help/html/colourSchemes/conservation.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Colouring by Conservation</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Colouring by Conservation</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     This is an approach to alignment colouring which highlights regions
  31     of an alignment where physicochemical properties are conserved. It
  32     is based on the one used in the AMAS method of multiple sequence
  33     alignment analysis (Livingstone C.D. and Barton G.J. (1993), Protein
  34     Sequence Alignments: A Strategy for the Hierarchical Analysis of
  35     Residue Conservation.CABIOS Vol. 9 No. 6 (745-756)). See the <a
  36       href="../calculations/conservation.html"
  37     >conservation calculation</a> help page for a more thorough
  38     explanation of the calculation.
  39   </p>
  40   <p>For an already coloured alignment, the conservation index at
  41     each alignment position is used to modify the shading intensity of
  42     the colour at that position. This means that the most conserved
  43     columns in each group have the most intense colours, and the least
  44     conserved are the palest. The slider controls the contrast between
  45     these extremes.</p>
  46   <p>
  47     Conservation can be calculated over all sequences in an alignment,
  48     or just within specific groups (such as those defined by <a
  49       href="../calculations/tree.html"
  50     >phylogenetic tree partitioning</a>). The option 'apply to all groups'
  51     controls whether the contrast slider value will be applied to the
  52     indices for the currently selected group, or all groups defined over
  53     the alignment.
  54   </p>
  55 </body>
  56 </html>