help/html/colourSchemes/clustal.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Clustal Colour Scheme</title>\r
   3 <style type="text/css">\r
   4 <!--\r
   5 td {\r
   6         text-align: center;\r
   7 }\r
   8 -->\r
   9 </style>\r
  10 </head>\r
  11 \r
  12 <body>\r
  13 <p><em>Clustal X Colour Scheme</em></p>\r
  14   <p>This is an emulation of the default colourscheme used for alignments in
  15   Clustal X, a graphical interface for the ClustalW multiple sequence alignment\r
  16     program. Each residue in the alignment is assigned a colour if the
  17     amino acid profile of the alignment at that position
  18     meets some minimum criteria specific for the residue type.</p>
  19     <p>The table below gives these criteria as clauses: {+X%,xx,y},
  20      where X is the minimum percentage presence for any of the xx (or y) residue types.</p>\r
  21 <div align="center">\r
  22   <p>&nbsp;</p><table border="1">\r
  23 <tr><th>Clustal X Default Colouring</th></tr>
  24     <tr> \r
  25       <td><table border="1">\r
  26 <tr><th>Residue at position</th><th>Applied Colour</th><th>{ Threshhold, Residue group }</th></tr>
  27 <tr><td>A,I,L,M,F,W,V</td><td bgcolor="#80a0f0">BLUE</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}</td></tr>
  28 <tr><td>R,K</td><td bgcolor="#f01505">RED</td><td>{+60%,KR},{+80%, K,R,Q}</td></tr>
  29 <tr><td>N</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+50%, N}, {+85%, N,Y}</td></tr>
  30 <tr><td>C</td><td bgcolor="#80a0f0">BLUE</td>
  31 <td>{+60%, WLVIMAFCHP}</td></tr>
  32 <tr><td>C</td><td bgcolor="#f08080">PINK</td>
  33 <td>{100%, C}</td></tr>
  34 <tr><td>Q</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+60%,KR},{+50%,QE},{+85%,Q,E,K,R}</td></tr>
  35 <tr><td>E</td><td bgcolor="#c048c0">MAGENTA</td><td>{+60%,KR},{+50%,QE},{+85%,E,Q,D}</td></tr>
  36 <tr><td>D</td><td bgcolor="#c048c0">MAGENTA</td><td>{+60%,KR}, {+85%, K,R,Q}, {+50%,ED}</td></tr>
  37 <tr><td>G</td><td bgcolor="#f09048">ORANGE</td><td>{+0%, G}</td></tr>
  38 <tr><td>H,Y</td><td bgcolor="#15a4a4">CYAN</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}, {+85%, W,Y,A,C,P,Q,F,H,I,L,M,V}</td></tr>
  39 <tr><td>P</td><td bgcolor="#c0c000">YELLOW</td><td>{+0%, P}</td></tr>
  40 <tr><td>S,T</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}, {+50%, TS}, {+85%,S,T}</td></tr>
  41 </table>\r
  42 </td></tr></table>
  43 </div>
  44 </body>\r
  45 </html>\r