help/html/colourSchemes/conservation.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head><title>Colouring by Conservation</title></head>
  37 <body>
  38 <p><em>Colouring by Conservation</em></p>
  39 <p>This is an approach to alignment colouring which highlights
  40   regions of an alignment where physicochemical properties are
  41   conserved. It is based on the one used in
  42   the AMAS method of multiple sequence alignment analysis (Livingstone
  43   C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence Alignments: A Strategy
  44   for the Hierarchical Analysis of Residue Conservation.CABIOS Vol. 9
  45   No. 6 (745-756)). See the <a href="../calculations/conservation.html">conservation calculation</a> help page for
  46   a more thorough explanation of the calculation.
  47 </p>
  48 <p>For an already coloured alignment, the conservation index at each
  49   alignment position is used to modify the shading intensity of the
  50   colour at that position. This means that the most conserved columns
  51   in each group have the most intense colours, and the least conserved
  52   are the palest. The slider controls the contrast between these
  53   extremes.</p>
  54 <p>Conservation can be calculated over all sequences in an alignment, or just
  55   within specific groups (such as those defined by
  56   <a href="../calculations/tree.html">phylogenetic tree partitioning</a>).
  57   The option 'apply to all groups' controls whether the contrast
  58   slider value will be applied to the indices for the currently
  59   selected group, or all groups defined over the alignment.</p>
  60 </body>
  61 </html>