help/html/colourSchemes/clustal.html

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   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   5 # This file is part of Jalview.
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   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  18 <html>
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  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  36 <head><title>Clustal Colour Scheme</title>
  37 <style type="text/css">
  38 <!--
  39 td {
  40         text-align: center;
  41 }
  42 -->
  43 </style>
  44 </head>
  45
  46 <body>
  47 <p><em>Clustal X Colour Scheme</em></p>
  48   <p>This is an emulation of the default colourscheme used for alignments in
  49   Clustal X, a graphical interface for the ClustalW multiple sequence alignment
  50     program. Each residue in the alignment is assigned a colour if the
  51     amino acid profile of the alignment at that position
  52     meets some minimum criteria specific for the residue type.</p>
  53     <p>The table below gives these criteria as clauses: {+X%,xx,y},
  54      where X is the minimum percentage presence for any of the xx (or y) residue types.</p>
  55 <div align="center">
  56   <p>&nbsp;</p><table border="1">
  57 <tr><th>Clustal X Default Colouring</th></tr>
  58     <tr>
  59       <td><table border="1">
  60 <tr><th>Residue at position</th><th>Applied Colour</th><th>{ Threshhold, Residue group }</th></tr>
  61 <tr><td>A,I,L,M,F,W,V</td><td bgcolor="#80a0f0">BLUE</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}</td></tr>
  62 <tr><td>R,K</td><td bgcolor="#f01505">RED</td><td>{+60%,KR},{+80%, K,R,Q}</td></tr>
  63 <tr><td>N</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+50%, N}, {+85%, N,Y}</td></tr>
  64 <tr><td>C</td><td bgcolor="#80a0f0">BLUE</td>
  65 <td>{+60%, WLVIMAFCHP}</td></tr>
  66 <tr><td>C</td><td bgcolor="#f08080">PINK</td>
  67 <td>{100%, C}</td></tr>
  68 <tr><td>Q</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+60%,KR},{+50%,QE},{+85%,Q,E,K,R}</td></tr>
  69 <tr><td>E</td><td bgcolor="#c048c0">MAGENTA</td><td>{+60%,KR},{+50%,QE},{+85%,E,Q,D}</td></tr>
  70 <tr><td>D</td><td bgcolor="#c048c0">MAGENTA</td><td>{+60%,KR}, {+85%, K,R,Q}, {+50%,ED}</td></tr>
  71 <tr><td>G</td><td bgcolor="#f09048">ORANGE</td><td>{+0%, G}</td></tr>
  72 <tr><td>H,Y</td><td bgcolor="#15a4a4">CYAN</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}, {+85%, W,Y,A,C,P,Q,F,H,I,L,M,V}</td></tr>
  73 <tr><td>P</td><td bgcolor="#c0c000">YELLOW</td><td>{+0%, P}</td></tr>
  74 <tr><td>S,T</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}, {+50%, TS}, {+85%,S,T}</td></tr>
  75 </table>
  76 </td></tr></table>
  77 </div>
  78 </body>
  79 </html>