help/html/colourSchemes/blosum.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head><title>Blosum Colour Scheme</title>
  20 <style type="text/css">
  21 <!--
  22 td {
  23         text-align: center;
  24 }
  25 -->
  26 </style>
  27 </head>
  28
  29 <body>
  30
  31 <p><em>Blosum62</a></em> </p>
  32 <p>Gaps are coloured white. If a residue matches the consensus sequence residue
  33   at that position it is coloured dark blue. If it does not match the consensus
  34   residue but the 2 residues have a positive Blosum62 score, it is coloured light
  35   blue.</p>
  36 </body>
  37 </html>