6b4cf2ddb389cdb724cc4e097934d2b7132db474
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / hydrophobic.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head><title>Hydrophobic Colour Scheme</title>
23 <style type="text/css">
24 <!--
25 td {
26         text-align: center;
27 }
28 -->
29 </style>
30 </head>
31
32 <body>
33 <p><strong>Hydrophobicity</strong></p>
34 <p>According to the hydrophobicity table of Kyte, J., and Doolittle, R.F., J.
35   Mol. Biol. 1157, 105-132, 1982. The most hydrophobic residues according to this
36   table are coloured red and the most hydrophilic ones are coloured blue.</p>
37 <div align="center">
38   <table width="400" border="1">
39     <tr>
40       <td bgcolor="#ff0000">I</td>
41       <td bgcolor="#f60009">V</td>
42       <td bgcolor="#ea0015">L</td>
43       <td bgcolor="#cb0034">F</td>
44       <td bgcolor="#c2003d">C</td>
45     </tr>
46     <tr>
47       <td bgcolor="#b0004f">M</td>
48       <td bgcolor="#ad0052">A</td>
49       <td bgcolor="#6a0095">G</td>
50       <td bgcolor="#680097">X</td>
51       <td bgcolor="#61009e">T</td>
52     </tr>
53     <tr>
54       <td bgcolor="#5e00a1">S</td>
55       <td bgcolor="#5b00a4">W</td>
56       <td bgcolor="#4f00b0">Y</td>
57       <td bgcolor="#4600b9">P</td>
58       <td bgcolor="#1500ea">H</td>
59     </tr>
60     <tr>
61       <td bgcolor="#0c00f3">E</td>
62       <td bgcolor="#0c00f3">Z</td>
63       <td bgcolor="#0c00f3">Q</td>
64       <td bgcolor="#0c00f3">D</td>
65       <td bgcolor="#0c00f3">B</td>
66     </tr>
67     <tr> </td>
68       <td bgcolor="#0c00f3">N</td>
69       <td bgcolor="#0000ff">K</td>
70       <td bgcolor="#0000ff">R</td>
71     </tr>
72   </table>
73 </div>
74 </body>
75 </html>