">protein disorder
  47                                 predictions</a>), which will colour each sequence according to its own
  48                         per-residue scores.<br />
  49                 <em>Per-sequence associated annotation colouring was introduced
  50                                 in Jalview 2.8</em>
  51                 </li>
  52                 <li>If the &quot;Use Original Colours&quot; box is selected, the
  53                         colouring scheme will use the colouring scheme present on the
  54                         alignment before the Annotation Colour Settings window was displayed.
  55                         <br /> <em><strong>Please Note:</strong> If no colour scheme was
  56                                 applied previously, then the colours for lines and labels at each
  57                                 position in the annotation row will be used, for secondary structure
  58                                 symbols and graphs, this may be black by default, so your alignment
  59                                 will be coloured black.</em>
  60                 </li>
  61                 <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour
  62                         representing the minimum value in the selected annotation to a colour
  63                         representing the maximum value in the selected annotation. Use the
  64                         &quot;Min Colour&quot; and &quot;Max Colour&quot; to set the colour
  65                         gradient range.
  66                         <ul>
  67                                 <li>Press the &quot;Defaults&quot; button to reset the minimum
  68                                         and maximum colours to their default settings (these are configured
  69                                         in the applet's parameters or the <a
  70                                         href="../features/preferences.html">application's user
  71                                                 preferences</a>.).<br />
  72                                 <em>Default min and max colours were introduced in Jalview 2.7</em>
  73                         </ul>
  74                 </li>
  75
  76                 <li>Select whether to colour the alignment above or below an
  77                         adjustable threshold with the selection box center left of the
  78                         window.</li>
  79                 <li>Change the threshold value with the slider, or enter the
  80                         exact value in the text box.</li>
  81                 <li>Select the &quot;Threshold is Min/Max&quot; checkbox to
  82                         assign colours using the thresholded range's minimum and maximum
  83                         values, otherwise the scale will be defined by the range of values in
  84                         the annotation row.</li>
  85         </ul>
  86         <p align="center">
  87                 <img src="annotationColours.gif" width="582" height="464">
  88         </p>
  89 </body>
  90 </html>