JAL-3224 JAL-3225 Some fixes in install4j template and build.gradle, and a correction...
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / hydrophobic.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Hydrophobic Colour Scheme</title>
24 <style type="text/css">
25 <!--
26 td {
27         text-align: center;
28 }
29 -->
30 </style>
31 </head>
32
33 <body>
34   <p>
35     <strong>Hydrophobicity</strong>
36   </p>
37   <p>According to the hydrophobicity table of Kyte, J., and
38     Doolittle, R.F., J. Mol. Biol. 1157, 105-132, 1982. The most
39     hydrophobic residues according to this table are coloured red and
40     the most hydrophilic ones are coloured blue.</p>
41   <div align="center">
42     <table width="400" border="1">
43       <tr>
44         <td bgcolor="#ff0000">I</td>
45         <td bgcolor="#f60009">V</td>
46         <td bgcolor="#ea0015">L</td>
47         <td bgcolor="#cb0034">F</td>
48         <td bgcolor="#c2003d">C</td>
49       </tr>
50       <tr>
51         <td bgcolor="#b0004f">M</td>
52         <td bgcolor="#ad0052">A</td>
53         <td bgcolor="#6a0095">G</td>
54         <td bgcolor="#680097">X</td>
55         <td bgcolor="#61009e">T</td>
56       </tr>
57       <tr>
58         <td bgcolor="#5e00a1">S</td>
59         <td bgcolor="#5b00a4">W</td>
60         <td bgcolor="#4f00b0">Y</td>
61         <td bgcolor="#4600b9">P</td>
62         <td bgcolor="#1500ea">H</td>
63       </tr>
64       <tr>
65         <td bgcolor="#0c00f3">E</td>
66         <td bgcolor="#0c00f3">Z</td>
67         <td bgcolor="#0c00f3">Q</td>
68         <td bgcolor="#0c00f3">D</td>
69         <td bgcolor="#0c00f3">B</td>
70       </tr>
71       <tr>
72         </td>
73         <td bgcolor="#0c00f3">N</td>
74         <td bgcolor="#0000ff">K</td>
75         <td bgcolor="#0000ff">R</td>
76       </tr>
77     </table>
78   </div>
79 </body>
80 </html>