help/html/colourSchemes/annotationColouring.html

   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
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  18 -->
  19 <head><title>Annotation Colouring</title></head>
  20
  21 <body>
  22 <p><strong> Annotation Colouring </strong></p>
  23 <p>Jalview allows the columns of an alignment to be coloured using any
  24   numerical annotation rows added to that alignment. </p>
  25 Select &quot;Colour&quot; <strong>&#8594;</strong> &quot;..
  26   by Annotation&quot; to bring up the Colour by Annotation settings window. <br>
  27   <br><div align="center">
  28   <img src="annotationColourSetting.jpg" width="507" height="202"> </div>
  29 <ul>
  30   <li>Select which annotation to base the colouring scheme on using the top left
  31     selection box.</li>
  32   <li> If the &quot;Use Original Colours&quot; box is selected, the colouring
  33     scheme will use the colouring scheme present on the alignment before the Annotation
  34     Colour Settings window was displayed. </li>
  35                 <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour
  36                         representing the minimum value in the selected annotation to a colour
  37                         representing the maximum value in the selected annotation. Use the
  38                         &quot;Min Colour&quot; and &quot;Max Colour&quot; to set the colour
  39                         gradient range.
  40                         <ul>
  41                                 <li><em>New in Jalview 2.7</em>: Press the &quot;Defaults&quot;
  42                                         button to reset the minimum and maximum colours to their default
  43                                         settings (these are configured in the applet's parameters or the <a
  44                                         href="../features/preferences.html">application's user
  45                                                 preferences</a>.)
  46                         </ul>
  47                 </li>
  48
  49                 <li>Select whether to colour the alignment above or below an adjustable threshold
  50     with the selection box center left of the window. </li>
  51                 <li>Change the threshold value with the slider, or enter the
  52                         exact value in the text box.
  53                 </li>
  54                 <li>Select the &quot;Threshold is Min/Max&quot; checkbox to
  55                         assign colours using the thresholded range's minimum and maximum
  56                         values, otherwise the scale will be defined by the range of values in
  57                         the annotation row.</li>
  58         </ul>
  59 <p align="center"><img src="annotationColours.jpg" width="688" height="488"> </p>
  60 </body>
  61 </html>