help/html/colourSchemes/conservation.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head><title>Colouring by Conservation</title></head>
  20 <body>
  21 <p><em>Colouring by Conservation</em></p>
  22 <p>This is an approach to alignment colouring which highlights
  23   regions of an alignment where physicochemical properties are
  24   conserved. It is based on the one used in
  25   the AMAS method of multiple sequence alignment analysis (Livingstone
  26   C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence Alignments: A Strategy
  27   for the Hierarchical Analysis of Residue Conservation.CABIOS Vol. 9
  28   No. 6 (745-756)). See the <a href="../calculations/conservation.html">conservation calculation</a> help page for
  29   a more thorough explanation of the calculation.
  30 </p>
  31 <p>For an already coloured alignment, the conservation index at each
  32   alignment position is used to modify the shading intensity of the
  33   colour at that position. This means that the most conserved columns
  34   in each group have the most intense colours, and the least conserved
  35   are the palest. The slider controls the contrast between these
  36   extremes.</p>
  37 <p>Conservation can be calculated over all sequences in an alignment, or just
  38   within specific groups (such as those defined by
  39   <a href="../calculations/tree.html">phylogenetic tree partitioning</a>).
  40   The option 'apply to all groups' controls whether the contrast
  41   slider value will be applied to the indices for the currently
  42   selected group, or all groups defined over the alignment.</p>
  43 </body>
  44 </html>